| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 629,681 | C→A | 100% | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_0564 → | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 629,681 | 0 | C | A | 100.0% | 137.9 / NA | 45 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_0564 | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (24/21); total (24/21) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGG > CP000730/629546‑629810 | gAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAgg < 1:49243/140‑1 (MQ=255) tttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGgtgtgg > 1:217311/1‑138 (MQ=255) tttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTg > 1:521613/1‑140 (MQ=255) tttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTg < 1:445544/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga < 1:369205/140‑1 (MQ=255) ttAGTAATGGAAGAGTAATAGGAGACAAGAATATGATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGACGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGGTGAATAAATGAAAGAACCTATTgaa > 2:460157/1‑140 (MQ=255) aaTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 1:475607/140‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAGTAGTAGTAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 1:110883/140‑1 (MQ=255) aaTATAAAACTATTAGCAGACATGAAAATTATAGCTGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATTTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaagaatc < 2:454404/140‑3 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATGGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGACAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa < 1:207679/140‑1 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAAGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa < 1:427357/140‑1 (MQ=255) tATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGATCATAAAaat > 2:396022/1‑140 (MQ=255) aTTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAACTGATTATGAAATTAGCAAAGCACATAAATTTGGAGAGGGTGTAATTAAAATAATAGGTGTTGCAGAGGATGCATCAATTAAAGCACCTATTGAAGAAGCTCATAGAaata > 2:143306/1‑140 (MQ=255) aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTAGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCGCATAAAAataata > 1:141200/1‑140 (MQ=255) gCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAAAAGCTCAtaaaaataaaaa > 2:521657/1‑140 (MQ=255) cATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGCAGCCCATAAAAATAATAAACAAt 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1:273109/1‑140 (MQ=255) aTGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACAAGTTGATATGATTGCTGTTGaa > 2:113217/1‑140 (MQ=255) aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGAt > 1:105893/1‑140 (MQ=255) cAATTAAATTTGGCGTGGATGTAATTACTATAATAGGTGTTGCAGAAGATGTATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGt < 1:35948/140‑1 (MQ=255) aTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGc < 1:311241/140‑1 (MQ=255) aaaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCGTCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATCCAGAAAAACGTGCaaa > 2:355907/1‑140 (MQ=255) aTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAg < 2:147081/140‑1 (MQ=255) gcgcGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGACGATGCAGCAATTAAAGCAGCGATCGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTAATATGATTACTAATCAAGATTTAGAAAAACGTGAGAAAGAAcga > 1:77589/1‑138 (MQ=255) cgcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAg > 2:512840/1‑140 (MQ=255) gTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAAt < 2:197945/140‑1 (MQ=255) tAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg > 1:472212/1‑140 (MQ=255) aaTTACAATAACAGGTGTTTCAGAAAATGCATCAATTAAAGAAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAAGAAAAGATTACTAGTTGATATGTGTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg < 1:417782/140‑1 (MQ=255) | GAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGG > CP000730/629546‑629810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |