| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 707,910 | A→G | 100% | intergenic (‑1/‑121) | USA300HOU_0653 ← / → USA300HOU_0654 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible metal‑dependent transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 707,910 | 0 | A | G | 100.0% | 120.2 / ‑6.5 | 41 | intergenic (‑1/‑121) | USA300HOU_0653/USA300HOU_0654 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible metal‑dependent transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (18/22); minor base T (1/0); total (19/22) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGA > CP000730/707775‑708044 | tgcaaGGGAAGTGTTACCTGCACCAGTCGCGCCCATGCTACTCATTATGTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGtt < 2:511390/137‑1 (MQ=255)tattaGGGAAGATTTACCACCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGtt < 2:209050/136‑1 (MQ=255) gAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTCTTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcct > 1:190439/1‑140 (MQ=255) aGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGACACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcctcc > 2:196738/1‑140 (MQ=255) ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAAt < 2:538206/140‑1 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGATTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTaa > 1:99489/1‑140 (MQ=255) gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAATCGTTTATACCTCCTATTTAAAATTTTAGGCTa > 1:243765/1‑140 (MQ=255) cgagtgtACCTATTATTTCGCCGCGTTCTGCTATCGATAAGGATATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAACCACATTCACATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAATGTTTAGGCTAACCt < 2:79090/134‑1 (MQ=255) ccATGATACCAATTATTTCGCCGCTTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAACAGTTTAGGCTAACCt < 1:490265/140‑1 (MQ=255) ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt > 1:149205/1‑140 (MQ=255) ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt < 1:398274/140‑1 (MQ=255) ccATGACACCAAGTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt < 2:149269/140‑1 (MQ=255) aTGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa > 1:135919/1‑140 (MQ=255) aTGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAAATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTTGGCTAACCtaa > 1:308222/1‑140 (MQ=255) tGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAACAGTTTAGGCTAACCtaat < 2:488439/140‑1 (MQ=255) aTACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatta > 2:485043/1‑140 (MQ=255) aTACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAACTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatta > 1:64456/1‑140 (MQ=255) cAATTATTTCTCCGAGTACTGGTATCGATAAGGAAATTTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg < 1:272164/140‑1 (MQ=255) gTATCGCTAAGGAAATGTTTTTAATTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGACTAACCTAATTAATTGTAGAATAAACTGAGAATAttt > 1:351161/1‑140 (MQ=255) tAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTTTTTCCAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAATTTAAGATAACTAAATTAAATGATTAATAAACTGAGAATATTTATCATGt > 1:176769/1‑140 (MQ=255) tAAGGAAATGTAGTTAAATACATGCTGAGTACCTAAAAACAGATTTAAATCGTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGt > 2:543873/1‑140 (MQ=255) aaGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTc > 2:79467/1‑140 (MQ=255) aaTTTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 2:6645/140‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTGATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 1:517911/140‑1 (MQ=255) aaTGTTTGTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 2:111767/140‑1 (MQ=255) ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACGGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGt < 1:382591/140‑1 (MQ=255) ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTCCAGTGTCCAATGACAAAATAAACTGCTCCTTTTTATCATGTCAAGTAAATTCGt > 1:124443/1‑140 (MQ=255) gCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTTCTTATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataatat < 1:291430/140‑1 (MQ=255) taCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACaa < 2:111496/140‑1 (MQ=255) acgtAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTCTCTAACAAGCGTTTATTCTTCCTAATTAAAAGTTTATTCTAATCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAat < 1:21802/137‑1 (MQ=255) cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgt > 1:252346/1‑140 (MQ=255) tAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta > 1:232324/1‑140 (MQ=255) cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAATAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAATCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAg < 1:216659/140‑1 (MQ=255) tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAGCTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGa > 1:370873/1‑140 (MQ=255) atAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCATTTATACCTCCTAATTAAAGGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAATCGAGCTATAATATAGGCAATGTAGGAGAGGCGaa > 2:169823/2‑140 (MQ=255) tGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAATCGTGATATAATATAGACAATATATATGAGGTGAAAGTATGTTaa > 1:389193/1‑140 (MQ=255) ttttCTAACAAGCGTTTATACATTCTAATTAAAAGGTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAAc < 1:249715/139‑1 (MQ=255) tttCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt < 2:99489/140‑1 (MQ=255) aaCAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTATGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga < 2:308222/140‑1 (MQ=255) aaCAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga < 2:135919/140‑1 (MQ=255) aaCAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga < 1:532543/140‑1 (MQ=255) | GATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGA > CP000730/707775‑708044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |