| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,430,220 | T→C | 10.5% | intergenic (+329/‑531) | USA300HOU_1327 → / → lysC2 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter binding protein/aspartate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,430,220 | 0 | T | C | 10.5% | 93.5 / 2.4 | 38 | intergenic (+329/‑531) | USA300HOU_1327/lysC2 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter binding protein/aspartate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/15); new base C (2/2); total (21/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
CATTTTCATTCAGTCAACTACTGTCAATATAACATTGCAGGGCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTGATTATGCTATAAGTATTTTGAATTTTATT > CP000730/1430084‑1430353 | cATTTTCATTCAGTCAACTACTGTCAATATAACATTGCAGGGCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTtttta < 2:350518/140‑1 (MQ=255)cATTTTCATTCAGTCAACTACTGTCAATATAACATTGCAGGGCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTtttta < 2:350335/140‑1 (MQ=255) tttCATTCAGTCAACTACTGTCAATATAACATTGCAGGGCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCAAGGTGTCCTttttattt > 1:268817/1‑140 (MQ=255) ttcaGTCAACTACTGTCAATATAACATTGCAGGGCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTtgttttattt > 2:382163/1‑140 (MQ=255) 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> 1:9495/1‑138 (MQ=255) tAACTGGGCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTaa > 1:153183/1‑140 (MQ=255) tGGGCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAAtgtg < 1:471981/140‑1 (MQ=255) gggCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGc > 1:269071/1‑140 (MQ=255) gggCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGAAAATTTATTTAATGTGc > 2:124867/1‑140 (MQ=255) gtttccaTGCTTATTTTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCTCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCatat < 2:22663/134‑1 (MQ=255) ctcGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATATTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACTCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTg > 1:63363/1‑140 (MQ=255) cccGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTACTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTg < 1:350794/138‑1 (MQ=255) ttgATGCTAATATTTATAGCATCGAGGCGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCCTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTGa < 1:382163/138‑1 (MQ=255) tcGATGCTAATACTTACAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATCTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTTTCTAAATTACTAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTGa < 1:467/140‑1 (MQ=255) ttATAGCATCGAGGTGTCCTTCTTATTTTATTTTTTAACACATCCGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTGATTATGCTATAAGt < 2:438970/140‑1 (MQ=255) ttATAGCATCGAGGTGTCCTTCTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTGATTATGCTATAAGt < 2:438767/140‑1 (MQ=255) taGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAATGTTAGATTTTTTTAAAGTGCATTTTGACTATGCTATATGTAtt > 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1:539782/140‑1 (MQ=255) gtCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTGATTATGCTATAAGTATTTTGAattttatt < 2:133779/140‑1 (MQ=255) | CATTTTCATTCAGTCAACTACTGTCAATATAACATTGCAGGGCCTAGGGCATTGATTCATGTCCGAGACTATATTCAATTTAATAGACATTAACTGGGCGTCTCGATGCTAATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGTACATTTATTTAATGTGCATATTGATTATGCTATAAGTATTTTGAATTTTATT > CP000730/1430084‑1430353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |