| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,352,815 | G→A | 100% | A92V (GCA→GTA) | rpsI ← | ribosomal protein S9 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,352,815 | 0 | G | A | 100.0% | 124.0 / ‑6.5 | 46 | A92V (GCA→GTA) | rpsI | ribosomal protein S9 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (25/20); minor base T (0/1); total (25/21) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGTCCGACAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTA > CP000730/2352681‑2352941 | cGTCCGACAATTAACGTTTTGAGAATTGATGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCt < 1:94743/140‑1 (MQ=255) gTCCGACAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCta > 2:427649/1‑140 (MQ=255) aTTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTTTTTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCa > 1:121243/1‑140 (MQ=255) ttAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCAc > 1:417486/1‑140 (MQ=255) tAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATAAGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGTGTTTTAAAGAACCTCTGTATTTAGGATCTTTTTTTAATATTGCaag < 2:282875/140‑3 (MQ=37) aaCGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGa < 2:177964/140‑1 (MQ=255) aCGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAACACCTGGTTTTTTACGTCCTTTCCTACGTGGGTCACGACTACGTAATCCAGCGCGTCTTAAAGCAACTATGTATTCAGGATTTACTCCTAATAATGCACGAg < 2:459177/140‑1 (MQ=37) agaATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCg > 1:360020/1‑140 (MQ=255) agaATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTAGTCAGGATCTACTTCTAATCATGCACGAGCGAttggg > 2:486386/1‑137 (MQ=255) ggTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTTACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGAt < 1:538380/140‑1 (MQ=255) ggTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGAt < 1:8869/140‑1 (MQ=255) gTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATa > 1:290155/1‑140 (MQ=255) cgaGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGAGTCACGAGTCAGTAATCCATCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCATGATCTACTACTAATAAAGCACGACCGATGCCATGACGGATagcttgggc > 1:128415/1‑140 (MQ=255) gaGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATagcttgagct < 1:388952/140‑1 (MQ=255) gaGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATagcttgagct > 2:144434/1‑140 (MQ=255) ctgctTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTGTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGt > 2:528576/1‑140 (MQ=255) gACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGGTAGCTTGCGCTTGTCCAGTGaaa > 2:117012/1‑140 (MQ=255) gACCTGGTTTTTTAAGTTATTTCATACGTGGGTCAGGAGTAAGTAATACAGAGTGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTAATTCTAATAATGCACGAGCGATTTGCGGAAGGATAGGTTAAGCTTGTCGAGTGaaa > 2:117084/1‑140 (MQ=255) ttttttCGTTCTTTAGTGCGGTGGTTACGAGTAATTAATCTAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCAAGAGCGTGTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAaccaccacc < 1:242507/140‑1 (MQ=255) ttggtacgctccctCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATCATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAaccaccacc > 2:531791/14‑140 (MQ=255) tttACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGTACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCAt < 1:201044/140‑1 (MQ=255) ttACGTTCTTTCATATGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCATGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGGGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATg < 1:141901/140‑1 (MQ=255) aCGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTTCGTGACGGTTAGCTTGAGCTTGTCCAGTTAAACCACACCCATaaa > 2:382355/1‑140 (MQ=255) ttCATACGGTGGTCACGTTTAAGTAATCCTGCGTGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGGGAAACCACCACCATGAACGTTAAc < 2:128415/140‑1 (MQ=255) tCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACt < 1:290196/140‑1 (MQ=255) aTACGTGGGTCACGAGGGGGTAATCCAGCGCGTTTTATAGAACCGGTGTATACAGGATGTACTTGTAATAATGCAAGAGCGATTCGTAGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGGAACCACCGCCATGGACGTCTACTaa > 2:303370/1‑140 (MQ=255) cGTGGGCCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTTAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAAc < 2:2133/140‑1 (MQ=255) gTCACGAGTAAGTAATCCAGCGAGGTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTAACGGGTAGCTTGAGATTGTCCGGTGCAACCACCGCCATGCACTTTAACTAAAActtctt > 2:92752/1‑138 (MQ=255) gTCACGAGGAAGTAATCCAGCGCGTGTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAAcatcat < 2:174905/140‑1 (MQ=255) cGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGtt > 2:279578/1‑140 (MQ=255) cGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGtt > 2:175348/1‑140 (MQ=255) cGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCCTGACGGATCGCTTGAGCTTGTCCTGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTACAGCTTCATGGtt > 1:171729/1‑140 (MQ=255) taaTCCAGCGCGTCTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCGCCACCATAAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCGTTAg < 1:393558/140‑1 (MQ=255) aaTCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGATCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGt > 1:213321/1‑140 (MQ=255) ccAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGAGAAACCTCCCCCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTc < 1:402989/140‑1 (MQ=255) tAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATAATAGTTACCTATAGTTTCAGTTACAtaac > 2:208558/1‑137 (MQ=255) aaaTAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACTAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCaaa < 1:387428/140‑1 (MQ=255) aaaGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATACCTGGAGCTTGTCCAGGGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTCGTTTCAGTTACACCaaa > 2:169514/1‑140 (MQ=255) aaaGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTACGTGACGGATAGCTTGGGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCaaa > 2:514362/1‑140 (MQ=255) aaGAACCTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAATTCACCACCATGATCGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAAt < 1:144434/140‑1 (MQ=255) gAACCTCTGTAGTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCGTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGACCGTTAACTAAAGCATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAAtgg < 2:209026/140‑1 (MQ=255) ccTCTGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAAtggttg < 1:519613/140‑1 (MQ=255) ctctGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCTGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAAtggttgg < 1:252335/140‑1 (MQ=255) ctGTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCGTTTACATCAAATggttgttt > 2:33707/1‑140 (MQ=255) tGTATTCAGGATCTACTTCTACTAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGttt > 1:59987/1‑140 (MQ=255) gTATTCAGGATCTACTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTa > 1:289711/1‑140 (MQ=255) | CGTCCGACAATTAACGTTTTGAGAATTGAGGTGAACGACGAGCTGCTTTAAGACCTGGTTTTTTACGTTCTTTCATACGTGGGTCACGAGTAAGTAATCCAGCGCGTTTTAAAGAACCTCTGTATTCAGGATCTGCTTCTAATAATGCACGAGCGATTCCGTGACGGATAGCTTGAGCTTGTCCAGTGAAACCACCACCATGAACGTTAACTAAAACATCATAGTTACCTTTAGTTTCAGTTACATCAAATGGTTGGTTTA > CP000730/2352681‑2352941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |