| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,709,609 | C→A | 18.6% | E440* (GAG→TAG) | USA300HOU_2562 ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,709,609 | 0 | C | A | 18.6% | 128.4 / 13.5 | 61 | E440* (GAG→TAG) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/23); new base A (8/4); total (34/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGC > CP000730/2709471‑2709745 | caATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCAAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCctct > 1:467736/1‑140 (MQ=255)caATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAAACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCctct > 1:87123/1‑140 (MQ=255) aaTTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATCACTTTTTAATATCCTCtt > 2:348481/1‑140 (MQ=255) aTTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAGGGCATTACCAATATCCACCATGATCGAGTCACCAATTAATAGTAGTAATAACTTTTTAATATCCTtttt > 1:127700/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cAATTTGTTCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTa < 1:141192/140‑1 (MQ=255) tgtgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAACAAACGACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCCTTGCTATTCGCTGTCTACATATCCTCTTGCTATTCTTTTTTAACGAc > 1:543470/1‑140 (MQ=255) tgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCGTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACtt > 2:143378/1‑140 (MQ=255) tAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTCATTTGGGTTAACACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAATGACTTTTTTCTTCGTTGttttt > 2:472174/1‑139 (MQ=255) tAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAATGACTTTTTTCTTCGTGGTTCTa > 2:326859/1‑140 (MQ=255) tAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCACTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTa > 1:167912/1‑140 (MQ=255) tAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATACTCTTTACTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTa > 1:181438/1‑140 (MQ=255) gTAAATACATTCCCAATTTCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTaaa < 2:178810/140‑1 (MQ=255) gACATTACCAATATCCACCATGGCCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCg < 2:207839/140‑1 (MQ=255) ccAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCATTGTTTTAAATTCCGtcttctt > 1:396387/1‑140 (MQ=255) ccAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAC‑TTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttcttc > 2:180960/1‑140 (MQ=255) ccAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGACGATGACTTTTTAATATCCTCATTGCTAATCGCTGTCTGCTTATCCACATGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttctt > 1:13942/1‑140 (MQ=255) cAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACATTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTCTCTTTTTTCATTTTTTTTTTCTTAGTTGTTTGAGCTTACGtcttcttc > 2:329646/1‑140 (MQ=255) cactaTGACCGAGTCATCGATTAATAGTGGTGATTTCTTGTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACCACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttct < 1:317703/140‑1 (MQ=255) caccaTTACCGAGTCACCAATCAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTCCTATTCGCTGTCTTCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttct < 2:480515/140‑1 (MQ=255) caccaTGACCTAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttct < 2:3234/140‑1 (MQ=255) caccaTGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttct < 2:380102/140‑1 (MQ=255) accaTGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttctt > 1:326501/1‑140 (MQ=255) accaTGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTGAAATTCCGTCTTCTTCtctttctt < 1:350596/140‑1 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTTTttcttc > 2:417543/1‑140 (MQ=255) aCCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTTTTCGTTGTTTTAAATTGCGTATTCTTCTCTTTTTTCTCGGc > 2:125770/1‑140 (MQ=255) aCCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTTTTCTTCTCTTTCTTCTCGGc > 2:352192/1‑140 (MQ=255) ccGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCTGCTTCTTCtctttctttttgtct > 2:270282/1‑133 (MQ=255) ccGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCt < 1:53636/140‑1 (MQ=255) gAGTGACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTTACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTc < 2:82638/140‑1 (MQ=255) gAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTc < 2:411653/140‑1 (MQ=255) gAGGCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTc < 1:478237/140‑1 (MQ=255) aCCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCAtgtt > 2:219691/1‑140 (MQ=255) aCCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCAtgtt < 2:537244/140‑1 (MQ=255) ccAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCAtgttg < 1:371735/140‑1 (MQ=255) ttAATAGTGGTGATGACTTTTTAGGATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTGTGTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTg < 1:531569/140‑1 (MQ=255) tgaaTAGTGGTGAGGACTGTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGCCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTg < 2:104242/138‑1 (MQ=255) aaTAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGcc < 1:188113/140‑1 (MQ=255) aaTAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTGCTCGGCTTCATGTTTTTTGcc > 2:550090/1‑140 (MQ=255) aGTGGTGATGACTTTTTAATTTCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAg < 1:32372/140‑1 (MQ=255) gtggtgATTACTTTTTACTATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGt < 2:168955/140‑1 (MQ=255) aggatgaCTTTTTAATATCCTCCTTTCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCa < 2:106762/138‑1 (MQ=255) tgatgaCTTTTTTATATCCTATTTGCTTTTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAGCGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCAt < 2:542749/140‑1 (MQ=255) gatgaCTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGAATc > 1:498048/1‑140 (MQ=255) aCTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAAc > 2:98742/1‑140 (MQ=255) aCTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGACTGCTAAAACTCATGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAAc > 1:66349/1‑140 (MQ=255) cTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACt > 1:403351/1‑140 (MQ=255) cTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTATCTGCTTATCCTCTTTCTTATCTTTTTTACCGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCACGGCTTCATGTTGTTTGCGAATTGCATCACACt > 1:334054/1‑140 (MQ=255) tAATATCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCa > 1:175754/1‑140 (MQ=255) aaTATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCAc < 1:354174/140‑1 (MQ=255) gtatCCTCTTTGCTATTAGGTGTCTGCTTATCATCTTGCTTATATTTTTTAAAGAATTTTTTGTTCGTTGTTTTAAATTCTATCTTCTTTTCTTTATTTTGGGCTTCATGTTGTTTGCCATGTGAATCAAACTggctcct > 2:69091/2‑134 (MQ=255) tatCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTAATGCTTAACTTTTGTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTg < 1:372851/140‑1 (MQ=255) ccTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGc > 1:429581/1‑140 (MQ=255) | CAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGC > CP000730/2709471‑2709745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |