Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	512,643	A→G	41.3%	intergenic (+711/‑150)	recR → / → rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	512,643	0	A	G	41.3%	48.2 / 83.8	87	intergenic (+711/‑150)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (24/27);  new base G (17/19);  total (41/46)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  CP000730/512506‑512782                                                                                                                                          |                                                                                                                                            tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                           <  1:546896/140‑1 (MQ=255)    aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTGTGCAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                                        >  2:142213/1‑140 (MQ=255)     aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAATTATTTACTTAAATGATAGTaaaa                                                                                                                                       >  2:95740/1‑140 (MQ=255)          tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                                                  <  1:529797/140‑1 (MQ=255)          gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtaaaactttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAATTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                                  <  1:23045‑M1/35‑1 (MQ=255)            tccttagcgtcgctggtagtcgaacttccgttccgccagcgtagaacgttgccaggcagttttttcatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAACGTTCTTGACTTACATGCTGATCAAATCTAtaa                                                                                                                                <  2:108037‑M1/37‑1 (MQ=255)            tccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  1:257443‑M1/37‑1 (MQ=255)            cTGTTGTTAAGCAGTTTGAGAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                                >  2:300271/1‑140 (MQ=255)            cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTTACGAAAATTAATTTTAATAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  1:348925/140‑1 (MQ=255)             ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                                               <  1:314977‑M1/38‑1 (MQ=255)             ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                                               <  1:159956‑M1/38‑1 (MQ=255)              gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              >  1:525483/1‑140 (MQ=255)              cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              >  1:236632‑M1/102‑140 (MQ=255)              cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              <  1:293944‑M1/39‑1 (MQ=255)               ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagacaaaataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGGGGATAAAATGTAtaatta                                                                                                                             <  1:346256‑M1/40‑1 (MQ=255)                  gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagacaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                          >  1:501211‑M1/98‑140 (MQ=255)                        aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTATTTTc                                                                                                                    >  1:211559/1‑140 (MQ=255)                        aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                    >  1:428972/1‑140 (MQ=255)                          ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                  <  1:371308‑M1/51‑1 (MQ=255)                          ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                  <  1:362444‑M1/51‑1 (MQ=255)                                  aacttacgtttcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                                          >  2:297616‑M1/82‑140 (MQ=255)                                   cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                                         <  1:446007/140‑1 (MQ=255)                                   cTGTATAGTATTTATGTGTTGAGGCAAACAGAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaca                                                                                                         >  2:186605/1‑138 (MQ=255)                                    cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                        <  1:347603‑M1/61‑1 (MQ=255)                                    cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGACGGAAAGAAAAAt                                                                                                        <  2:511468‑M1/61‑1 (MQ=255)                                    cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                        <  2:318972‑M1/61‑1 (MQ=255)                                     gTATAGTATTTATTTGTTGAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                                       <  2:383806/140‑1 (MQ=255)                                      tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACAAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                                                                      >  1:10414/1‑140 (MQ=255)                                        cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaagtaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGATAAGAAAAATGAAc                                                                                                    <  1:225934‑M1/65‑1 (MQ=255)                                        cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagacaagataaAAAAAGTTATTGACTTATATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                                    <  1:167917‑M1/65‑1 (MQ=255)                                          ttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTGATAACATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAatgaaact                                                                                                  <  2:37826‑M1/67‑4 (MQ=255)                                            atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAATTTAAGAAATAACTTGCATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                                <  1:95740/140‑1 (MQ=255)                                               tatttGTTGAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                                             <  1:242992/140‑1 (MQ=255)                                               ctatagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                                             >  1:315696‑M1/69‑140 (MQ=255)                                                  ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGACTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGACAACt                                                                                          >  1:291328/1‑140 (MQ=255)                                                  ttgtggAGGACAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAAGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                          <  2:294875/140‑1 (MQ=255)                                                   tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                         <  2:174228/140‑1 (MQ=255)                                                   agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattctggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAACATTGAAAACTg                                                                                         >  1:305891‑M1/65‑140 (MQ=255)                                                       gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                     <  1:547857‑M1/80‑1 (MQ=255)                                                       gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                     >  2:309949/1‑140 (MQ=255)                                                        aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                                    >  1:500874‑M1/60‑140 (MQ=255)                                                              acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATATTAAAAAATTATAGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                              >  1:8663/1‑140 (MQ=255)                                                                aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                            >  1:420592/1‑140 (MQ=255)                                                                   gcagttgtttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                         >  2:160010‑M1/49‑140 (MQ=255)                                                                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAGATAAATGTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                         >  2:414132/1‑140 (MQ=255)                                                                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAAAATGTaaa                                                                         >  1:263302/1‑140 (MQ=255)                                                                       ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTAAAAAAAAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                                                     <  2:280449/140‑1 (MQ=38)                                                                           ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTCATTCTTGTCGGCAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                                 >  1:295254‑M1/41‑140 (MQ=255)                                                                           ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                                 >  1:295290‑M1/41‑140 (MQ=255)                                                                           actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                                 <  1:430196/140‑1 (MQ=255)                                                                               aaaaaaTAATTTTAATTATTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAATTATTGACTTAAATGTTAAAAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                             <  2:205627/137‑1 (MQ=37)                                                                               aaaaaaTAACTTGAATTACTAACAAAAATTAAATTTAAAAAGTTATAGACATAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaaaaacaa                                                             <  2:28688/137‑7 (MQ=38)                                                                                aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                                            >  2:164167/1‑140 (MQ=255)                                                                                  aaaTAAGTTGAAGTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATATAATGTTTAATTAATTTTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                          <  1:68695/140‑1 (MQ=37)                                                                                  aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                          <  2:525483/140‑1 (MQ=255)                                                                                      aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                                                      <  1:439398/140‑1 (MQ=255)                                                                                       aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAATGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                                                     <  1:225555/140‑1 (MQ=255)                                                                                       aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                                                     <  2:73969/140‑1 (MQ=255)                                                                                       aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTACAAAAAAAGTa                                                     >  2:243342/1‑140 (MQ=255)                                                                                           gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                                 >  2:449283/1‑140 (MQ=255)                                                                                            atgtACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACaat                                                >  2:142678/4‑140 (MQ=255)                                                                                              ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                              <  1:141195/140‑1 (MQ=255)                                                                                                aataaaatggacaatataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                                            >  2:395035‑M1/20‑140 (MQ=255)                                                                                                 cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  1:537739/1‑140 (MQ=255)                                                                                                 ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  2:130152‑M1/19‑140 (MQ=255)                                                                                                 ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTCAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  1:34382‑M1/19‑140 (MQ=255)                                                                                                        aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa                                    <  2:536101/140‑1 (MQ=255)                                                                                                          attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt                                  <  1:142213/140‑1 (MQ=255)                                                                                                           aaaatataAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta                                 >  2:234777‑M1/9‑140 (MQ=255)                                                                                                            taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAACATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAccatat                                >  2:203326/1‑135 (MQ=25)                                                                                                             agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt                               <  1:427669‑M1/134‑1 (MQ=255)                                                                                                              attTTAAAAATTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAGGTATAAGTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATATGTTACAAACATTAttt                              <  2:338177/140‑1 (MQ=21)                                                                                                              attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                              <  2:236157/140‑1 (MQ=255)                                                                                                               ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                             >  2:547857‑M1/5‑140 (MQ=255)                                                                                                                 aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                           >  2:347603‑M1/3‑140 (MQ=255)                                                                                                                 aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                           >  1:305118‑M1/3‑140 (MQ=255)                                                                                                                  aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                          >  1:208049‑M1/2‑140 (MQ=255)                                                                                                                  aAAAAAGGTATTAACTTAAATTTTGATAAAATGTACAATCAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATGCCAAAAAACGGAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                          >  2:468611‑M1/2‑140 (MQ=255)                                                                                                                       aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt                     >  1:175347/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                         ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACACACATTATTTAGTCTTTATGa                   >  2:116576/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                          tcttgatctAAACGTGAACAAAATGTATAACAAAATCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACATTATGTCAAAGTAAATAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                  <  2:290279/132‑1 (MQ=17)                                                                                                                            ttaactaatctGTTACGAAAATGTTTAATTAATTCGTGTCGGTCAGTTATATGACCATTGCAAACTGAATGACAATATGTCAGCTTCCATGACATAAAACGTACCTATCAGTTACAAACATTATTGCGATTTTATGAGCt                <  2:248935/130‑1 (MQ=9)                                                                                                                            ttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt                <  1:368540/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                              gACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa              <  1:77340/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                ctcaaaTGTTAAGAAAATGTATAATAAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACAGTGAAAACTGAATGACAATATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc            <  2:229787/137‑1 (MQ=18)                                                                                                                                cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTTCAAAATCAGTCTGTTGAAGTTACAAACGTTATTTAGTATTTTGGAGCTAATc            <  1:402672/140‑1 (MQ=21)                                                                                                                                 ttAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGAAACAATAAGTAACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCa           >  1:135707/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                       gTTGATAAAATGTATTATTAATTCTTGTCGGTAAGAAATATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc     <  1:13230/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                          aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATa  >  2:172318/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                          |                                                                                                                                            TGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  CP000730/512506‑512782

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑