Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,680,197:1 +A 6.2% intergenic (+249/+283) USA300HOU_2536 → / ← USA300HOU_2537 possible secretory antigen/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,680,1971.A 6.2% 259.1 / 11.5 64intergenic (+249/+283)USA300HOU_2536/USA300HOU_2537possible secretory antigen/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (30/30);  new base A (2/2);  total (32/32)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-01

ACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCT  >  CP000730/2680059‑2680337
                                                                                                                                             |                                                                                                                                            
aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCt                                                                                                                                            <  2:746177/141‑1 (MQ=255)
aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCt                                                                                                                                            <  2:232470/141‑1 (MQ=255)
 cGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATATTTAGTATAGTATCTTTGTTATCACGTTCATCAGTGTGGAAATAATTCGCTATCCTCTGTCATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTg                                                                                                                                           <  2:350155/141‑1 (MQ=255)
  gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGt                                                                                                                                          <  1:461613/141‑1 (MQ=255)
  gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGt                                                                                                                                          <  1:470687/141‑1 (MQ=255)
          cttcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTCTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCg                                                                                                                                  <  1:213309/141‑1 (MQ=255)
          cttcttcAACTATTAGTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTCTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCg                                                                                                                                  <  1:213139/141‑1 (MQ=255)
            tcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCACTAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTc                                                                                                                                >  2:760860/1‑141 (MQ=255)
             cttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCa                                                                                                                               <  2:131742/141‑1 (MQ=255)
             cttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCa                                                                                                                               <  2:671814/141‑1 (MQ=255)
              ttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAGTAATTCGCTATAACTTAAAATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATATCAATAATTTTTTGCTGTTTTGATTGTCAt                                                                                                                              >  1:254246/1‑141 (MQ=255)
                cAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATGTAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGttatta                                                                                                                            <  1:521445/141‑1 (MQ=255)
                  aCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGt                                                                                                                          >  1:714437/1‑141 (MQ=255)
                      ttattTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCTTCGTTATTAGTTaaa                                                                                                                      >  2:115200/1‑141 (MQ=255)
                            catcttcggCATAGTCTAAGTGTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagt                                                                                                                  >  2:277158/9‑139 (MQ=255)
                            catcttcgacATAGTCTAAGTATAAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACGAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCATCATCATCCGTTaaaaaat                                                                                                                  >  1:397679/10‑140 (MQ=255)
                            cATCTTCGGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagt                                                                                                                  <  1:468003/141‑3 (MQ=255)
                             atcgtcggCATAGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTTTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagtc                                                                                                                 <  1:219701/134‑4 (MQ=255)
                                  tAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTTTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTTATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTat                                                                                                          >  2:564485/1‑140 (MQ=255)
                                    gCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACt                                                                                                        >  2:546254/1‑141 (MQ=255)
                                    gCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTAGATATAAACCTTGTTATAAATCTCACTAATTTTTTGCTGTTTTCATCGGCATTAGTTAAAAAAATAATTTCACt                                                                                                        >  2:149684/1‑141 (MQ=255)
                                      aTAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATACGTTCACATGCGTTTTTGATATAAACCGTGTTCTAAATCTCAAAAATTTTTTTCTGTTTTCATCGTCCTTAGTTATAAAAATAATTTAATTgg                                                                                                      >  1:368957/1‑140 (MQ=255)
                                      aTAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGa                                                                                                      <  1:188527/141‑1 (MQ=255)
                                         aTCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCACTATAATTTAAACTCCATTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATCTTTTGCTGTTTTTATCTTCATTAGTTAAAAAAATCAtttcaatgtctt                                                                                                   >  2:446534/1‑132 (MQ=255)
                                          tCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTTAATAACTATTTTCTGGTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttt                                                                                                  <  2:304389/141‑1 (MQ=255)
                                             ttatataAATTTTTATGCTATTATTTAATTAATTCGCTATAACTTAACATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg                                                                                               <  2:59289/140‑1 (MQ=255)
                                             atatataAAATTTTATGGTGTTATTTGAGTAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg                                                                                               >  1:185125/1‑141 (MQ=255)
                                             atatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATCCGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCCATCAACTTTTGCTGCGTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg                                                                                               <  2:735278/141‑1 (MQ=255)
                                             atatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTTGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttttta                                                                                               >  2:141951/1‑140 (MQ=255)
                                              tatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga                                                                                              <  2:687252/141‑1 (MQ=255)
                                              tatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga                                                                                              <  1:624711/141‑1 (MQ=255)
                                               atataAAATTTTTGGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTgag                                                                                             <  2:291856/141‑1 (MQ=255)
                                                  ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAc                                                                                           <  1:647447/141‑1 (MQ=255)
                                                   taAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGTGAcc                                                                                          >  1:294142/1‑141 (MQ=255)
                                                         tttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa                                                                                    <  1:251338/141‑1 (MQ=255)
                                                            aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACCTAGGCCGATGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt                                                                                 >  1:181540/1‑141 (MQ=255)
                                                            aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAATTGATTTTTTgtttactgttttaat                                                                                 >  2:306007/1‑127 (MQ=255)
                                                            aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt                                                                                 >  2:251906/1‑141 (MQ=255)
                                                            aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt                                                                                 >  2:131039/1‑141 (MQ=255)
                                                                tattatTTAAATAATTAGCTACAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTGAATtgat                                                                             >  1:395127/1‑141 (MQ=255)
                                                                tattagTTAAATAATTGGCTCTAACTTAACAAGCGTTTGCGATAGAAGCCTGATTCTAAATCTAAATAATTGTTGGTTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTTAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtgat                                                                             <  2:169744/141‑1 (MQ=255)
                                                                  ttattTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAACAtgatga                                                                           >  1:109170/1‑141 (MQ=255)
                                                                    attTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACt                                                                         <  1:99653/141‑1 (MQ=255)
                                                                     tttAAACAATTCGTTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTc                                                                        <  2:147816/141‑1 (MQ=255)
                                                                      ttAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAAACTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCTGTATTAATTAAAAAAATAATTTAACTGTGTTTTTAAGACCGTTTTAAATTCATACCTCa                                                                       >  2:153173/1‑141 (MQ=255)
                                                                           taatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAAcc                                                                  <  1:91065/141‑1 (MQ=255)
                                                                             atTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCtt                                                                <  1:183043/141‑1 (MQ=255)
                                                                                 gCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGACTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATc                                                            >  1:712763/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      aaCTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCACCtt                                                       >  1:115436/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        cTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCtttt                                                     >  1:435315/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                 cGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGtt                                            >  1:71813/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                       cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg                                      >  1:189898/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                       cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg                                      >  2:24154/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         atatAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCCCTCGGTTTAATTGCt                                    <  2:303610/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         atatAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCt                                    <  1:278381/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                          tataAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATACCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCtt                                   >  2:323951/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           ttaAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCttt                                  <  2:443802/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                ccTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATACTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTActat                             >  2:302848/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  ttGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAGTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATAttt                           <  2:447300/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          aaTCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGt                   >  1:98388/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                           aTCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGtc                  <  1:760860/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              tcAATACTTTTTTGCTGCTTTCCTCGTCATTAGATAAAAAAATAATTTAACTGAGCTTTCGAGACCTGTTTAAATTGATGACACAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTCATTGCTTTCATATTTACCACAGtctcc               >  2:151964/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                        ttttGCTGGTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAAttt      <  1:516597/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          ttGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTg    >  1:233855/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            gCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAACATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGct  <  1:489994/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                            gCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGct  <  2:71813/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                             |                                                                                                                                            
ACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCT  >  CP000730/2680059‑2680337

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: