Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,124 G→A 59.8% A143V (GCT→GTT)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1240GA59.8% 270.9 / inf 598A143V (GCT→GTT) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (112/127);  new base A (184/170);  total (299/299)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-02

Only 100 of 598 total aligned reads displayed.

AGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTC  >  CP000730/35985‑36262
                                                                                                                                              |                                                                                                                                          
   aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                                                        <  1:257377/141‑1 (MQ=255)
    tgcgttGCTGTATTGATACTTTGATACCTAGTGTTTCTTACTTTAATATAAGAGGTGTCTAGGTCAATGAGGTTATGCATAGATATCGTTGTACAATAGAAGTACGGTTTCAGTTTAAAGGAGTTAATTACTTTAACCAtt                                                                                                                                       >  2:220036/5‑141 (MQ=255)
     tttttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTg                                                                                                                                      <  2:716214/139‑1 (MQ=255)
     tCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTg                                                                                                                                      <  1:225062/141‑1 (MQ=255)
       tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCt                                                                                                                                    <  2:90232/141‑1 (MQ=40)
        ttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGAAAGTAAAAGTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtg                                                                                                                                   >  1:398715/1‑140 (MQ=14)
          gccttATTGATACTTGGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                                                                 <  2:134145/137‑4 (MQ=14)
           ccgTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCt                                                                                                                                <  2:592981/139‑1 (MQ=255)
           cTGTATTTATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                                                <  2:711657/141‑1 (MQ=255)
           cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATTTGAGGTTTTTCTTGCTTAATGAGGTTATTCAGATATTTCGTTGTATAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                                                <  1:210419/141‑1 (MQ=14)
           cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                                                <  2:744875/141‑1 (MQ=255)
            tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTGAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCtt                                                                                                                               <  1:243399/141‑1 (MQ=255)
             gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATACGAGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTc                                                                                                                              >  1:338295/1‑141 (MQ=255)
               aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt                                                                                                                            <  1:657855/141‑1 (MQ=255)
                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                           >  1:648697/1‑141 (MQ=255)
                 tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGCCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTACCCATTTCTACCTTCGTTg                                                                                                                          >  1:367117/1‑141 (MQ=255)
                 tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                                          <  2:423570/141‑1 (MQ=255)
                     aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                      <  1:199347/141‑1 (MQ=255)
                        ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACTGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                   <  2:188229/141‑1 (MQ=11)
                         tgatctcctGTCGTTCTTACTCAAATAGGACGGTGAGCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                                  <  1:15175/133‑1 (MQ=11)
                         tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                                  <  1:85735/141‑1 (MQ=255)
                           aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAATGCTTTAATTAGTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                >  1:520139/1‑141 (MQ=255)
                            tatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                               >  2:581416/4‑141 (MQ=255)
                            tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGGTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                               >  2:562842/1‑141 (MQ=255)
                            tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                               >  1:479400/1‑141 (MQ=255)
                              tcTTGTCTTGCTTACTTTAATATGACGGTGACCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                                             <  2:574678/140‑1 (MQ=255)
                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCtt                                                                                                           >  1:425639/1‑140 (MQ=255)
                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                           >  1:353350/1‑141 (MQ=255)
                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                           >  2:761179/1‑141 (MQ=255)
                                 tGTCTTTCTTTCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTTAATGGGGTTATTCTGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                                          <  2:244059/141‑1 (MQ=11)
                                  ttctttcgtACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGTTACGGTTTTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                         <  2:353407/140‑1 (MQ=11)
                                  gTCTTTGTTACTTGAATATGTCGGTGATCTTGATGAATGAGGTTATTCAGATATATCGTTGTACACTGACAGTCAGGGTTAGGTTTATAAGCTTTAATTCCTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTCCCGGATCTGTa                                                                                                         >  2:261176/1‑141 (MQ=11)
                                  gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTATAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                         >  2:696541/1‑141 (MQ=38)
                                  gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                         <  2:140191/141‑1 (MQ=255)
                                   tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                        >  2:112641/1‑141 (MQ=255)
                                   tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                        >  1:272693/1‑141 (MQ=255)
                                   tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                        <  1:618072/141‑1 (MQ=255)
                                    ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                                       >  2:458286/1‑141 (MQ=255)
                                     tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                      <  1:41711/141‑1 (MQ=255)
                                      ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGCTATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaacta                                                                                                     >  1:108540/1‑138 (MQ=255)
                                      ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                     <  2:120949/141‑1 (MQ=255)
                                       tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTaa                                                                                                    >  1:504859/1‑140 (MQ=255)
                                       tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                                                    >  2:366097/1‑141 (MQ=255)
                                        cttACTTTAAAATGACGGTGATCTAGCTCAATGAGGTTATTCAGATTCATGCTCAGACAATGGATGTAAATCGGAAGTTTAACAGCTTTAATTACTTTGACCATTGCTACCTTCGTTGATGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                                                   >  1:560894/1‑141 (MQ=9)
                                         ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                  >  2:359355/1‑141 (MQ=255)
                                         ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                  >  2:81557/1‑141 (MQ=39)
                                         ttACTGTAAGAGGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAGAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                  <  2:634764/141‑1 (MQ=255)
                                              ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGa                                                                                             >  1:128135/1‑141 (MQ=255)
                                                 atgtGACGGGGATTTTGCTCAATGAGGTTGTTTAATTATTTCGATGTACGATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGGTTTGATTTCTTTAACCATTGCTACCTTCGCTGAAGGTGGCTGCTCTGTAATTAGCTTTTGAggg                                                                                          <  2:392111/138‑2 (MQ=11)
                                                    tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                                       >  1:444354/1‑141 (MQ=255)
                                                     gACGGTGATCTTGCTCACGGTGGTTTTTCCGCTATTTCGATGTACAATTACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGTTTTTATTATTTTAGCCATGGCTGCCGTCGTTGAAGATACCTGATCTGTAACTACCTTTTGATGCTTAc                                                                                      <  2:6891/141‑1 (MQ=2)
                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGCGGTTTAcc                                                                                     >  2:41386/1‑141 (MQ=255)
                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                     <  1:544995/141‑1 (MQ=255)
                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGGTTGcc                                                                                     >  1:32035/1‑141 (MQ=255)
                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                                                     <  1:117079/141‑1 (MQ=11)
                                                       gcGGTTATCTTTCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAATTCTAAGAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                     <  1:178728/140‑1 (MQ=11)
                                                       gcGGTGATCTTGCTGAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                                                     <  2:471672/140‑1 (MQ=11)
                                                        cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                                                    <  1:265298/141‑1 (MQ=18)
                                                           gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGGTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                  <  1:711484/141‑1 (MQ=12)
                                                           gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGTTCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                                  >  2:312583/1‑141 (MQ=11)
                                                           gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                                  <  2:486399/141‑1 (MQ=255)
                                                            tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                                                                 <  1:49286/141‑1 (MQ=12)
                                                             gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCTATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                                <  2:650766/141‑1 (MQ=12)
                                                              aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAttt                                                                               >  1:578424/1‑140 (MQ=17)
                                                               tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                              >  2:325424/1‑141 (MQ=12)
                                                               tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGGTTACCAAATTGt                                                                              >  2:673602/1‑141 (MQ=255)
                                                                tttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                             <  2:736368/140‑1 (MQ=12)
                                                                cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                             >  2:286664/1‑141 (MQ=12)
                                                                 ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                                            >  2:338592/1‑141 (MQ=17)
                                                                   gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTGCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                                          <  1:194525/141‑1 (MQ=11)
                                                                       aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                      <  2:517250/141‑1 (MQ=17)
                                                                       aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTATAATTACCTTTTGAGGTTTTCCAAATTGTTTAATgag                                                                      >  1:697316/1‑141 (MQ=255)
                                                                        aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                                     >  1:59786/1‑141 (MQ=17)
                                                                        aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTTGTTGAAGGTGCCTGATTTGTTATTACCTTTTGAGGTTTTCGAAATGTTTTAAtagga                                                                     >  2:497477/1‑137 (MQ=11)
                                                                          gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                   <  1:100419/141‑1 (MQ=255)
                                                                           aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                  <  1:662342/141‑1 (MQ=12)
                                                                           aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                  <  2:618529/141‑1 (MQ=17)
                                                                            ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTTTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                 >  1:290662/1‑141 (MQ=12)
                                                                            ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                 >  2:271564/1‑141 (MQ=12)
                                                                                 ttCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                            >  2:531785/1‑141 (MQ=11)
                                                                                  tCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                                           <  2:145989/141‑1 (MQ=17)
                                                                                     gATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAAGCTTTGATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                         <  2:170029/141‑1 (MQ=12)
                                                                                      atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGGCGTTTGATAAACGc                                                       >  2:397416/1‑141 (MQ=12)
                                                                                      atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                       <  1:306351/141‑1 (MQ=17)
                                                                                      atatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGTGACGTTTGATAAACGc                                                       <  1:381350/141‑1 (MQ=11)
                                                                                       tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATCAGACGTTTGATAAACGCa                                                      >  2:447290/1‑141 (MQ=11)
                                                                                        atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                     <  1:143626/141‑1 (MQ=11)
                                                                                           tccaTGTACAATGGCAGTCAAGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGCTTGATAAACGCATATg                                                  <  2:550032/138‑1 (MQ=11)
                                                                                            cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                 <  1:462789/141‑1 (MQ=11)
                                                                                            cGAGGTACAATGTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCTTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                 <  1:535716/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                 tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                                            >  1:678825/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                  aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                           >  2:659949/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                   cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                          >  2:240227/1‑141 (MQ=9)
                                                                                                   cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                          >  2:302010/1‑141 (MQ=9)
                                                                                                   cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                          >  1:734633/1‑141 (MQ=14)
                                                                                                   aaaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                          <  2:153036/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                    aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                         <  1:487766/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           ttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatgt   <  1:722230/141‑1 (MQ=9)
                                                                                                                                           ttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatgt   <  2:206782/141‑1 (MQ=14)
                                                                                                                                            tAGCCATAGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAATACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAATCAAACATCTAATGTATGTc  <  1:500566/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                              |                                                                                                                                          
AGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTC  >  CP000730/35985‑36262

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: