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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,817 | 0 | A | T | 35.2% | 163.3 / 100.8 | 110 | intergenic (+48/+60) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
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Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
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1:165874/141‑1 (MQ=32) aGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTATCGTAACGTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtata < 1:557842/141‑1 (MQ=255) aaGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCCGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatata < 1:219886/141‑1 (MQ=11) | CAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAA‑‑TAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATA > CP000730/35678‑35956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |