| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,651 | C→T | 6.8% | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,651 | 0 | C | T | 6.8% | 200.0 / 5.3 | 76 | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/43); new base T (3/2); total (31/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
AAAAGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTC > CP000730/110511‑110791 | aaaaGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGAc > 2:243887/1‑141 (MQ=255) aaaGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTACAGATGCAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACg < 1:30067/141‑1 (MQ=255) aGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGga < 1:358146/141‑1 (MQ=255) aaatCCGTTTAAAATAGTAGATAATAAAAACATTCTAACAAAAGAAATTAAAGAAGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGgaga < 2:379713/139‑1 (MQ=18) 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(MQ=255) tGGTCGATAATAAAATAATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAAGCGAAAACTTTAAGTTATTTGTTCAATCTGGGGCATTTAAAGATTTGCAAAATTATAAGGTAGGAGATATTTAatcaagtt > 1:4852/1‑135 (MQ=14) ggTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATca > 2:173950/1‑140 (MQ=255) tCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTATGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCag < 2:655460/141‑1 (MQ=255) gcGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGACAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCag < 2:273923/140‑1 (MQ=255) cGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCaga > 2:681973/1‑141 (MQ=255) gATAATAAAATCATTACAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCagag < 2:346056/141‑1 (MQ=255) taaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGAGTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGcc > 2:446031/1‑141 (MQ=255) taaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGcc < 1:364283/141‑1 (MQ=255) aaaaCCATTTCAACAAAAGAAATTAAAAATTCAAATATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTATGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCg < 1:210373/141‑1 (MQ=17) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAATCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGa < 2:244062/141‑1 (MQ=255) aaTGATTCCAACAGAAGAAATTAATGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAg < 2:174000/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAGATGGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCa > 1:757315/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCa > 1:95294/1‑141 (MQ=255) tAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt < 1:576312/141‑1 (MQ=255) aaaGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCAAGAGTTGCCGAGGTATACGGATAAATATCAAtga > 1:58480/1‑139 (MQ=17) aGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAc < 1:243887/141‑1 (MQ=255) gATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCAGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAca > 2:188898/1‑140 (MQ=255) gATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAAAGGTGCCGAATTATTCGGCTAAATATCAATTAACt > 2:660524/1‑141 (MQ=255) aaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat < 1:693279/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAANACTTTATCGCATTTGTTCAAAATGGCGACGTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGATAGATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATta < 1:609917/141‑1 (MQ=14) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATta > 1:48648/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATta < 1:22848/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATTTGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGATTTATTCGGCTAAATATCAATTGACTGATGATGATTATAATGTAAAACAAtt < 2:319114/141‑1 (MQ=255) actcttAAGTTGTTTGTTCAATGTGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTa < 2:719858/137‑1 (MQ=255) aCTTTAATTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAGATTATAAAGACGGCGATATTTCATATAATCCAGAGGTCCCTAGTTAGACTGCAAAAGATCATGTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAAGTaa > 2:540045/1‑140 (MQ=17) aCTTTAATTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc < 2:131767/141‑1 (MQ=255) aCTTTAATTTCTTTGTTCAATATGGCGACTGTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGTCGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTTTTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAACACAATTAc < 2:564997/141‑1 (MQ=17) tttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 1:656237/141‑1 (MQ=255) aaGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaa < 1:588755/141‑1 (MQ=255) aGTTCTTTGTTCAATATGGCGACGTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAAATACGGaaaa > 2:217234/1‑141 (MQ=255) tttGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGAGATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTGTTCGGCTAAATATCAAGTAACTAATGGTGATAATAATGTAGAACAATTACGCAAAAgatat > 1:295439/1‑141 (MQ=18) tCAATAAGGAGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgatat < 2:54954/141‑1 (MQ=255) cAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGAtata < 1:390977/141‑1 (MQ=255) 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1:213415/141‑1 (MQ=21) tttGAAAAATTATCAAGACGGATATATGTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTATTGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATTATATACCGACGAGTAAAGCTCCaaa < 2:135044/141‑1 (MQ=18) tttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCaaa < 2:607597/141‑1 (MQ=255) ttggAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCaaa < 1:227012/138‑1 (MQ=255) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAg > 1:706356/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTAt < 1:129626/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) | AAAAGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTC > CP000730/110511‑110791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |