| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,858 | 0 | T | A | 41.9% | 124.0 / 109.2 | 96 | intergenic (+89/+19) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-03 | |||||||||||
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AAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATT > CP000730/35720‑35971 | aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTGAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTa > 2:548819/1‑141 (MQ=255)aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTCAtttt > 2:226169/1‑140 (MQ=255)aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTa > 1:534413/1‑141 (MQ=255)aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACAACTAATTTa > 1:431520/1‑141 (MQ=255) 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1:165874/141‑1 (MQ=32) aGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTATCGTAACGTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtata < 1:557842/141‑1 (MQ=255) aaGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCCGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatata < 1:219886/141‑1 (MQ=11) ttcttgtGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTCGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCg < 1:218007/135‑1 (MQ=1) aagtaacaaaTATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACAtt > 2:90471/8‑141 (MQ=1) | AAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATG‑CTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATT > CP000730/35720‑35971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |