| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 49.3% | 77.8 / 177.9 | 140 | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/39); new base T (23/46); total (55/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
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(MQ=17) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa > 2:229078/1‑141 (MQ=17) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa > 1:19951/1‑141 (MQ=17) cGCTTAACTTGCTAGCATGATACTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGCGCGTAGATACACGCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGCTACTTTGATa > 1:60962/1‑141 (MQ=11) cGCTTAACTTGCTAGCATGAAGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATGAGTAAGACTGGAGGAACAAGCGGTTCTTTTTATATAGAGAGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa > 2:717127/1‑141 (MQ=11) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 2:397102/141‑1 (MQ=17) | AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |