| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,198 | C→T | 7.5% | intergenic (+250/+282) | USA300HOU_2536 → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,198 | 0 | C | T | 7.5% | 187.6 / 3.2 | 66 | intergenic (+250/+282) | USA300HOU_2536/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/31); new base T (2/3); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
ACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCT > CP000730/2680059‑2680337 | aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑Ct < 2:746177/141‑1 (MQ=255)aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑Ct < 2:232470/141‑1 (MQ=255) cGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATATTTAGTATAGTATCTTTGTTATCACGTTCATC‑AGTGTGGAAATAATTCGCTATCCTCTGTCATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTg < 2:350155/141‑1 (MQ=255) gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGt < 1:461613/141‑1 (MQ=255) 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1:99653/141‑1 (MQ=255) tttAAACAATTCGTTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTc < 2:147816/141‑1 (MQ=255) ttAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAAACTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCTGTATTAATTAAAAAAATAATTTAACTGTGTTTTTAAGACCGTTTTAAATTCATACCTCa > 2:153173/1‑141 (MQ=255) taatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAAcc < 1:91065/141‑1 (MQ=255) atTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCtt < 1:183043/141‑1 (MQ=255) gCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGACTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATc > 1:712763/1‑141 (MQ=255) 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2:303610/141‑1 (MQ=255) atatAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCt < 1:278381/141‑1 (MQ=255) tataAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATACCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCtt > 2:323951/1‑141 (MQ=255) ttaAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCttt < 2:443802/140‑1 (MQ=255) ccTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATACTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTActat > 2:302848/1‑141 (MQ=255) ttGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAGTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATAttt < 2:447300/141‑1 (MQ=255) 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1:489994/141‑1 (MQ=255) g‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGct < 2:71813/141‑1 (MQ=255) | ACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCT > CP000730/2680059‑2680337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |