| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 707,909 | A→T | 79.1% | M1M (TTG→ATG) † | USA300HOU_0653 ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 707,909 | 0 | A | T | 79.1% | 129.9 / 32.6 | 66 | M1M (TTG→ATG) † | USA300HOU_0653 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/5); new base T (22/30); total (31/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA > CP000730/707773‑708045 | ttGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGt < 2:509406/141‑1 (MQ=255)gtGATAAGTGATGATTTACCAGCACCAGTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGt < 1:512588/140‑1 (MQ=255) gATAGGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGttt > 1:417462/1‑141 (MQ=255) tAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAACCAGATTTCAATCCCTTGTTTCTAACATACGTTtat < 2:510309/141‑1 (MQ=255) tAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTACCATACGTTtat > 2:365111/1‑141 (MQ=255) acgATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGAGAAGGAAATGTTTTTAAGTACCTGCCTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCATTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcctcc < 1:395091/139‑1 (MQ=255) aaGATTTACCAGCACCAGTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctcc < 2:45964/141‑1 (MQ=255) aGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcctcct < 2:329064/141‑1 (MQ=255) ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt < 2:213285/141‑1 (MQ=255) tACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTa > 1:554499/1‑141 (MQ=255) aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGGTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaa > 1:610943/1‑141 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAACCCTTTATACCTTCTactcacg > 2:608468/1‑135 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGAGTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaaa > 1:502217/1‑141 (MQ=255) ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa < 1:41680/141‑1 (MQ=255) aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGAGTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg > 1:503980/1‑141 (MQ=255) gATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTATAAGTTTAGGCTAACCtaatta < 1:318618/141‑1 (MQ=255) aTACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa > 2:303802/1‑141 (MQ=255) aaTTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATCGta > 2:453443/1‑141 (MQ=255) ttattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtcta > 2:492392/1‑141 (MQ=255) ttattTCGCCGCGCACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAATACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtata < 2:348196/141‑1 (MQ=255) tattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataa > 1:484365/1‑141 (MQ=255) tattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGGTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAATCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTACGGCTAACATAATTAATTGTataa > 2:303692/1‑141 (MQ=255) ttCGCCGCGTTCTGGTATCGATAAGGCAATGTTTTTAAGTACATGATTATTGCCTGAAGACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTCAGTAATAGTTTAGGGTAACCTCATTAATTGTAtaataa > 2:39718/1‑141 (MQ=255) tCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa < 1:237786/141‑1 (MQ=255) cgccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAAc > 1:608252/1‑141 (MQ=255) cgccgcGTACTGGTAGCGATAAGTAAATGTTTTTAAGTACATGCTGATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAAc < 1:275253/141‑1 (MQ=255) gccgcTGACTGGTATCGATAAGTGAATGTTTTTAAGTACGTGGTTTTTATGTAGAGACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt < 1:570759/141‑1 (MQ=255) gcgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgag < 1:3837/141‑1 (MQ=255) ctgtgagccaTAAGGGAAGGTGTTGAATTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTTTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAatat < 2:94169/132‑1 (MQ=255) tGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGACTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt < 1:380329/141‑1 (MQ=255) ggTATCGAAAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTTTATAATAAACTGAGAATAttt > 2:161427/1‑141 (MQ=255) gtataaaTAAGGAAATGTTTTTTAATTCATTTTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa < 2:610943/135‑1 (MQ=255) tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAt < 1:361688/141‑1 (MQ=255) cGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCAt < 2:227739/141‑1 (MQ=255) aaGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGACAATATTTATCATGTCa < 1:303802/141‑1 (MQ=255) aaGGAAATGTTGTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCGCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCa < 2:260875/141‑1 (MQ=255) aGGAAATGTTTTTAAGTACATTCTTATTACCTAAAAACAGATTTCAAATGTATGGTTCTTACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa < 1:473416/141‑1 (MQ=255) ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg < 1:558367/141‑1 (MQ=255) gAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGt < 1:471770/141‑1 (MQ=255) gaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTGGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 2:371272/140‑1 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTGACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATTTTGATCATGTCAAGTaaa > 2:227922/1‑141 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATTATGttcaataaa > 2:411257/1‑133 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGaaaa > 2:179875/1‑141 (MQ=255) tttttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTc > 2:583624/1‑141 (MQ=255) tttttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTGAATTAAATTc > 2:564971/1‑141 (MQ=255) tttttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTc > 1:589820/1‑141 (MQ=255) ttttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCg < 1:40368/141‑1 (MQ=255) tAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGa > 1:172166/1‑141 (MQ=255) aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGata < 1:492003/141‑1 (MQ=255) acctGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATCCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTTGGCTAACCTTATTAATTGTATAATAAACTGAGTATATTTCTCATGTCAAGTAAATTCGTGatataa < 2:142485/138‑1 (MQ=255) aCATGCTTATTACCTAAAATCAGATTGAAATCTTGTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataa < 1:137521/141‑1 (MQ=255) tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGaa > 2:352980/1‑140 (MQ=255) attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATACACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATACTATAGACa > 2:20363/1‑141 (MQ=255) ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACaa < 2:539620/141‑1 (MQ=255) ccTAAAAACATATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgt < 1:196892/141‑1 (MQ=255) cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGTCAATGTATGTGAgg < 2:417462/141‑1 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTACGTAAGGTg > 2:274039/1‑141 (MQ=255) ttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGaaa > 2:135134/1‑141 (MQ=255) ttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAGTAAAAGTTTAGGCTAGCCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGCATATTTATCATGTCAAGTAAATTGGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGaaa > 2:295882/1‑141 (MQ=255) tAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg > 1:252569/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTTGTTTCTAACTTACGTTTATTCCTCCTAATTAAAAGTTTATGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAAATGATAATATTTCTCTTGTCAAGTAAATACGTGATATAATATAGACTATGTATGTGAGGTGaaatt < 2:528727/141‑3 (MQ=255) ctttGTTTCTAACATTCGTTTATCCTTCATAATTATAAGTTCAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCCTGATATAATATAGACAATGTATCTGAGGTGAAAGTATGtt < 1:126648/140‑1 (MQ=255) tttGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTa > 1:174270/1‑141 (MQ=255) tttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTg < 2:391029/141‑1 (MQ=255) aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTAAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACATTGTAAGTAAGGTGAAAGTATGTTAAGTgaaaaa > 2:463982/1‑141 (MQ=255) aaCAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa > 1:49328/1‑141 (MQ=255) | TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA > CP000730/707773‑708045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |