| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,391,351 | G→A | 26.5% | G196S (GGT→AGT) | alsT → | AGCS family alanine or glycine:sodium (Na+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,391,351 | 0 | G | A | 26.5% | 98.3 / 30.7 | 60 | G196S (GGT→AGT) | alsT | AGCS family alanine or glycine:sodium (Na+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/28); new base A (8/8); total (24/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
AAGGTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGTTTTAGTAATATTGCTATTT > CP000730/1391211‑1391482 | aaGGTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAg < 1:253950/141‑1 (MQ=255) ggTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGt < 1:559075/141‑1 (MQ=255) ggTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGt > 1:468509/1‑141 (MQ=255) gtgtAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGta < 2:609321/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGt < 2:59949/141‑1 (MQ=255) tgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGtt < 1:404054/141‑1 (MQ=255) tgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGtt < 1:404045/141‑1 (MQ=255) tgTATTTAACACAGTGCAATCCACTACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGtt < 1:354760/141‑1 (MQ=255) gTATTTAACCCAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTa < 1:18439/141‑1 (MQ=255) gTATTGAACACAGGGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATCAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTa < 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(MQ=255) | AAGGTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGTTTTAGTAATATTGCTATTT > CP000730/1391211‑1391482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |