| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,027,694 | A→T | 14.4% | S85T (TCA→ACA) | vraS ← | sensor histidine kinase VraS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,027,694 | 0 | A | T | 14.4% | 99.9 / 14.3 | 49 | S85T (TCA→ACA) | vraS | sensor histidine kinase VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/22); new base T (2/5); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-02 | |||||||||||
TGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAAC > CP000730/2027559‑2027833 | tGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTGAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTATGATCATTAATGCCAACTGTGTCGGCTTCCATTGaaattt > 2:526168/1‑137 (MQ=255) gTTAAGATTTGAGTTTTAAGTCGCCAATTATGCAATTCTTGCCTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAGAATTACGATTCACTATAAATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAAATGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCa > 2:201831/1‑141 (MQ=255) ttGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGTACGCTCAATTTGCGt < 1:191098/141‑1 (MQ=255) tGAGTTTTAAATCGCAACTTATGCAATTCTTGACTAAAAGGTAAAAGGGTATGGTGGATAGCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGCTTCGCCTTCCATTTAACGCTCAATTTACgcc > 2:585497/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTCTGCTGATTGATTTTGTAAGCGa > 2:566339/1‑141 (MQ=255) aGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAg > 1:127795/1‑141 (MQ=255) gTACACGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCCACTGTTTCGCCTGCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCGTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTa < 2:99735/141‑1 (MQ=255) gTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTa < 1:529311/141‑1 (MQ=255) gTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTATTAATCAAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTaacgtagtc > 2:70972/1‑134 (MQ=255) tgtATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAAcc > 2:534058/1‑141 (MQ=255) tgtATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAAcc < 2:553536/141‑1 (MQ=255) tATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAACGAGTACCGAACcaa > 1:281438/1‑141 (MQ=255) gTATAAATCTAACGTTTCACTATATCTTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGTACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaat < 2:412126/141‑1 (MQ=255) gTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGTACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaat < 1:374841/141‑1 (MQ=255) gTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACcaacaaa > 2:96255/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tatattTTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatga < 2:148627/141‑1 (MQ=255) atatatTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatgat < 1:114067/141‑1 (MQ=255) atatatTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatgat < 2:595616/141‑1 (MQ=255) atatagTTCCATATTTTGCTCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCCAATTTCGCCGTATTCCAATTTTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATatgatgat < 2:65918/141‑1 (MQ=255) atatTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACAAAGAAGAAGTCACAATAATAtgatgatga < 1:449699/141‑1 (MQ=255) tCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGAttt < 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(MQ=255) gCCTTTCATTGAACGCTCAATTTGCGTATTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACTCAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTtg < 2:142946/141‑1 (MQ=255) gCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTtg > 1:171147/1‑141 (MQ=255) gCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTACGAATATTtg > 2:534958/1‑141 (MQ=255) ccTTCCATTGAACGGTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTtgt < 2:423286/141‑1 (MQ=255) ccTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTtgt > 1:392762/1‑141 (MQ=255) ccTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCAAATCATTTTTCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATTATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTtgt < 2:469457/141‑1 (MQ=255) taaCGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATGTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACCATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAAc < 2:317064/140‑1 (MQ=255) | TGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAAC > CP000730/2027559‑2027833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |