Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 2,473,767 | T→C | 6.3% | I280V (ATA→GTA) | tcaB ← | MFS family major facilitator transporter, teicoplanin:cation symporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,473,767 | 0 | T | C | 6.3% | 175.0 / 3.2 | 65 | I280V (ATA→GTA) | tcaB | MFS family major facilitator transporter, teicoplanin:cation symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/25); new base C (2/2); total (36/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
CTGTCACTGGTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGGAGACGCAGAAATATAAGTAAAT > CP000730/2473629‑2473906 | cTGTCACTGGTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATaa > 1:313460/1‑141 (MQ=255) cACTGGTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATc < 1:440393/141‑1 (MQ=255) cACTGGTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTACAAAATc > 2:393037/1‑141 (MQ=255) cACTGGTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTACAAAATc > 2:392991/1‑141 (MQ=255) ggTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATcaaca < 1:211894/141‑1 (MQ=255) gTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATcaacaa > 1:327090/1‑141 (MQ=255) gTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATcaacaa > 1:368876/1‑141 (MQ=255) cTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCCCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGt > 1:50541/1‑141 (MQ=255) tAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTCAACATCCCGTTCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAGTCAACAAGGTAccc < 1:320344/141‑1 (MQ=255) tGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTCCCCAGCaa < 2:510765/141‑1 (MQ=255) gATAAATCCTATCGCAAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAg < 2:48082/141‑1 (MQ=255) tAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACCAGGTACCCAGTAAggt > 2:49905/1‑139 (MQ=255) aaaTCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGTTACGCAGTAAGTTg < 2:414033/141‑1 (MQ=255) tCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACt > 1:516753/1‑141 (MQ=255) gcccacagCTAAAATCCAAAATGGCCAACGACTAAGCAATATGATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCACATCAATTTTTGTGAGTCTAGAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACt < 2:59493/134‑1 (MQ=255) aTCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGat < 1:569822/141‑1 (MQ=255) aTCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGCCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGat < 1:489800/141‑1 (MQ=255) tCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATAAATTTTTGTGAGTCTATAAAATAACCAAGGTACCCAGTCAGTCGACTCGata > 2:322738/1‑141 (MQ=255) acGCTAACATCCAAAAGTTCCAATTATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGata < 2:62858/140‑1 (MQ=255) aaaaTCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAAta > 2:544009/1‑140 (MQ=255) aaaTCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGa < 1:366245/141‑1 (MQ=255) cAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTa > 2:151750/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATCACAGCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTaa > 1:413982/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTaa > 2:153890/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTaa < 2:70702/141‑1 (MQ=255) aaaGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATTCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATGTAATGAGCGTAAt > 1:353151/1‑141 (MQ=255) aaaGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGGGTCTATAAAATCAACAAGGTTCCCAGTAAGTTGACTTGATATGATGAGCGTAAt > 2:399279/1‑141 (MQ=255) aaaGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAACGTaaa > 2:609359/1‑140 (MQ=255) gTTCCAAGGATTAAGTAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATAcc < 1:37919/141‑1 (MQ=255) cccaTGATTAAGCAATACAATCGTCGCTAAAACTAGACCTAAAATATGAAACATGGTCATGCCTGTCATAAATATTTATAATTCTAAAAAATCAACTCGGTACCCTCTATGGGTACTTGATATTATTAGCTTAATACCatt < 2:175076/138‑3 (MQ=255) ccAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAAt < 1:570428/141‑1 (MQ=255) cAATGATTAAGCAATACACTCGTCACTAAAATTGCACCGATAATCTGAATCATCGCCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAAtt < 2:335516/141‑1 (MQ=255) cAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAAtt < 1:5386/141‑1 (MQ=255) aaTGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTCAGGTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCCAtac > 2:358506/1‑139 (MQ=255) aaTGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTc > 1:308540/1‑141 (MQ=255) aTGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATGAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATAGAATGAGCGTAAGACCAATTcc > 2:506402/1‑141 (MQ=255) aTGATCAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTcc < 2:557540/141‑1 (MQ=255) gATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTg > 1:332091/1‑141 (MQ=255) ttAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCa < 1:329892/141‑1 (MQ=255) gCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACa > 1:496563/1‑141 (MQ=255) cAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCCGAATCACCGTCATGCCTCTCATCAATTTTCGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAAc < 2:303878/141‑1 (MQ=255) aaTCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGAGTAATACCAATTCCTGCAAACATCGAACt > 2:499750/1‑141 (MQ=255) gTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTACAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAAt < 1:392991/141‑1 (MQ=255) gTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTACAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAAt < 1:393037/141‑1 (MQ=255) cTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTa > 1:523762/1‑141 (MQ=255) ttACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCCACTAAATTGTATTGCAg > 2:86482/1‑141 (MQ=255) acacCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTc < 1:55668/141‑1 (MQ=255) gATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAATCATGcc > 2:24964/1‑141 (MQ=255) tgattCTGAATCATCCGCAGGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAACTCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCCTTTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCa < 2:387368/137‑1 (MQ=255) tCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATaaa < 1:540874/141‑1 (MQ=255) gAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAAttt > 1:491154/1‑141 (MQ=255) gAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGAAGTCATGCCATAAAttt > 1:276073/1‑141 (MQ=255) aaTCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAAtttt > 1:565675/1‑141 (MQ=255) ctcGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAACATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGa < 1:187824/140‑1 (MQ=255) cATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTTaataat > 2:463539/1‑141 (MQ=255) tcccTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAAtaataa < 2:313460/139‑1 (MQ=255) ctcATCAATTTTTGTGTGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACgca > 1:305320/1‑139 (MQ=255) tcatcaATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTCCCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTCAATTGTACTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGgag < 2:459681/141‑1 (MQ=255) catcaATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGgaga < 1:310820/141‑1 (MQ=255) tttttGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGGAGACGCAGa > 1:361352/1‑141 (MQ=255) tttctGTGAGTATATAAACTCGAAAAGGCACACAGTCCGTTGACTTGATATAATGAGCGTTAAAAAAGTTCCAGCCAACTTCCAGCTCAACTGAATTGCTGTCTTGCCATAAATTTTTTGAATAATACACGGCGAAGCAGa > 2:121599/1‑141 (MQ=255) gtgAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGGAGACGCAGAAataa > 2:202936/1‑140 (MQ=255) gAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTTAATTTTATTCGAAGACGCAGCAACATaa > 2:536460/1‑141 (MQ=255) gTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGGAGACGCAGAAATATAAGt > 2:561580/1‑141 (MQ=255) tCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGGAGACGCAGACATATAAGTa > 1:203412/1‑141 (MQ=255) ataAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGGAGACGCAGAAATATAAGTAaat > 2:383392/1‑141 (MQ=255) | CTGTCACTGGTGCTATTAAAATGATAAATCCTATCGCTAAAATCCAAAAGTTCCAATGATTAAGCAATACAATCGTCACTAAAATTACACCGATAATCTGAATCATCGTCATGCCTCTCATCAATTTTTGTGAGTCTATAAAATCAACAAGGTACCCAGTAAGTTGACTTGATATAATGAGCGTAATACCAATTCCTGCAAACATCCAACTAAATTGTATTGCAGTCATGCCATAAATTTTTTGAATAATAAACGGAGACGCAGAAATATAAGTAAAT > CP000730/2473629‑2473906 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |