| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,265 | C→T | 10.4% | intergenic (+323/‑811) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,265 | 0 | C | T | 10.4% | 181.7 / 11.7 | 77 | intergenic (+323/‑811) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/31); new base T (4/4); total (42/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
AGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAA > CP000730/76126‑76402 | aGGCAATTAAGTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGAAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCg < 2:420955/141‑1 (MQ=255) ggCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGt > 1:99600/1‑141 (MQ=255) ggCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGt > 1:558710/1‑141 (MQ=255) gCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAGGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCCCTGTAGCCGtt > 1:279150/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aataatTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCt < 2:550448/141‑1 (MQ=255) ttATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGat < 2:188645/141‑1 (MQ=255) tataGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCGGATAGTAGCTAATAAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACGATCTAGGata > 1:169601/1‑141 (MQ=14) tataGCAAAATATAGGTTCGGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGata < 2:568638/141‑1 (MQ=255) aaaTATAGGTTCTGTTCCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 1:365/141‑1 (MQ=255) atatAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAg < 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1:116224/1‑141 (MQ=17) aaaGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGtt > 2:322202/1‑141 (MQ=32) aaGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGCTGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTACGATATGCATTGAGTTATCGTGATATACCTGAAGTATTAATGGAACGAGGTGTACAGGttt > 2:212476/1‑140 (MQ=11) ggAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAATAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTTGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTtcat < 2:359360/141‑1 (MQ=17) cgTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAACCGTtcatca > 2:511411/2‑141 (MQ=17) aGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATCTGCATTGAGTTATAGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTtcatca > 2:215231/1‑141 (MQ=17) aGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTtcatca 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> 2:304844/1‑141 (MQ=12) tctaGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTgg < 1:123503/138‑1 (MQ=17) tCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTggg < 2:218736/141‑1 (MQ=32) tCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGACGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTCAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTTCCGTTggt > 1:134757/1‑140 (MQ=12) cAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGt > 1:128892/1‑141 (MQ=32) atatAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTTGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGATCGTGGTGTAAACGTTCATCATTCTACGGTCTACCGTTGGGTTCa < 2:335540/141‑1 (MQ=255) 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aTGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTtat > 2:483215/1‑141 (MQ=34) tGTTATCACTGTAGCCTTTGGCTACTATTTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATCAAGGGAGCGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAATGGTCTACCGTTGGGTTCATGAATATGCCCCAATTTtata < 2:105136/141‑1 (MQ=11) ttATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATGTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATc > 2:367277/1‑141 (MQ=25) aTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGACATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTCCCGTTGGGTTAAAGACTATGCCCCAATTTTATATCaa > 1:580840/1‑141 (MQ=255) aTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaa > 2:229265/1‑141 (MQ=35) aTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaa > 2:229177/1‑141 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |