| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 396,540 | G→A | 100% | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 → | possible lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 396,540 | 0 | G | A | 99.4% | 154.2 / ‑6.6 | 48 | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 | possible lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (22/24); total (23/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTA > CP000730/396410‑396670 | tatCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAt > 1:477695/1‑141 (MQ=255) cATACCAAAATTAATGTTACAAGGATCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTa < 2:357941/141‑1 (MQ=255) aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAt > 2:63090/1‑141 (MQ=255) ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGAc < 2:533490/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCGAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGatat < 2:107253/141‑1 (MQ=255) cTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGAtctca > 2:484631/1‑140 (MQ=255) cTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATACGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATcc > 2:363681/1‑141 (MQ=255) aaaTAACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAATCCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCaaa < 2:176601/141‑1 (MQ=255) cacaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGaa > 1:82145/1‑141 (MQ=255) ggTGAAGAAGACATTTATTCACATACAGATTATTAATTATGTAAAGCGCAGGCTGAATAATCTCGAAAAGGTGATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTc > 2:547146/1‑141 (MQ=255) agaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGACAAAAGATAAAAAATTAAGGGAGGAGATCCAAATGAACTTCGATAAAGt > 1:271393/1‑141 (MQ=255) aaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGGTGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa > 2:361161/1‑141 (MQ=255) aaTTTATTCAAATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAGGACTTGTTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGaa < 2:530165/141‑1 (MQ=255) tACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAACAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAACAAATTACGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGATTCAATTACTGGa < 1:402757/141‑1 (MQ=255) tACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGa < 1:397497/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 2:548964/141‑1 (MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg < 1:125199/141‑1 (MQ=255) aaCGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGt > 2:315632/1‑141 (MQ=255) cGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa > 2:533282/1‑141 (MQ=255) | TATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTA > CP000730/396410‑396670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |