| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,392,698 | C→T | 8.1% | intergenic (+472/‑22) | alsT → / → glcT | AGCS family alanine or glycine:sodium (Na+) symporter/transcriptional antiterminator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,392,698 | 0 | C | T | 8.1% | 152.4 / 2.7 | 57 | intergenic (+472/‑22) | alsT/glcT | AGCS family alanine or glycine:sodium (Na+) symporter/transcriptional antiterminator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/23); new base T (2/3); total (31/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
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(MQ=255) tgtAATAGAACACAAGTATTTAAATTATTATACTTTCAAGTTAGACATTTCGGATATATAATCTTAATAATAGAAAAATAGGTGATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTAAGt > 2:150082/1‑141 (MQ=255) ttAATAGAACACAACCAATCAAAACACTAGACTATCAAGATAAACATTTCCGATATATAATCTTAAAAATAGAAAAATAGGTAATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTa < 2:302441/140‑1 (MQ=255) gtAATAGAACACAAGTATTTAAATTATGATACTTTCAAGTTAGACATTTCCGATATATAATCTTAATAATAGAAAAATAGGTGATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTa < 1:543203/141‑1 (MQ=255) aaTAGAACACAAGTATTTAAATTATTATACTTTCAAGTTAGACATTTCCGATATATAATCTTAATAATAGAAAAATAGGTGATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTACt < 2:253124/141‑1 (MQ=255) aaTAGAACACAAGAATTTAAATTATTATACTTTCAAGTTAGACATTGCCGATATATAATCTTAATAATAGAAAAATAGGTGATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTACt < 1:465469/141‑1 (MQ=255) gAACACAAGTATTTAAATTATTATACTTTCAAGTTAGACATTTCCGATATATAATCTTAATAATAGAAAAATAGGTGATGATAATGGGAGAATATATTGTTGCTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTACtaata > 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(MQ=255) aattgtacgatcacGATATAGAACTTTAAAAAGAGAACCATACGTGATGATCATGGTAGAATACACTGTTACTAGACCATTGAACAACAATGTCTTACTATTTAATAATAATGATCAAGAAGTTATTTTAATCGGTAAAgg < 2:156744/128‑1 (MQ=255) gTTAGACATTTCCGATATATAATCTTAATAATACAAAAATAGGTGATGATAATGGGAAACGATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTACTAATAATGGTCAAGAAGTTATTTTAATCGGTAAAGGt > 1:108323/1‑141 (MQ=255) aGACATTTCCGATATATAATCTTAATAATAGAAAAATAGGTGATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTACTAATAATGATCAAGAAGTTATTTTAATCGGTAAAGGTAtt > 2:364336/1‑141 (MQ=255) aGACATTTCCGATATATAATCTTAATAATAGAAAAATAGGTGATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTACTAATAATGATCAAGAAGTAATTTTAATCGGTAAAGGTAtt > 2:380565/1‑141 (MQ=255) aGACATTTCCGATAGATAATCTTAATAATAGAAAAATAGTTAATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAAAGTCGTAGGATGTACTAATAATGATCAAGAAGTTATTTGAATCTGTAAAGGTAtt > 2:446675/1‑141 (MQ=255) aTTTCCGATATATAATCGTAATAATAGAAAAATAGGTGATGATAATGGGAGAATATATTGTTACTAAAACATTGAACAACAATGTCGTAGTATGTACTAATAATGATCAAGAAGTTATTTTAATCGGTAAAGGTATTGGtt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |