| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,836,655 | A→G | 6.4% | Y112H (TAC→CAC) | hisB ← | imidazoleglycerol‑phosphate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,836,655 | 0 | A | G | 6.4% | 169.5 / 3.0 | 64 | Y112H (TAC→CAC) | hisB | imidazoleglycerol‑phosphate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/32); new base G (2/2); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
TGTATTACCTCCACGAATTAAATCAATATGCGTTGTTAATCTTGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCAAGTAACAATTGGCCAATGACAATGCCGATATC > CP000730/2836518‑2836790 | tgtATTACCTCCACGAATTAAATCAATATGCGTTGTTAATCTTGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATgg < 2:543727/141‑1 (MQ=255) gtATTACCTCCACGAATTAAATCAATATGCGTTGTTAATCTTGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATggg > 1:9395/1‑141 (MQ=255) cTCCACGAATTAAATCAATATGCGTTGTTAATCTTGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCAc < 1:142399/141‑1 (MQ=255) cACGAATTAAATCAATATGCGTTGTTAATCTTGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTCTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTta < 1:18948/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAATCTTGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGt < 2:524160/141‑1 (MQ=255) aTCTTGCATTGATTACGCCCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGttt < 1:17607/141‑1 (MQ=255) cTTGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCAACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCa > 2:559527/1‑141 (MQ=255) tGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAGCTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCCAATggatgaaa < 2:41682/141‑8 (MQ=255) ttACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCAACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGaa > 2:168313/1‑141 (MQ=255) tACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGaag > 1:486512/1‑140 (MQ=255) tACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAAt > 1:202784/1‑141 (MQ=255) cGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACGACGACACGTGCTAATGTTTCATCAATTTGAATGt > 2:18081/1‑141 (MQ=255) gACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTa > 1:423057/1‑141 (MQ=255) aCCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTGTGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTAc > 1:379036/1‑141 (MQ=255) aCCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTGTGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTAc > 1:378872/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttctACTAACTCCGGATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGCCACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATaacgaac < 1:187730/141‑1 (MQ=255) ctactaACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAacgaacga > 2:23975/1‑141 (MQ=255) actaACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGaaa > 1:34273/1‑141 (MQ=255) cTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCtt > 2:358150/1‑141 (MQ=255) tCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCttt > 1:549909/1‑141 (MQ=255) cGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCtattt > 1:554692/1‑141 (MQ=255) aTCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATTCATTGAATGATACGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTAtt > 2:155705/1‑140 (MQ=255) tCAAACGTACCAACTTTTTCTTTTCTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATTGGCGCCAACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCt < 2:377375/141‑1 (MQ=255) aCGTACCAACTTTTTCTTTTCTTAATGATTCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCTACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCTTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTaa < 1:164454/141‑1 (MQ=255) aCGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTGTGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTaa < 2:378872/141‑1 (MQ=255) aCGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTGTGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTaa < 2:379036/141‑1 (MQ=255) aCGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTaa < 2:68556/141‑1 (MQ=255) aCGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTaa < 1:546661/141‑1 (MQ=255) aCGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTaa < 1:449453/141‑1 (MQ=255) aCGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTaa < 1:212194/141‑1 (MQ=255) cGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCCCCCCTTCGAATGGACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAAt < 1:251168/141‑1 (MQ=255) ccAACTTTTTCTTTGCTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGCCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCAtt > 1:312153/1‑141 (MQ=255) ccAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCAtt > 1:184117/1‑141 (MQ=255) aaCTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTc > 1:91585/1‑141 (MQ=255) aCTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCa > 1:511393/1‑141 (MQ=255) cTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCAAATGATATCCACCACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGGAATGCTTTTTATCTTTAATCAtttaca > 2:20265/1‑138 (MQ=255) cTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGACGCCCACTTATATACACAACAACACATGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTGCATAACAAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATAATTTCaa > 2:20261/1‑141 (MQ=255) tttcccttacttacAGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACCTATATCCCCAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCAAGt < 2:352650/135‑1 (MQ=255) ttccTTTCCTTAATGATGCATCGCATGATAGGCATGGGCGCCCACTCATATCCACAACGACACGTGCTAAAGTTTCGTTCGTTATATTGTTTATCTTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCAAGTa < 2:261553/138‑1 (MQ=255) cTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACACCGTTCCATAACGAACGAAATGGTTTTTATCTTTAATCATTTCACGTAACa > 1:246133/1‑141 (MQ=255) tttACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCAAGTAACaa > 1:445594/1‑141 (MQ=255) tttACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCAAGTAACaa < 2:448444/141‑1 (MQ=255) ctgaCTTCATGGTGCATTGAATTATAGGTATTGTCGCCGCCTTATATCCACAACGACGCGTGCCAATGTTTCATCCTTTGGAATGTACTCCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTACCTTTAATCATTTCAAGTAACaa < 2:464539/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGACCAAACTGCTCTGTATCGTTAATCATTTCCAGTAACAATTGGCCAATGAc > 1:105588/1‑141 (MQ=255) gCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCAAGTAACAATTGGCCAATGACa < 1:18081/141‑1 (MQ=255) tAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCAAGTAACAATTGGCCAATGACAATGCCGATATc < 2:530474/141‑1 (MQ=255) | TGTATTACCTCCACGAATTAAATCAATATGCGTTGTTAATCTTGCATTGATTACGACCGCTCTAAAAAATTCTTCTACTAACTCCGTATCAAACGTACCAACTTTTTCTTTACTTAATGATGCATTGAATGATAGGTATGGGCGCCCACTTATATCCACAACGACACGTGCTAATGTTTCATCCATTGGAATGTACATCGTTCCATAACGAACGAAATGCTTTTTATCTTTAATCATTTCAAGTAACAATTGGCCAATGACAATGCCGATATC > CP000730/2836518‑2836790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |