| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 607,884 | G→A | 100% | R209* (CGA→TGA) | USA300HOU_0550 ← | deoxynucleoside kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 607,884 | 0 | G | A | 100.0% | 268.8 / ‑6.5 | 87 | R209* (CGA→TGA) | USA300HOU_0550 | deoxynucleoside kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (52/33); minor base C (1/0); total (53/34) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAG > CP000730/607751‑608020 | tgtgAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGAATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCaaa > 2:550411/1‑139 (MQ=255) gtgAATTATTGTATTCGATTGAATTGATAATATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAtt < 1:277815/140‑1 (MQ=255) gtgAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAtt < 1:455680/140‑1 (MQ=255) aaTGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTa < 2:660238/140‑1 (MQ=255) aaTGTATTCGATAGAACTGATAAAACAATCGATAATAGCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTTGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTa < 2:593992/140‑1 (MQ=255) tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATc > 1:370369/1‑140 (MQ=255) taatCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt < 2:523482/137‑1 (MQ=255) tATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTATACTTTTATAATGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTtattat > 1:20544/1‑140 (MQ=255) tATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt < 2:523710/140‑1 (MQ=255) aTTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACTTATATGCTAAGTCGTAAGACTTTTAACGAGTATCGACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATa > 1:720809/1‑140 (MQ=255) aTTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTCGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATGCATGCAATTTTGATTATCATa > 2:434498/1‑140 (MQ=255) aTTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTTAAGCAATTTTGTTTATCATa > 2:669583/1‑140 (MQ=255) aTTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTATTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATa > 1:29896/1‑140 (MQ=255) ttCGATAGAATTGAAAAAATAATCGAAAATATCTATGGAATATACATTTAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCTTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAg < 2:179015/140‑1 (MQ=255) aTAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACTTTTTAGCCAAGACCTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGAtt < 1:175317/140‑1 (MQ=255) gAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa < 1:603002/140‑1 (MQ=255) gAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa < 1:702807/140‑1 (MQ=255) acaTTGATAAAATAATCGATAATTGCAATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa < 2:743458/138‑1 (MQ=255) aTTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTTTATCTACTTGTCGATATATTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTAATCAAAGGACTTAAAg > 1:285008/1‑140 (MQ=255) aTTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAg > 2:699305/1‑140 (MQ=255) aTTGATAAAATAATCGATAAGATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAg > 1:460834/1‑140 (MQ=255) taatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGACTAATTCAAGCAGAGTAGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTc > 2:156965/1‑140 (MQ=255) taatCGAT‑ATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTcc < 1:577647/140‑1 (MQ=255) aatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTCTCTCTTTATTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTcc < 1:550354/140‑1 (MQ=255) tCGATAATATCAATGTAATATACATTGAATATAAACATATTCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCtt < 1:96627/140‑1 (MQ=255) tCGACAATATCTATGGATTATACATTGAATATAACCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCtt < 2:117809/140‑1 (MQ=255) cGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTa > 1:338548/1‑140 (MQ=255) gATAATATCTATGGAAAATACATTGAATATTAACATATAAGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATATATTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATTATAGGATTTAAAGGTTCGGGGTCCTTAt > 2:247309/1‑140 (MQ=255) ataataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCCAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGTTTCAGGGTCCttgtt > 2:48723/1‑137 (MQ=255) ataataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATg > 2:268639/1‑140 (MQ=255) aataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACATGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCAGGGTCCTTATGGa > 1:215837/1‑140 (MQ=255) atatCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGat < 2:562974/140‑1 (MQ=255) atCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGatat < 2:327319/140‑1 (MQ=255) tagggAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTATTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCat < 1:23685/137‑1 (MQ=255) ataCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTa < 2:311333/140‑1 (MQ=255) ataCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTa > 1:631432/1‑140 (MQ=255) ataCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTa > 2:703072/1‑140 (MQ=255) ataCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGAGGTCCTTATGGATATCATATTCAtaa > 1:245287/1‑138 (MQ=255) aCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTTTGGTTATCATATTCATTAat > 1:119281/1‑140 (MQ=255) cATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAata < 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2:658318/1‑140 (MQ=255) tttAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCCTTaa < 2:460834/140‑1 (MQ=255) ttAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACCAGCATTaaa > 1:184081/1‑140 (MQ=255) aGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTATAGc > 1:313948/1‑140 (MQ=255) ttttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTAtt > 2:531918/1‑140 (MQ=255) tATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAAt > 2:337785/1‑140 (MQ=255) tATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGATATTAAt > 1:490477/1‑140 (MQ=255) tACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGAAATGTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCAt > 1:366711/1‑140 (MQ=255) aCTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATa > 1:266936/1‑140 (MQ=255) aCTTGTCGATATGTTTCAATATTTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATa > 1:390606/1‑140 (MQ=255) gggTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGc > 2:239015/3‑140 (MQ=255) tGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATacag > 2:396580/1‑137 (MQ=255) tGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCg < 1:571255/140‑1 (MQ=255) tgggtatGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGtt < 2:250484/136‑1 (MQ=255) atatGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTaa < 2:740811/140‑1 (MQ=255) atttttGAACAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAGAGCATTTAAAGATTCGGTGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTAATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAAt < 1:48723/137‑1 (MQ=255) atGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAAt < 1:268639/140‑1 (MQ=255) ttGAATAATTCAAGTAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCt < 1:244527/140‑1 (MQ=255) 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| TGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAG > CP000730/607751‑608020 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |