| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 618,567 | T→C | 10.3% | D1223D (GAT→GAC) | sdrD → | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 618,567 | 0 | T | C | 10.3% | 226.9 / 5.6 | 97 | D1223D (GAT→GAC) | sdrD | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/55); new base C (8/3); total (39/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGA‑TAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACT > CP000730/618431‑618706 | gcgactcagattcagacagcgactcagattcagacaGCGACTCAGACTCAGATAGGGATTCAGAATCAGATAGCGACTCAGATTAAGACACGGACGCAGACGCAGAATGCGAAAAAGACGAAGA‑TAGAGGCtcagaatca > 2:371566/1‑140 (MQ=14) agattcagacagcgactcagattcagacagcgactcAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGA‑TAGTGACTCAGATTCAGATAGCg > 1:300382/1‑140 (MQ=255) gattcagacagcgactcagattcagacagcaacacaGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGA‑TAGTGACTCAGATTCAGATAGCGa < 1:47562/140‑1 (MQ=255) attcagatagcaactcagattcagacagcgactcagACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCCGACTTGT‑ACTCATACTCAGACAGCGAc < 2:349911/140‑1 (MQ=1) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |