| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_1861 ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 174.3 / ‑6.5 | 60 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_1861 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (28/30); minor base G (0/1); total (28/32) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTT > CP000730/2010226‑2010496 | tttCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATaa > 2:39442/1‑140 (MQ=255) tCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCaa > 1:429190/1‑140 (MQ=255) ttttCTTAATCTTCAAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAatat > 1:397918/1‑140 (MQ=255) ctgaaTCTTCCAAAGAAATCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTTCTGCTAAAGTCAATTTCAAATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAACTAACCAAATATTCAt < 1:378243/137‑1 (MQ=255) cTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAt < 1:503084/140‑1 (MQ=255) tAATCTTGCAAAGAAAACGTACACCGTTGAAATGTAAGATGGGAAGATAAACAGGGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa > 1:481581/1‑140 (MQ=255) aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATTTAATCTAACCAAATATTCATTaa > 2:288687/1‑140 (MQ=255) aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTaa > 1:151052/1‑140 (MQ=255) aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTaa > 2:561430/1‑140 (MQ=255) aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATAATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTaa > 1:30631/1‑140 (MQ=255) tCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAcc > 2:527656/1‑140 (MQ=255) tCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAcc < 1:688943/140‑1 (MQ=255) tCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGATATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCgg > 1:271775/1‑140 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 1:720455/1‑140 (MQ=255) aaaGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTa > 1:279234/1‑140 (MQ=255) aaaGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTa > 1:279187/1‑140 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaa < 2:435291/140‑1 (MQ=255) aCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGAGCAATAATAATTGTAATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTAAAAATGaa > 1:266587/1‑140 (MQ=255) cGTACAACCTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAGGTCAATTTCAAATCTAAAAAGAACATTATGAATAGTGCAATAATGATTGTTATATAATATAACCAAATATTCAGTAACCCGCGTAAAATGaaa > 2:352011/1‑140 (MQ=255) gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGAAACATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAACTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAt < 1:521401/140‑1 (MQ=255) cacCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATCAACAGAGCTGCTAAAGTCAATTGCACATCTAAAAAGAACAGTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATGTTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCtt > 2:525420/1‑140 (MQ=255) aaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 1:122344/140‑1 (MQ=255) aaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 1:185361/140‑1 (MQ=255) aaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 2:82182/140‑1 (MQ=255) aaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 1:728785/140‑1 (MQ=255) aatgtaaaattGGAAGACAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTACATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTtgtttgtt < 1:510415/140‑1 (MQ=255) gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAACAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTGATTAACCAGCAGAATTAGAAATCTTGTGTTTGTTCac > 2:120649/1‑139 (MQ=255) gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCaa < 2:544842/140‑1 (MQ=255) gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAGCTTTTGTTTGTTCaa > 1:666709/1‑140 (MQ=255) atgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATAAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat‑ca > 1:297990/1‑140 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat‑cat < 2:643853/140‑1 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat‑cat < 2:119504/140‑1 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat‑cat < 1:696193/140‑1 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTAACATCTAAAAATAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat‑cat < 1:325872/140‑1 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTACCATTCCCATGCAAGGAGCAAATTGTGGCTAATACAACAATAGTTGTTATATATCCTAAGCAAATATTGATAAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat‑cat < 2:364789/140‑1 (MQ=255) aGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGa > 1:215361/1‑140 (MQ=255) tcgtctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGatat < 2:372752/136‑1 (MQ=255) gctgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAAAATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTTACCCGGGTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGatat < 1:177519/140‑1 (MQ=255) tAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTTCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACtt < 2:750305/140‑1 (MQ=255) gTCATTTTAACATCTAAAAAGAAGTTTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGAcc < 2:399089/140‑1 (MQ=255) aaTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTAc < 2:512901/140‑1 (MQ=255) aaTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTAc < 1:208637/140‑1 (MQ=255) aTTTCACATCTGAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCAATCTAGATATTACTTGACCTACt > 2:68287/1‑140 (MQ=255) aTTTCACAACTAAAAATAACATTATGGATAGTCCAATACTAATTGTTCAATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCCACTAA‑CCCTCTAGATATTACTTGACCTGCt < 2:350934/140‑1 (MQ=255) tttCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGGTCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAACCGGTTTAACTGAAGCCATTTGGGTGGTCAACAT‑TATTAATCTCTCTAGATATTACTTGACCTACtt < 2:85164/140‑1 (MQ=255) acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGatt > 2:152855/1‑140 (MQ=255) acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATAAAATCTTTTGTTTGTTCAAAAT‑CATTAATCACTCTAGATCTTACTTGACCTACTTGatt > 2:403686/1‑140 (MQ=255) tCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGattatt > 2:673517/1‑140 (MQ=255) tAAAAAGAACTTTATTGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAg < 2:170883/140‑1 (MQ=255) aTGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGc < 2:753088/140‑1 (MQ=255) ggATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCAc < 2:173149/140‑1 (MQ=255) gATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt > 1:688952/1‑140 (MQ=255) gATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATCACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt < 2:378281/140‑1 (MQ=255) ataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGAAATTACATGACGAACACAATGATGAGCATAAAAACTCGCACTAAAAGCTTg > 1:343567/1‑140 (MQ=255) aataacTGTTATAGCATCTCACCAAATATTCATTAACCCGGTTACAATGAAATCTTTTGCTTGTTCAACAT‑CATTAATCGCTCCAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGGATAAAAGCTCGCTCTTAAAGCTTGTa < 2:111919/140‑1 (MQ=255) aatTGTTACATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAAt < 1:706607/140‑1 (MQ=255) atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATg > 1:215197/1‑140 (MQ=255) tgcgtataCAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAACATCGAACCTTTGGTTTGTAGTACAC‑CGTTAGTCACTCGAGATCTTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCCTACTTAACGCTTGTAAATgg < 2:271775/136‑1 (MQ=255) tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTATTGTATGTTCAACAT‑CAGTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAACCTTGTAAATGGt > 2:277445/1‑140 (MQ=255) gTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt < 2:114711/140‑1 (MQ=255) | TTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACAT‑CATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTT > CP000730/2010226‑2010496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |