Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 2,241,539 | T→C | 60.8% | intergenic (‑182/+284) | murZ ← / ← fbaA | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,241,539 | 0 | T | C | 60.8% | 32.7 / 66.9 | 64 | intergenic (‑182/+284) | murZ/fbaA | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/11); new base C (18/21); total (32/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.83e-02 |
TAGCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCAATTTTG > CP000730/2241403‑2241672 | taGCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTGGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGATGTTCTTCCCCACTTATACATGGt > 2:25688/1‑140 (MQ=255) gCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCt < 2:721822/140‑1 (MQ=255) gCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCt < 2:561852/140‑1 (MQ=255) gCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAACATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCt > 2:423787/1‑140 (MQ=255) gCATTAGAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAATTCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTGCTAATATATGCTGTTCTTCCCCTCTTGACCACTGTCt < 2:50178/140‑1 (MQ=255) tatacaagaactttACTTTATGTTTAAAATAGGTTATTGTAATCGTTAAAATCGTGTCTTTCTATTTTCGAGTGAGTAATAACAAATCATTCACCTTTATTAATATATGCTTTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAg < 2:684372/129‑1 (MQ=255) taatttaattTTATTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTc < 1:102704/140‑1 (MQ=255) atttaattTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTCTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTg < 2:652648/138‑1 (MQ=255) aattTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATAATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGatta > 1:232000/1‑140 (MQ=255) aCTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAAc > 1:597683/1‑140 (MQ=255) aCTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAAc > 1:66401/1‑140 (MQ=255) cTTTTTTTGTAAAATAGTTTGTTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACt < 1:170793/140‑1 (MQ=255) aTTTTTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATTCTGTTCTTCACCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTTAat < 2:11739/140‑1 (MQ=255) aTTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAat < 1:182417/140‑1 (MQ=255) gTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTg < 1:501421/140‑1 (MQ=255) taaTAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCGTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACg < 1:592413/139‑1 (MQ=255) 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ttAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTGTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAGCTAAATATTGACGTTGTTTTGACaa > 1:467001/1‑140 (MQ=255) aTCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAatta > 2:446411/1‑140 (MQ=255) aTCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTAACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAatta > 1:68669/1‑140 (MQ=255) ttAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTa < 2:243133/140‑1 (MQ=255) aagcTTATCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAGTCTGGGGGTTTTTGTGACAATTATTTAGttt < 2:734604/137‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAAt > 1:640560/1‑140 (MQ=255) ttGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAAt > 1:163729/1‑140 (MQ=255) gTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCCCCTTTACTAATACATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTGGTGTTGAAAATTATTTAGTTTTAATTc < 2:502925/140‑1 (MQ=255) tCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTATTATATGCTGTTCTTCCCCAATTGACCACGGTCTAAATTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCt < 1:405066/140‑1 (MQ=255) tCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCt < 1:84838/140‑1 (MQ=255) ttCTATTTGCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACg < 2:528271/140‑1 (MQ=255) gattgattAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGt < 1:39065/140‑1 (MQ=255) tgattAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTTACGTaaa > 1:724710/1‑140 (MQ=255) taaCAAATCATTCATCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACcttttt < 1:25688/140‑1 (MQ=255) aCAAACCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTCCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCa < 2:523851/140‑1 (MQ=255) aaaTCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATa > 2:702207/1‑140 (MQ=255) aaTCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATaa > 2:729591/1‑140 (MQ=255) tCATTCACCGTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTGGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATaact > 1:557953/1‑138 (MQ=255) cATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAATTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAAtt > 1:98901/1‑140 (MQ=255) ttCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGCTTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGc > 1:117579/1‑140 (MQ=255) tCACCTTTACTAATATACGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGAATATTCAACTAAATATGGACGTTGTCTTGACAATTATTTAGCTTTGATTCTACGGATTTCACGTAAATTTTTTTCTTAATTTGCt > 2:67032/1‑140 (MQ=255) cTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCAACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTGAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCAtt < 1:632485/140‑1 (MQ=255) tttACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTTACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAAGATTGACGTTGTGTTGACTATTATTTAGTTGTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCAttt < 2:66401/140‑1 (MQ=255) tttACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCAttt < 2:597683/140‑1 (MQ=255) gtgcTAATATTTGCTGTTCTTCCCCTCTTGGCCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTGTTTTCATAAATTGTTCAtttt < 2:219044/137‑1 (MQ=255) tACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTc < 1:288308/140‑1 (MQ=255) ttAATATATGCTTTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGGTTTGACAATTATTTATTTTTAATTTTACTGTTCTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTTCTCATTTTCCt < 2:249041/139‑1 (MQ=255) cTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTACTTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATtata > 1:288037/1‑140 (MQ=255) cTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATtata > 2:31861/1‑140 (MQ=255) cTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATATTCCTTATAATtata > 1:157402/1‑140 (MQ=255) gTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTTTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATTAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATc > 2:227579/1‑140 (MQ=255) gTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGTCTATTTTCCTTATAATTATATc > 1:215079/1‑140 (MQ=255) gTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATc > 2:198025/1‑140 (MQ=255) cttcCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATcaca < 1:446411/140‑1 (MQ=255) cttcCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTATTCGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATtaca > 2:175465/1‑140 (MQ=255) ttcCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaa < 1:574234/140‑1 (MQ=255) ccccACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatc > 2:484183/1‑140 (MQ=255) ccccACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCAAGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatc > 1:397255/1‑140 (MQ=255) ccACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGCCGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatcaa > 1:221086/1‑140 (MQ=255) ccACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGATGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTGACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatcaa > 2:41997/1‑140 (MQ=255) cTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATGTCACAATCAAttt > 1:543019/1‑140 (MQ=255) tGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCAATTTTg > 2:169770/1‑140 (MQ=255) | TAGCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCAATTTTG > CP000730/2241403‑2241672 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |