| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,454,626 | A→T | 100% | L48L (CTA→CTT) | USA300HOU_2315 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,454,626 | 0 | A | T | 100.0% | 194.6 / NA | 64 | L48L (CTA→CTT) | USA300HOU_2315 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (40/24); total (40/24) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATT > CP000730/2454494‑2454758 | tAAAATTTCTGGTTTTCAATGTGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAAAACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt > 1:393181/1‑140 (MQ=255)tAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt > 1:694523/1‑140 (MQ=255)tAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACAAt > 1:64617/1‑140 (MQ=255)tAAAATTTCTGGTTTTCAATGAGCAATCACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt < 1:528146/140‑1 (MQ=255) aaaaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAtt < 1:68148/140‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTTTTCAATGGGGAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAACTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 2:554548/140‑1 (MQ=255) tGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgctg < 2:205842/140‑1 (MQ=255) ttCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATc > 1:572459/1‑140 (MQ=255) aTGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGAGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATAAttt > 2:112252/1‑140 (MQ=255) gggCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGt > 2:622466/1‑140 (MQ=255) ggCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCAATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACCCTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATCGCTGCAATAATTTGta > 2:145963/1‑140 (MQ=255) ccaTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACATTGGCGTTATCCATTATTCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGtata < 2:447414/138‑1 (MQ=255) aaggACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATTGCGTTATCCATTAAGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTAGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATAc < 2:339268/137‑1 (MQ=255) aaTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATAc < 2:368515/140‑1 (MQ=255) aTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCTTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACt < 1:265710/140‑1 (MQ=255) tGACGCTTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 2:617688/140‑1 (MQ=255) tttCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCa > 1:472708/1‑140 (MQ=255) cGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTTTAAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCAAAATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCaaaa > 1:34036/1‑139 (MQ=255) cGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAat > 1:212300/1‑140 (MQ=255) cGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTAAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATTTTGCACCTTTAAATGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAat > 1:616929/1‑140 (MQ=255) ttGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTCGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAg < 2:472708/140‑1 (MQ=255) cATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGTTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTcc > 1:213474/1‑140 (MQ=255) cAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACtt < 1:236295/140‑1 (MQ=255) tGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACCTGCa > 1:203144/1‑140 (MQ=255) gCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAACTATAAAAAGGTCCAACTTGCAgg > 2:592741/1‑140 (MQ=255) aTCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAACAGGTCCACCTTTCAGGtctga > 2:760800/1‑136 (MQ=255) aTCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAAGTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTATAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTaa > 1:545599/1‑140 (MQ=255) ccATTCTGCTCAGAGATTTCCAGTCTATACTTGGAGTCAAACACTTTATCTTTCAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTAAAATAAAAAACGGTCCAACTTGCAGGTTTaaaa > 2:380499/1‑140 (MQ=255) cATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAAt > 2:413187/1‑140 (MQ=255) cATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTACTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGTTCCAACTTGCAGGTTTAAAAt > 1:225782/1‑140 (MQ=255) aTGCTCAGAGATTTCCAGTCCATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATGTAAAAAGATCCAACTTGCGGGTTTAAAATtctc > 1:461355/1‑140 (MQ=255) tGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCa > 1:722621/1‑140 (MQ=255) gagaTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGc < 2:213474/140‑1 (MQ=255) gaTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCt < 1:514495/140‑1 (MQ=255) gaTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCt < 1:645056/140‑1 (MQ=255) aTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTg > 1:91022/1‑140 (MQ=255) tttCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAATAATTTCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTGTCAATCAGCCTGa > 1:457307/1‑140 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGAACAATTAATTGCTGCAATAATTTGTATACTAGTTTTCAAATATAAAAAGGTACAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGaaa > 1:64957/1‑140 (MQ=255) aGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTa < 2:649505/140‑1 (MQ=255) gtttataATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTaa < 1:96413/137‑1 (MQ=255) cTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAAtt < 2:490159/140‑1 (MQ=255) cTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAAtt < 2:262534/140‑1 (MQ=255) tcgcttCAAACACCTTATATCTCTACTTACAGATCTTTCACCACTAATTGCTCGAATCATTTGTATACGCGGTTTCAAAGATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTc < 1:533093/135‑1 (MQ=255) tGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATTTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTc < 2:34036/140‑1 (MQ=255) gtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTAtt > 1:16150/1‑140 (MQ=255) gtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTATCAAAAAAAAAAAAGTCCAACTAGCAGATTAAAAAAACTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGACTAtt > 1:20889/1‑140 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTCATTGCTGCACCCACTTGACTCCTCGTTTTCCAATATAAACAGGTCCACCTTGCAGGTTTACACTTCTCACTCAGCCTGCAAGTAACTGAACGTTTCTTg > 2:48617/1‑140 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTg > 2:431117/1‑140 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTg < 1:214604/140‑1 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTg > 2:48612/1‑140 (MQ=255) cacTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCATTTGCTAGc > 2:564823/1‑140 (MQ=255) cTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAAAATAAAAAGGAACAACTTGAAGGTTTAAAATTCTAAATAAGCCGGAAAGTAATTAAACGTCTATTGCTAGCtt > 1:48123/1‑140 (MQ=255) tataTTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATAATCGTTTTCAATTATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGCTTAAAATTGTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTaa > 2:729981/1‑140 (MQ=255) atatgggAAGATACAGAGCTTGCACCATTAATTTCTGCAATCATTTTTATACTCGTGTTCAAATATAAAAAGGTCCTACTTGCAGGTTTAAAATTCTGAATCAGCCTGAAAGGAATTGGACGCCTTTTTCTAGCTTTAAt < 2:130094/134‑1 (MQ=255) atTTGAAGTTACATATCTTGCACTATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt < 1:418682/140‑1 (MQ=255) atTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt > 2:644188/1‑140 (MQ=255) atTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTAGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt > 1:28283/1‑140 (MQ=255) tttGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAACAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAtttt > 2:321822/1‑140 (MQ=255) tttGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAAATTGCAGGTTTAAACTTCTAAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAtttt > 1:100574/1‑140 (MQ=255) aCAGATCTTTCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACCCGTTCTTTCATCTAAAAAAGTCCACGTTGTTGTGTTGATATCCTCTAACCGCACGAAAGTAATTGTAAGTCTGTTTATAGCTTTAATTTTATCTTTact > 2:185844/1‑138 (MQ=255) aCAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAat > 2:182701/1‑140 (MQ=255) aCAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAat > 2:26474/1‑140 (MQ=255) cAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAACAGGTACAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatt > 2:254000/1‑140 (MQ=255) cAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTAAAATATAAAAAGGTCCAACTGGCAGGTGTTACTTTCTCGATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatt < 1:143594/140‑1 (MQ=255) | TAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATT > CP000730/2454494‑2454758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |