| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,709,576 | C→T | 93.7% | G451S (GGT→AGT) | USA300HOU_2562 ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,709,576 | 0 | C | T | 93.7% | 271.2 / 4.3 | 100 | G451S (GGT→AGT) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/5); new base T (53/40); total (55/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TTTTTTAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGT > CP000730/2709439‑2709712 | ttttttAGCATATTCTTTATATTCCGATTCCACAATTGGTGTACCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAACCTGTCCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTaa < 2:574265/140‑1 (MQ=255) tttttAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAAt < 1:15807/140‑1 (MQ=255) gCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAg > 2:668038/1‑140 (MQ=255) aTAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAgtg > 2:512754/1‑140 (MQ=255) aGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCTATATCCACCATGACCGAGTCACTCATTCATTgtggt > 2:116140/1‑140 (MQ=255) aGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCCGTAATTAATAggtgt > 2:490759/1‑136 (MQ=255) gccTTTATATTCCGATTTCCCAATTGGTGTAGCAGCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTTCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAgtggtg < 2:303480/138‑1 (MQ=255) gTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAgtggtg < 2:321435/140‑1 (MQ=255) tttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatg < 2:363392/140‑1 (MQ=255) tttAAATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTGACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTACTTAATAGTGGtgatg > 2:464416/1‑140 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACTATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAGAGACATTACCAATATGCACCATGACCGAGTCACTAATTAATTGTGGtgatgt > 2:268212/1‑139 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga < 1:405563/140‑1 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga > 2:267785/1‑140 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAAACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga > 1:588080/1‑140 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAAATTTACCATCAATTTGTGAATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGAAATTACCAATATCCACCATGACCGACTAACTAATTAATAATGGtgatga > 2:283267/1‑140 (MQ=255) tataTTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGGCGTCCCACTTTACCATCAATTTGTGCACTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCACTATCCACCATGGCCGAGTCACTAATTAATAGAGGTGATGAc > 2:485015/1‑140 (MQ=255) acactgctctttCACAATTGGAGTAGCATCAACGAGTTGCCTTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACt < 2:408500/131‑1 (MQ=255) tatTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACtt > 1:108377/1‑140 (MQ=255) atTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCAGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACttt > 1:487896/1‑140 (MQ=255) ttGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACtttt > 2:704040/1‑140 (MQ=255) cGATTTCACAATTGTTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTCCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTaa < 1:167475/140‑1 (MQ=255) cacaATTGGTGTAGCATCAACGATTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGGGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGATCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCct < 2:337529/140‑1 (MQ=255) cacaATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATTTCct > 2:652846/1‑140 (MQ=255) cacaATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTACTGACTTTTTAATATCct > 2:226560/1‑140 (MQ=255) acaATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCctc > 2:89159/1‑140 (MQ=255) caATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTCATTAATAGTGGTGCTGACTTTTTAATATCccct > 2:428173/1‑140 (MQ=255) caATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCctct > 1:582532/1‑140 (MQ=255) caATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCctct > 2:468988/1‑140 (MQ=255) caATTGGTGCAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCCTCAATTTGTGCATTTGGCATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCCGGTCACTACTTAATATTGCTCATGACTTTTCAATATCctct > 2:553163/1‑140 (MQ=255) tgtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAt > 1:329103/1‑140 (MQ=255) tgtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAt > 1:207686/1‑140 (MQ=255) gtAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTAtt < 2:714394/140‑1 (MQ=255) gCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCTATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGc < 1:473661/140‑1 (MQ=255) aCGTGTTGCCGTCCAACTTTCCCATCTATTTGTGCATTTGGAATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTAACTAATTAATAGTATTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTg < 2:260753/140‑1 (MQ=255) cGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTCATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGc > 1:373355/1‑140 (MQ=255) gAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGTAATTCCCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCt < 1:553198/140‑1 (MQ=255) gAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCt > 2:714987/1‑140 (MQ=255) gTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTTCATCTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTATCAATATCCACCATGACCACGACACTAATTAATAGAGGTGAGGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCttg > 1:573594/1‑139 (MQ=255) gTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTATGCTTa > 1:155913/1‑140 (MQ=255) ccGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCct > 1:445249/1‑140 (MQ=255) aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCACTATCCAGCATGACCGAGTCACTACTTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTATTTGCTATTCGCTGTCTGCTCATCCTCTTGCt > 2:423794/1‑140 (MQ=255) aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTTTCTACTTTTCCGCTGGCt > 2:632117/1‑140 (MQ=255) aaCTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCt < 2:630130/140‑1 (MQ=255) cTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCGGTCTGCTTATCCTCTTGCGTa > 2:203254/1‑140 (MQ=255) cTTGACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGAAGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTa > 1:546636/1‑140 (MQ=255) ttACCATCTATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATc < 1:22790/140‑1 (MQ=255) tgaCCATTCATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATGAACAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATc < 1:269607/138‑1 (MQ=255) tACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCt > 1:50091/1‑140 (MQ=255) tccATCAATTTGTTCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACTATGACCCAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCtt < 1:396978/139‑1 (MQ=255) aTCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCttttt < 1:668038/140‑1 (MQ=255) aTCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTAGCTGTTTGCTTATACTCTTGCTTATCttttt > 1:266666/1‑140 (MQ=255) tCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCtttttt < 2:645068/140‑1 (MQ=255) gtgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGGCCGCGCCCCCAATTACTAGTGGTGATGACTTTTTAATATCATCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGATTATCTTTTTTAACGACt > 2:58346/1‑140 (MQ=255) gtgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACt > 1:468728/1‑140 (MQ=255) tgCATTTGGTATTTTCTTAGTACAGTCATTACTCATATCCACCATGACATACTCCCTAATGAATAGTTCTGATGACGTTTTATTATCCTCTTTGCTACTCGAGGTCTGCTTATCGTCTTGCTTATCTTTTTTAAGTACtt > 2:149444/1‑140 (MQ=255) tgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACtt > 2:608553/1‑140 (MQ=255) gCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTTActttttt > 2:236508/1‑134 (MQ=255) gCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACttt > 1:657309/1‑140 (MQ=255) gCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATATTCATCGGTTAACACACTTTGTTTGTCCTCGTACATATCTTTTTTAACGACttt > 1:357810/1‑140 (MQ=255) tttgTATTTTCTTAGTATAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTttc < 1:469444/137‑1 (MQ=255) ggTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCCCTGTCTGATTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACTACTTTTttctt > 1:247825/1‑140 (MQ=255) gTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTCATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTttcttc < 1:512754/140‑1 (MQ=255) tATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTATTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCg > 1:99672/1‑140 (MQ=255) ttAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCATCGTTGtttt > 1:344023/1‑140 (MQ=255) ttAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTGTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGtttt < 2:207974/140‑1 (MQ=255) tAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTa < 1:664949/140‑1 (MQ=255) tAAAGACATTACCAATATCCAGCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAAt < 1:454244/140‑1 (MQ=255) tAAAGACATTACCAATATCCAGCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAAt < 1:161690/140‑1 (MQ=255) aacaCATTACCAATATCCTCCATGACTGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAGTTTTTGCTTCGTTGTTTTAAATTc < 1:485015/137‑1 (MQ=255) ccATTACCAATTTCCACCATGCCCTGGTCACTAATTAATGGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTACCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGt < 1:304922/139‑1 (MQ=255) aCATTACCAATATCCACCATGACCTAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTCTTTTCTTCGCTGTTTTAAATTCCGt < 1:381648/140‑1 (MQ=255) aCATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGt < 1:381753/140‑1 (MQ=255) aCATTACCAATATACACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTAGCTTTTTTCACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATGCCGt < 1:543904/140‑1 (MQ=255) ttACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtctt > 1:403465/1‑140 (MQ=255) tACCAATATTCACCATTACCGGGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttc < 1:283267/140‑1 (MQ=255) tACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATTCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttc < 1:267785/140‑1 (MQ=255) aaTATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttcttct < 1:489129/140‑1 (MQ=255) tatCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATCCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTctct > 1:93585/1‑140 (MQ=255) caccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttct < 2:445249/140‑1 (MQ=255) caccaTGACCGAGGCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCGTTCTGCTTATCCTTTCGCTTATCTTTTTTAACGTCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttct < 2:230447/140‑1 (MQ=255) accaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttctt < 1:537333/140‑1 (MQ=255) accaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTATCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTTTTTTCATTGATTTTAATTCCGTCTTCTTTtcttcctt > 1:469863/1‑140 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 1:467538/1‑140 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 1:85323/1‑140 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 2:411731/1‑140 (MQ=255) ccaTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTATATTCGAGGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc > 2:414181/1‑140 (MQ=255) caTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTtcttct < 1:714987/140‑1 (MQ=255) attaCCGAGTCATTAATTAAAAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTTCTTATCTTTTTTACCGCCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCTTCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:433570/137‑1 (MQ=255) aTGCCCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTGTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGAATTTTTCCTGCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:311447/140‑1 (MQ=255) aTGACCGCTTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTTTTTTAAATTTCGCCTTCTTCTCTTTCTtctc < 2:350589/140‑1 (MQ=255) aTGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACCTTTTTATTTGTTGTTTTACATTCCGTCTTCTTTTCTTTCTtctc < 2:68047/140‑1 (MQ=255) tGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTCTTCGCTGTCTGATTATACTCTTGCTTATCTTTTTTAATAACTTTTTTTTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTATTCTCTTtctcctgt > 2:377409/1‑138 (MQ=255) aCCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGc > 1:283815/1‑140 (MQ=255) ccGACTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCGCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCt > 1:519691/1‑140 (MQ=255) gAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGCCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTc < 2:670304/140‑1 (MQ=255) aGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCa > 1:337658/1‑140 (MQ=255) gTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCAt < 1:652846/140‑1 (MQ=255) gTCACTAATTAATAGAGGTGATGACTATTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCATATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTTGTTGTTTTAAATTCCGACTTCTTCTCTTTCATCTCGCCTTCAt > 2:644577/1‑140 (MQ=255) cACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCGTCTCGGCTTCAtgt < 1:397861/140‑1 (MQ=255) cACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCATCTCGGCTTCAtgt < 1:397872/140‑1 (MQ=255) | TTTTTTAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGT > CP000730/2709439‑2709712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |