| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 903,873 | A→G | 6.3% | intergenic (+148/‑523) | USA300HOU_0861 → / → USA300HOU_0862 | possible DNA primase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 903,873 | 0 | A | G | 6.3% | 179.3 / 3.0 | 65 | intergenic (+148/‑523) | USA300HOU_0861/USA300HOU_0862 | possible DNA primase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/23); new base G (2/2); total (38/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
CGAATGCAACCGAATGCAACCGAAAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCGGTTGCATAGTTGCAAAAGTGGATTAACCCCTTGTGACAGTAAGAAAAAAATTGCAACTGGAAAATTTAAAACGAGTTGCATAGCTGTAAATT > CP000730/903733‑904013 | cgaatgcaaccgaatgcaaccgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAAtata < 2:211505/141‑1 (MQ=255) gaatgcaaccgaatgcaaccgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATCACTTATTAGTAGAAAGGTAAATAACCAAAATataa > 1:182153/1‑141 (MQ=255) gaatgcaaccgaatgcaaccgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATataa > 2:73621/1‑141 (MQ=255) atgcaaccgaatgcaaccgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATataaaa > 2:321808/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) atgtaaccgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGt < 2:335630/141‑1 (MQ=255) tgcaaccgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATGAATAAGAAATAGTa > 1:790269/1‑141 (MQ=255) tgcaaccgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATGAATAAGAAATAGTa > 2:136546/1‑141 (MQ=255) aaccgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCa > 2:614829/1‑141 (MQ=255) accgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAATTAGTATCaa > 1:439227/1‑141 (MQ=255) accgaaAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCaa > 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(MQ=255) gCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTtgtg > 1:291331/1‑141 (MQ=255) aacTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACGTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTtgtgtg < 1:233608/139‑1 (MQ=255) cTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGAt > 1:313524/1‑141 (MQ=255) cTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAAATTGTGTGAt > 1:241881/1‑141 (MQ=255) aTCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCgg < 1:614829/141‑1 (MQ=255) tCACAGTAATATAAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCGGt < 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1:439152/1‑141 (MQ=255) tAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCGGTTGCATAGTTGCAAAAGTGGATTAACCCCTTGTGACAGTAAGAAAAAAATTGCAACTGGAAAATTTAAAACGAGt > 1:767585/1‑141 (MQ=255) aaaatccAATATATAAATAAGAAATAGTATCAAATATTTTATAGATTAATTTGTGTGATTTGTGTTGCTTAGTGGCAAAAGTGTATTAATTACTTGTTACAGTAATAAAAAAAGTGGATCTGGAAAATTTAATGCGATTTg < 2:345806/136‑1 (MQ=255) aTAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCGGTTGCATAGTTGCAAAAGTGGATTAACCCCTTGTGACAGGAAGAAAAAAATTGCAACTGGAAAATTTAAAACGAGTTGc > 1:349380/1‑141 (MQ=255) aTAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCGGTTGCATAGTTGCAAAAGAGGATTAACCCCTTGTGACAGTAAGAAAAAAATTGCAACTGGAAAATTTAAAAAGAGTTGc > 1:418964/1‑141 (MQ=255) aaCCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCGGTTGCATAGTTGCAAAAGTGGATTAACCCCTTGTGACAGTAAGAAAAAAATTGCAACTGGAAAATTTAAAACGAGGTGCAt > 1:201760/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaataaGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCGGTTGCATAGTTGCAAAAGTGGATTAACCCCTTGTGACAGTAAGAAAAAAATTGCAACTGGAAAATTTAAAACGAGTTGCATAGCTGTAAAtt < 1:98121/141‑1 (MQ=255) | CGAATGCAACCGAATGCAACCGAAAATTTTAAAACGGGTTGCACCTATAATCACAGTTATATCAAGGGTTTAGGGCACTTATGCAACTGAGCAACTCAAAATCTATAACTTATTAGTAGAAAAGTAAATAACCAAAATATAAATAAGAAATAGTATCAAAAATTATATAAACTAATTTGTGTGATTTCGGTTGCATAGTTGCAAAAGTGGATTAACCCCTTGTGACAGTAAGAAAAAAATTGCAACTGGAAAATTTAAAACGAGTTGCATAGCTGTAAATT > CP000730/903733‑904013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |