| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,210,010 | G→C | 4.8% | E146Q (GAA→CAA) | pyrB → | aspartate carbamoyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,210,010 | 0 | G | C | 4.8% | 231.9 / 2.0 | 79 | E146Q (GAA→CAA) | pyrB | aspartate carbamoyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/43); new base C (2/2); total (34/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGACATCCGTTTAATAACTACTATGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCT > CP000730/1209872‑1210150 | aGACATCCGTTCACTAACTACTATGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGaa > 2:782538/1‑141 (MQ=255) aCATCCGTTTAATAACTACTATGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAgg < 1:629993/141‑1 (MQ=255) aCATCCGTTTAATAACTACTATGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAgg > 1:313327/1‑141 (MQ=255) aTCCTTTTAATAACTACTATGAAAAATCAGCGAATATTAAAATCCCAATTGAGAACGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACATAAAGTTTCCGTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCt < 2:210715/141‑1 (MQ=255) tCCGTTTAATAACAACTCTGAAAAATTAGAGAATATTAAAATAGGAATTGCGAACGCGGATGATGGTAGTAGACACCATCCAACACAAAGTTTCCTTGAGTTCATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGACtt > 2:350003/1‑141 (MQ=255) ccGTTTAATAACTACTATGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGATGGCTTg > 1:301966/1‑141 (MQ=255) ttAATAACTACTATGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATg < 2:303465/141‑1 (MQ=255) taataaCTACTATGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTACGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGAGGATATAAGAAGAATATGGGACGTTTGAAGGCTTGAATGt > 2:268544/1‑141 (MQ=255) ctactaTGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGAt < 1:211304/141‑1 (MQ=255) ctaTGAAAAATTAGCGAAGATTAACAGCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTtg < 2:689065/141‑1 (MQ=255) gAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGATTGAATGTATTGTTTTTTGga > 2:807482/1‑141 (MQ=255) aaaaTTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGgaga > 1:400847/1‑141 (MQ=255) aaaTTAGCGAATATTAACATCCCAGTTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATCTCTGGCGCATGTGGTTGTTTTGAGGGTTTGAATGTTTTGATTTGTGgagtc > 2:567711/1‑139 (MQ=255) aaaTTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGCAGTAATAAAAATATGGATCATTTAAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGAc > 1:183886/1‑141 (MQ=255) ttAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACAtt < 1:294480/141‑1 (MQ=255) atatTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAAtt < 2:587108/141‑1 (MQ=255) tatTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTc < 1:2674/141‑1 (MQ=255) cATCCTAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACgtgt < 1:241824/141‑1 (MQ=255) aaTTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATGTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACg > 2:344166/1‑141 (MQ=255) ttGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgtg > 1:430075/1‑140 (MQ=255) ttGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTCAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgta > 2:17978/1‑141 (MQ=255) ttGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTCAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgta > 2:390801/1‑141 (MQ=255) ttGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGGTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGATGGAATGTATTGATTTGTGGAGACACTAAAAATTCACGTGTCGCACgca > 1:529978/1‑139 (MQ=255) cGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGATGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgtagta < 2:508755/141‑1 (MQ=255) cGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgtagta < 1:532201/141‑1 (MQ=255) cGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgtagta < 2:460293/141‑1 (MQ=255) cGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgtagta < 1:467402/141‑1 (MQ=255) cGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgtagta < 1:294304/141‑1 (MQ=255) cGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgtagta < 2:557227/141‑1 (MQ=255) cGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACgtagta < 1:181291/141‑1 (MQ=255) acgCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCGAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATAGGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAAtt < 2:583629/139‑1 (MQ=255) tGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCa < 2:154867/141‑1 (MQ=255) tGGTGATGGTAGTGGACAAAATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCa < 2:259261/141‑1 (MQ=255) gTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGGCATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTAcgtca > 1:378684/1‑137 (MQ=255) gTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATa < 2:73759/141‑1 (MQ=255) gTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATa > 1:457411/1‑141 (MQ=255) tAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGCATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACCTGTCGCCCGTAGTAATTACCATATTTTaaa > 2:312724/1‑141 (MQ=255) gtgtACGACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTAAATGACGATAGATCAGTAATAAGGATATTATAGAGGATTTGATGTAGTGGTAGGTGGAGACATTAAAAATTCAGATTACGCACGTCCTAATTACCAGAGTCTaagga > 2:211981/1‑138 (MQ=255) 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1:788822/1‑128 (MQ=255) cGATATATGAAGAATATGGATATTATGATGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAATCGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCtt > 1:514219/1‑141 (MQ=255) atGAAGAATATGGATATTTCGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATtg < 1:350003/141‑1 (MQ=255) tGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATtga < 1:769974/141‑1 (MQ=255) tatGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAACGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCt < 1:525882/141‑1 (MQ=255) gATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAg < 1:373988/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCAcc > 2:474620/1‑141 (MQ=255) gAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCt > 1:271852/1‑141 (MQ=255) gAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGATTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCt > 1:237542/1‑141 (MQ=255) gAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGCGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGATTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCt > 1:458099/1‑141 (MQ=255) gAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACAGTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCt > 1:225815/1‑141 (MQ=255) | AGACATCCGTTTAATAACTACTATGAAAAATTAGCGAATATTAACATCCCAATTGCGAATGCTGGTGATGGTAGTGGACAACATCCAACACAAAGTTTACTTGATTTAATGACGATATATGAAGAATATGGATATTTTGAAGGCTTGAATGTATTGATTTGTGGAGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCT > CP000730/1209872‑1210150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |