| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,857,614 | T→G | 5.5% | intergenic (+10/+55) | USA300HOU_2699 → / ← USA300HOU_2700 | NiCoT family nickel (Ni2+)‑cobalt (Co2+) transporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,857,614 | 0 | T | G | 5.5% | 244.8 / 2.4 | 83 | intergenic (+10/+55) | USA300HOU_2699/USA300HOU_2700 | NiCoT family nickel (Ni2+)‑cobalt (Co2+) transporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/44); new base G (2/3); total (36/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TGGGCATTCATTGGTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGT > CP000730/2857476‑2857754 | tGGGCATTCATTGGTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCt > 2:246568/1‑141 (MQ=255) gggCATTCATTGGTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCtt > 2:511223/1‑141 (MQ=255) ggCATTCATTGGTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTg > 1:681619/1‑141 (MQ=255) tttcattGGTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCaa < 2:320577/140‑1 (MQ=255) attcattGGTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCaa < 1:96232/141‑1 (MQ=255) ttcattGGTTCGATCCAATTTGATTACTCAGGCGATATTTTAGTGGCATTATTTTTAATTACTTGGCTGATTTCAAGTTTAATTTGCAAGTTTGGTCGTATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAAc < 1:239742/141‑1 (MQ=255) ggTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCtt > 2:397851/1‑141 (MQ=255) ttCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTg < 1:236175/141‑1 (MQ=255) cgaATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTAttgt < 1:465642/141‑1 (MQ=255) cgaATTTGATTATTTAGGCTATATCTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTAttgt < 1:51149/141‑1 (MQ=255) gaATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTAttgtt < 2:593296/141‑1 (MQ=255) ccaatttcgtattTATGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTAttgtt < 2:164871/132‑1 (MQ=255) ttattTAGGCTATATTTTAGTTTCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCAttttt < 2:152633/141‑1 (MQ=255) tattTAGGCTATATTTTCGTTGCTTGGTTTGTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCAtttttt > 1:194608/1‑140 (MQ=255) tattTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTa > 1:207401/1‑141 (MQ=255) tattTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACATGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTa > 1:520016/1‑141 (MQ=255) tttAGGCTATATTTTTGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGa < 2:466138/141‑1 (MQ=255) tttAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGa < 2:720871/141‑1 (MQ=255) ttAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTAATTCAGGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAGTGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTCCCTTTGTATTGTTGCAtttttcgcc > 1:228781/1‑137 (MQ=255) tAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGATGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTCGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTCTTGTTGCATTTTTAGaca > 2:604532/1‑141 (MQ=255) tAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGaca > 1:699608/1‑141 (MQ=255) tAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGaca < 1:427293/141‑1 (MQ=255) tAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGaca < 2:158238/141‑1 (MQ=255) tAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCAAGAT‑AAGGCTACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGacc > 2:604529/1‑140 (MQ=255) aGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGacac < 1:805677/141‑1 (MQ=255) gCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACAccc < 1:68163/141‑1 (MQ=255) gCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACAccc < 1:125716/141‑1 (MQ=255) tataTTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGTAGTTTGATCGCATAGAACATATA‑GTGCTTGTTGAACGCTACGTGTCTTGCATCGACCTTTGTTTTGTTGCATTTTTAGACACCCtt > 2:170171/1‑140 (MQ=255) ttttttAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGca < 2:634837/139‑1 (MQ=255) ttttAGTTGCATTAGTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGcaca < 2:22266/141‑1 (MQ=255) tttctgTTGCGTTATGTTTACTGTCCTGCCTTATTTCAAGCTTCATTTGGCAGTCTCGTCGCATAGAACACACATGGTCTAGAT‑ACGGCAACTTGTCTTGCAACTAGCTTTGTATTCCTGCATTTTTAGTCACCCTGcaca < 2:4079/136‑1 (MQ=255) tttAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGCCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCacac < 2:309185/141‑1 (MQ=255) tttttAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACAACCTGCACACTTCTTCCATTATg > 1:94728/1‑141 (MQ=255) tAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTAc > 1:239653/1‑141 (MQ=255) aaTTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGTTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACTCTTCTTCCATTATGCTACg < 1:526507/141‑1 (MQ=255) aaTTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGTTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACGCTTCTTCCATTATGCTACg < 1:526627/141‑1 (MQ=255) aCTTAGCTTGTTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATGGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCGACTACCTATGTATTGTTGCATTGTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTAGGCTACGctcc > 2:715176/1‑140 (MQ=255) 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cAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCtt < 2:146001/141‑1 (MQ=255) aGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTa > 1:412881/1‑141 (MQ=255) ttAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAAt < 2:465556/141‑1 (MQ=255) ttAAGTTGGAAGTTTGGTCGCATTGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAGAt < 2:359669/141‑1 (MQ=255) tAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATc > 1:436911/1‑141 (MQ=255) aaTTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAAtag > 2:599685/1‑139 (MQ=255) aaTTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCg > 2:207161/1‑141 (MQ=255) gAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCtt > 2:31509/1‑141 (MQ=255) aaGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCttt < 2:748143/141‑1 (MQ=255) aaGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCttt < 1:464772/141‑1 (MQ=255) gTTTGGGCGCATAGAACACGAATGGTTTAGAT‑AAGGCATCTTGTCTTGCAATGACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACTCTCTTAGTATTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTa < 2:535408/141‑1 (MQ=255) ttGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTaga > 1:329116/1‑141 (MQ=255) aTAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACtt > 2:261409/1‑141 (MQ=255) aTAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACtt < 1:246568/141‑1 (MQ=255) gAACACCAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCAt < 1:739236/141‑1 (MQ=255) caAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGGCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTga < 1:798893/141‑1 (MQ=255) caAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGGCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCCTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTga < 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(MQ=255) ctaCTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTAttt < 1:275169/139‑1 (MQ=255) caccTTGTCTTGCAGCTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTAttt < 1:809198/138‑1 (MQ=255) cAACTTGTCCTGCAACTACCTTTGTACTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTAttt < 2:785245/141‑1 (MQ=255) aCTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTaa > 2:13728/1‑141 (MQ=255) aCTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTaa > 2:251972/1‑141 (MQ=255) aCTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGAACCCTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTaa > 1:114217/1‑141 (MQ=255) gTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAAtt > 2:481558/1‑140 (MQ=255) tCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGTGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGt > 2:263875/1‑141 (MQ=255) tCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTCCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGt > 2:386031/1‑141 (MQ=255) | TGGGCATTCATTGGTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGAT‑AAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGT > CP000730/2857476‑2857754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |