| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 228,319 | T→C | 6.8% | intergenic (+165/‑523) | USA300HOU_0207 → / → hsdR2 | RpiR family transcriptional regulator/type I site‑specific deoxyribonuclease restriction subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 228,319 | 0 | T | C | 6.8% | 204.1 / 5.0 | 74 | intergenic (+165/‑523) | USA300HOU_0207/hsdR2 | RpiR family transcriptional regulator/type I site‑specific deoxyribonuclease restriction subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/29); new base C (2/3); total (42/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
GTTAGTTGCAACGTAAACAATTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATATGAATGAAATGTTTAAATCGTTTGCGTTGAT > CP000730/228179‑228457 | gttagttGCAACGTAAACAATTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGAtt < 1:566653/141‑1 (MQ=255) ttGCAACGTAAACAATTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAgc < 2:703287/141‑1 (MQ=255) tGCAACGTAAACAATTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAgct < 2:593063/141‑1 (MQ=255) gCAACGTAAACAATTGACGTTTTGGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTCTGCAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGCgctt < 2:612082/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCAATTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAGGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGAATGGAACTTTGCtttt > 1:440330/1‑141 (MQ=255) cAATTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTc > 1:606029/1‑141 (MQ=255) aaTTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCa > 1:554622/1‑141 (MQ=255) aTTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCAt < 2:744016/141‑1 (MQ=255) atgaaggtagagATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAAATGTTGCTACAAGTTTGTAACACTGGCATAGAGACTATTTTGAGAAAGATAAAGGCGTGACAAACTAAAGCAAAGTTCAGATTAGAGCACTGCTCTTTTCCTa > 2:431593/12‑141 (MQ=255) tGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAg > 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(MQ=255) ttGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGaataat < 1:729904/141‑1 (MQ=255) atgaAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCGGAAGAATAAtttt > 2:350965/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATg > 1:13884/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATg > 1:97556/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATg > 2:47334/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGc > 2:649274/1‑141 (MQ=255) tgttgCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGCAGAATAATTTTAATGCTaaa > 2:634032/1‑141 (MQ=255) tttgTTACAATTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAAt < 1:19858/140‑1 (MQ=255) gttgCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGTAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAAt > 1:192/1‑141 (MQ=255) cTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAAc < 1:683220/141‑1 (MQ=255) aCAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTTAAGAATAATTTTAATACTAAATGAACTa > 1:11110/1‑141 (MQ=255) aGTTTGGAAAGCTGGCAAAGAGGCTATTTTGAAAATGATTAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTaaga 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(MQ=255) gAAAATGAAAAAGGCGTGAAAAATTAAAGGAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAAt < 1:272092/141‑1 (MQ=255) aaaaTGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAAtt > 2:545089/1‑141 (MQ=255) aTGATAAAGGCGTGACAAAATAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGTTGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTACTATCAAATTAgg > 2:423402/1‑140 (MQ=255) aaaGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGatat > 2:575633/1‑141 (MQ=255) aaGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGTAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATatg > 2:97422/1‑141 (MQ=255) aGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAATCAATTATTAGCAAATTAGTGATatga > 1:447444/1‑141 (MQ=255) aGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGATCAGATTCGCGCTTTGCTTAGTTCATAGATGGAAAGGAAATGAGGAAGAAAAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGGGCTAAAAGCGATTATTATCAAATTAGGGaactga > 2:466993/1‑136 (MQ=255) ggCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATatgaa > 1:679476/1‑141 (MQ=255) ggCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAACTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATatgaa > 1:108360/1‑141 (MQ=255) tGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATAtgaatgaa < 2:606029/141‑1 (MQ=255) cAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATATGAATGAAATg > 1:623039/1‑141 (MQ=255) 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1:42327/140‑1 (MQ=255) aTTTGAGCTTTGGTTGTTTCATAGATGGAAATTAAATGCAGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATATGAAGGAAATGTTTAAATCGTTTGCGTTGAt < 2:171483/141‑1 (MQ=255) aTTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATATGAATGAAATGTTTAAATCGTTTGCGTTGAt < 2:673340/141‑1 (MQ=255) aTTTGAGCTTTGCCTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATATGAATGAAATGTTTAAATCGTTTGCGTTGAt < 1:203640/141‑1 (MQ=255) | GTTAGTTGCAACGTAAACAATTGAAGTTTTTGATGTGATTCAGTTGCTTGATGAAAAATTGTTGCTACAAGTTTGTAAAACTGGCATAGAGGCTATTTTGAAAATGATAAAGGCGTGACAAATTAAAGCAAAGTTCAGATTTGAGCTTTGCTTTTTTCATAGATGGAAATTAAATGCTGAAGAATAATTTTAATGCTAAATGAACTAATACGAAGGTGCTAAAAGCAATTATTATCAAATTAGTGATATGAATGAAATGTTTAAATCGTTTGCGTTGAT > CP000730/228179‑228457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |