| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 607,884 | G→A | 100% | R209* (CGA→TGA) | USA300HOU_0550 ← | deoxynucleoside kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 607,884 | 0 | G | A | 100.0% | 249.4 / ‑6.5 | 80 | R209* (CGA→TGA) | USA300HOU_0550 | deoxynucleoside kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (39/40); minor base T (1/0); total (40/40) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAGT > CP000730/607747‑608021 | tataTGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑Gc < 2:659276/141‑1 (MQ=255) atGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAAt < 1:232267/141‑1 (MQ=255) aatgaatgTATTCGATAAAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGt < 2:298951/141‑1 (MQ=255) aTTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTACTCTTTTATAGTGTATCTACTTGACGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGtt > 2:183252/1‑141 (MQ=255) 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1:139447/1‑141 (MQ=255) tCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGATTAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGa > 1:739031/1‑141 (MQ=255) tCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGa > 1:410980/1‑141 (MQ=255) aaGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa < 1:233264/140‑1 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATAATAGGATTTaa > 2:197610/1‑141 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAAACTAACCGCAACGAGGAGAGACGTTTATCGTGTATATACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa > 2:495026/1‑141 (MQ=255) 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2:246933/1‑141 (MQ=255) aataatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGt > 1:17032/1‑141 (MQ=255) ataatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTc > 1:421125/1‑141 (MQ=255) taatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTcc > 1:606682/1‑141 (MQ=255) cGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATCTCTTTCGTCTCCTATCGTGTATCTACTTGTCGCTCTGTTTGAATAATTCAA‑GAAATTTTGTTTATCATAGGCTTTAAAGGTTCGGGGTCCTTAt > 2:692226/1‑141 (MQ=255) cGATAATATACTTGGAATATATATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTCGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCTTAGAATTTAAAGATTCGGGGTCCtaag > 2:618046/1‑138 (MQ=255) 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1:20484/139‑1 (MQ=255) cTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCat < 1:630879/141‑1 (MQ=255) aTGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGTTATCatat > 2:245488/1‑141 (MQ=255) tGGACTATACATGGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACGTGTCGATATGTTTGAACAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATAtt < 1:234872/141‑1 (MQ=255) atatACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCAtt < 1:716622/141‑1 (MQ=255) ataCATTGAATATAAACATATACGCTCTGTATTTAGTCTTTTCACGTGTATCTAACTGAAGAAACCTTTGTAAATTTGTATGCGGTAAGGTTT‑TCATAGGATTTAAACATGCTTGGTCCTAATGGATATCATATTCATTaa > 2:752447/1‑141 (MQ=255) 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2:136632/141‑1 (MQ=255) tataAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGGATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACg < 2:758507/141‑1 (MQ=255) ataAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTACCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATGATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGt > 1:544879/1‑141 (MQ=255) aaaCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTAc < 1:295210/141‑1 (MQ=255) aaCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACa < 1:736984/141‑1 (MQ=255) cATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTGATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAAc < 1:575326/141‑1 (MQ=255) 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1:73056/141‑1 (MQ=255) cGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATACTGATACGTACAACTGGACa < 1:566921/141‑1 (MQ=255) cGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTAACTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCATTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACa < 1:429445/141‑1 (MQ=255) gCTATGTCTTTAGTCTTTGATCTTGTATGTACTTGTCTATATGTTTGAATTATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACAt > 2:559281/1‑141 (MQ=255) cTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATg < 1:504414/141‑1 (MQ=255) ttAGTCTTTTATCGTGTATCTACTCGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGCGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGTTACGTACAACTGGACATGCATAAAAg > 2:499846/1‑141 (MQ=255) 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1:707421/1‑141 (MQ=255) ttgaTCTACTTGGGGATATGTATGAATAATTTAA‑GCAATTTTCTTTATCATAGGATTTAAAGAGTCGGGGTCCTTATTGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATc < 2:31710/138‑1 (MQ=255) tgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGTTACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATc > 2:5263/1‑141 (MQ=255) gtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCg > 1:742031/1‑141 (MQ=255) gtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCg < 2:142074/141‑1 (MQ=255) tACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATa < 2:649956/141‑1 (MQ=255) 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2:620842/1‑141 (MQ=255) tGTTTGAACAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAATATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAg < 1:483447/141‑1 (MQ=255) tttGAATAATTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTGCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATTCAATCGGCATAGTGTTTCAATAGCt > 2:741141/1‑141 (MQ=255) aataatTCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCttttt < 2:73571/141‑1 (MQ=255) ttCAA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAGt < 1:602598/141‑1 (MQ=255) | TATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGA‑GCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAGT > CP000730/607747‑608021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |