| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,969 | G→A | 100% | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,969 | 0 | G | A | 100.0% | 174.0 / NA | 55 | intergenic (+1027/‑107) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (30/25); total (30/25) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCA > CP000730/76832‑77102 | ttcgaGATCTACGGGTTTGTGCCATGCCACGAAGTTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAATACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAGTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGt < 2:57071/137‑1 (MQ=14)ctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGt > 1:395702/1‑141 (MQ=255)ctTCAGATCTACGGATCTGCGCGATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACTTGGGCTTAAAAGGt < 2:515717/141‑1 (MQ=14) tcagtgcTACGGATCTTCGCCATGGCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAACCATGGTCTTAAAAGGTTa < 2:237672/135‑1 (MQ=14) 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(MQ=18) cACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTGGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt > 1:512398/1‑141 (MQ=255) gCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGt < 2:713184/141‑1 (MQ=255) gCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTAAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAttttgtt > 1:716900/1‑137 (MQ=255) catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc > 2:675340/1‑141 (MQ=255) catcatGCTAGCAAGTCAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc > 1:388095/1‑141 (MQ=255) cTAGCAAGTTAAGCAAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTAGTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAtt < 2:441378/141‑1 (MQ=255) tAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAACAATTa > 2:470520/1‑141 (MQ=255) aGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTACAAACATTGACTTGGGTCAAAAATTAg > 2:242184/1‑141 (MQ=255) ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 2:119020/141‑1 (MQ=255) ttAAGCGAACACTGAAATGATAAATTAGTGGTTAGGTATAGTTAATTAAAAAATAACAGAACAGAGAAAAAAAATGGGCACAAAATGTTAATCTAGATAGTATTACTGCAAACATTGGTTTGGGTCAAAAAtaaaaaaaaa < 2:719075/141‑10 (MQ=255) ttAAGCGAACAATGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGATCCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATGTGGGTCAAAAATTAGGGGTAt < 1:391544/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ataaataaGTGGTTATCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCa < 2:436711/141‑1 (MQ=255) agaaaTGAGTGGTTAGCTATACTTTTTTACTTTTCAACAGAAAGTACAAAAAAAATGTGCATAAAAGGTTAATTTATATAATATTATGGCAAATATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATAAAAAAAATGAATGAATCa < 2:568528/139‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa > 1:369513/1‑141 (MQ=255) aaaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa > 1:286845/1‑141 (MQ=255) tGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAt > 2:611855/1‑141 (MQ=255) ggTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAta > 2:741348/1‑140 (MQ=255) atatTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGGATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAt > 2:749816/1‑141 (MQ=255) tttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATGTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag > 1:484802/1‑141 (MQ=255) cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTa > 2:422004/1‑141 (MQ=255) gCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAAt > 1:26211/1‑141 (MQ=255) cAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATg < 1:13669/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tataAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAGAACAATTCTCTTTGCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTAGATaa > 1:714327/1‑141 (MQ=255) taAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 1:523172/1‑141 (MQ=255) aaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAt < 1:426087/141‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATAATACTTTTATCAAGCTGATTGGCGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAtt > 1:530640/1‑141 (MQ=255) aTGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGa > 1:263414/1‑141 (MQ=255) tGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTAGTTTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg > 1:593619/1‑141 (MQ=255) gggCTTAAAATGTTAATTTATATAGTATTACTGTAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATTAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt < 2:716900/141‑1 (MQ=255) gggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATGAGATTTATTGAGt > 1:89475/1‑141 (MQ=255) gggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt > 1:23145/1‑141 (MQ=255) gggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGATCAAAAAATAGGGTTATTAAAAAAATGACTGATTTAAAAGAGGAGCAAGCAGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt > 2:731789/1‑141 (MQ=255) gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGCTTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGAATTATATAAAATTTATTGAGTCa > 2:491775/1‑141 (MQ=255) | CTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCA > CP000730/76832‑77102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |