| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,243,307 | A→T | 5.0% | S249C (AGT→TGT) | USA300HOU_1165 → | fatty acid/phospholipid synthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,243,307 | 0 | A | T | 5.0% | 230.4 / 2.6 | 79 | S249C (AGT→TGT) | USA300HOU_1165 | fatty acid/phospholipid synthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/35); new base T (2/2); total (42/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
TGGGAATATTGAAGCGAAGACATTAATGGATGGCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAGTTAAAGCACACGGTAGTTC > CP000730/1243168‑1243446 | tgGGAATATTGAAGCGAAGACATTAATGGATGGCGATACAGATGTTGTAGTTACCGAGGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCTGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGag < 1:208368/141‑1 (MQ=255) gggAATATTGAAGTGAAGACATTAATTGATGGCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGCTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACCGCATAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTCTGcgt < 2:383106/141‑1 (MQ=255) tatGAAGCTAAGACATTAATGGATGGCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACt < 2:306304/139‑1 (MQ=255) atTGAAGCGAAGACATTAATGGAGGGCGAAACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACt < 2:239949/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAAAACATAAATGGATGGGGATACAGATGTTGTAGTTACCGAGGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAaaataa < 2:460572/141‑1 (MQ=255) aCATTAATGGATGGCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTa > 2:594839/1‑141 (MQ=255) cATTGATGGATGGCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTAGTGAAAAATCGTGCAGTAAAATGTTAAAAGATTCGATTATGAGTAGCAATAAAAATAAATTAg > 1:517764/1‑141 (MQ=255) cATTAATGGATGGCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAg > 1:186513/1‑141 (MQ=255) cATTAATGGATGGCGATACAAATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAg > 1:460756/1‑141 (MQ=255) atggatggCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGt > 1:255894/1‑141 (MQ=255) ggatggCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGc < 2:512373/141‑1 (MQ=255) ggatggCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGc < 2:759454/141‑1 (MQ=255) gcatggCAATACCGATCTTGTGGTCACCGGTGGCTAGAAGGGGAACAAGGTCCTCAAAAATTTAGAAGGTAATGCAAAATCAACATGCAAAATGTTAAAAAATACCATCATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCATGTGc < 2:213714/139‑1 (MQ=255) gCGATACAGATGTTGTAGTTACCGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAatat < 1:108939/141‑1 (MQ=255) aTACAGATGGTGGAGTTACCGATGGATATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAAGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTga < 2:724858/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACCGATGGATATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTATTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGGAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATAATAAAGAAAGATTTAGCTGa > 2:487222/1‑141 (MQ=255) cGATGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAAtt < 2:6472/141‑1 (MQ=255) gATGGCGATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTc < 2:470357/141‑1 (MQ=255) tGGCTATACTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCACAAGCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGc < 2:363395/141‑1 (MQ=255) ttaaaCTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTaa < 2:628699/137‑1 (MQ=255) tataCTGGGAACATGGTCCTTAAAAATTTAGAAGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTaaa < 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2:254434/1‑141 (MQ=255) tttAGAAGGAACAGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACggtgg < 2:8844/141‑1 (MQ=255) gAAGGTACTGCAAAATCTATCGGTAAAATGTTAAACGATACGTTTATGAGTAGTACTAATAATAAATTAGCAGGTGCAATTTTGAACAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACggaaccact < 2:523608/141‑8 (MQ=255) gAAGGTACTGCAAAAACAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTcc < 1:653062/141‑1 (MQ=255) aGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGt > 1:563/1‑141 (MQ=255) aGGTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGt > 2:362682/1‑141 (MQ=255) ggTACTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGta < 2:460756/141‑1 (MQ=255) cagacggCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGta < 2:186513/135‑1 (MQ=255) gTAATGCAAAAACAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGtat < 2:1388/141‑1 (MQ=255) aCTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTCGTTCCGtataa > 2:240227/1‑139 (MQ=255) aCTGCAAAATCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGAAGTACTACAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAAATTTGGCTGCATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGAGGTTCCGtatta > 2:287733/1‑141 (MQ=255) aaaTCAATCGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGa > 1:371321/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atcGGTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGGTTGGag > 2:60934/1‑140 (MQ=255) ggTAAAATGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGt > 2:470105/1‑141 (MQ=255) tGTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAg > 2:396802/1‑141 (MQ=255) gTTAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAGt > 1:152539/1‑141 (MQ=255) gTTAAAAGATACGAATATGAGTCGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATGTAGCAAAAATCGCTAAAAAGATGGTTTACTCAGAAAACGGTGGTTCCGTATTATTCGGATTTGCAGGTACTGTAGt > 2:667906/1‑141 (MQ=255) ttAAAAGATACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAGtt > 2:438356/1‑141 (MQ=255) aagagtgaggATTATGAGTAGAACTAAAAATAAATGAGCAGGTGAAATATCGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAGTTaa < 2:517764/132‑1 (MQ=255) tACGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAGTTAAAGcaca < 1:712922/141‑1 (MQ=255) aCGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGTTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAGTTAAAGCacac > 2:17790/1‑141 (MQ=255) aCGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGATAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTGCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAGTTAAAGCacac > 1:215998/1‑141 (MQ=255) cGATTATGAGTAGTACTAAAAATAAATTAGCAGGTGCAATATTGAAGAAAGATTTAGCTGAATTCGCTAAAAAGATGGATTACTCAGAATACGGTGGTTCCGTATTATTAGGATTGGAAGGTACTGTAGTTAAAGCACACg > 1:736650/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |