Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 1,685,149 T→A 5.3% intergenic (‑161/+59) USA300HOU_1575 ← / ← rpsU hypothetical membrane protein/ribosomal protein S21

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007301,685,1490TA 5.3% 202.9 / 2.4 69intergenic (‑161/+59)USA300HOU_1575/rpsUhypothetical membrane protein/ribosomal protein S21
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (28/36);  new base A (2/2);  total (31/38)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.15e-01

TTAATTATACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGTTTAC  >  CP000730/1685009‑1685287
                                                                                                                                            |                                                                                                                                          
ttaattaTACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACt                                                                                                                                            <  1:279088/141‑1 (MQ=255)
 taattaTACATGAAATTGAAGATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACtt                                                                                                                                           <  1:242116/141‑1 (MQ=255)
    ttaTACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg                                                                                                                                        <  1:578507/141‑1 (MQ=255)
    ttaTACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgtg                                                                                                                                        <  1:252428/141‑1 (MQ=255)
      ataCATGAAATTGAACATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACAAGTTAGTGTCTGACACTAATATGTGAt                                                                                                                                      <  2:37905/141‑1 (MQ=38)
       taCATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACAAGTTAGTGTCTGACACTAATATGTGAtg                                                                                                                                     <  2:411390/141‑1 (MQ=38)
        aCATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGAtgtt                                                                                                                                   >  2:314317/1‑141 (MQ=255)
               aTTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGtttt                                                                                                                             <  1:723521/141‑1 (MQ=255)
                 tGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTtat                                                                                                                           >  1:702233/1‑141 (MQ=255)
                     tataCTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACTCTAACTTGTGATGTTTGTTTTATAtaa                                                                                                                       <  2:512595/141‑1 (MQ=255)
                         gtttacaagtataAGAACCTAAAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTATTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGGCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATAtaattaa                                                                                                                   <  1:203652/132‑1 (MQ=255)
                         cTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCCTATATTAGTGTTAGACATTAACTTGTGATGTTTGTTTTATAtaattat                                                                                                                   >  1:5506/1‑140 (MQ=255)
                         cTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATAtaattaa                                                                                                                   <  1:274085/141‑1 (MQ=255)
                            tataGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAatat                                                                                                                <  2:725874/141‑1 (MQ=255)
                             ataGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCGGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTGATAtt                                                                                                               >  1:297160/1‑141 (MQ=255)
                                gTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTTATATTCgt                                                                                                            >  1:584146/1‑141 (MQ=255)
                                  tataAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCttgt                                                                                                          >  1:737824/1‑141 (MQ=255)
                                     aaGAACCTATATAATATCAATTTTATTAATTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGAAAACAAAAAAACATCACATATTACTGTCATACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGa                                                                                                       <  2:268517/141‑1 (MQ=255)
                                      aGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTATTTTATTATTGAAAACAAAAAAACATCACGTATTAGTGTTAGTCACTTAGGTGTGATGGTTGTTTTATCTAATTATTATTCTTGTTGAg                                                                                                      >  2:568355/1‑141 (MQ=255)
                                        aaCCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTCGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAggg                                                                                                    >  2:439767/1‑141 (MQ=255)
                                            tataGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTc                                                                                                <  2:133951/141‑1 (MQ=255)
                                             ataGAATATCAATTAGATTATGTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCa                                                                                               >  2:637980/1‑141 (MQ=255)
                                               aGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAAc                                                                                             <  1:2104/141‑1 (MQ=255)
                                                gAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGGTTGTTTTATTTAATTAATATTCGTGTTGAGTGAGTCAACa                                                                                            >  2:462124/1‑141 (MQ=255)
                                                   tatCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACagag                                                                                         >  1:365468/1‑141 (MQ=255)
                                                     tCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGt                                                                                       <  1:257088/141‑1 (MQ=255)
                                                       aaTTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAAAAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTat                                                                                     <  2:108479/141‑1 (MQ=255)
                                                           tGATTATTTATAAACTTTATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTattaat                                                                                 <  2:197782/141‑1 (MQ=255)
                                                           tGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACGACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTattaat                                                                                 <  1:711360/141‑1 (MQ=255)
                                                           tGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTattaat                                                                                 <  1:20311/141‑1 (MQ=255)
                                                           tGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGCTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTattaat                                                                                 <  1:593000/141‑1 (MQ=255)
                                                                atttatAAACTATATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGTTGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACACAGATATTAATTAttt                                                                            >  1:348819/1‑141 (MQ=255)
                                                                atttatAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTAttt                                                                            >  2:443260/1‑141 (MQ=255)
                                                                  ttaaAAACCATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGAAAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTGGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGa                                                                          <  2:16059/141‑1 (MQ=255)
                                                                     taAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTTACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACATGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACTAAGGTAGTAATTATTTGAAtt                                                                       >  2:133391/1‑141 (MQ=255)
                                                                       aaCTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAAttta                                                                     >  2:429921/1‑141 (MQ=255)
                                                                        aCTATATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATACTTTCTTTTCTTGATGATATAGCCATCTGAGTTATTAATTATTTGAAtatac                                                                    >  2:533248/1‑141 (MQ=255)
                                                                          tatataACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAAtttacgt                                                                  <  1:54934/141‑1 (MQ=255)
                                                                           atataACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAAtttacgtt                                                                 >  2:90609/1‑141 (MQ=255)
                                                                           atataACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAAtttacgtt                                                                 <  1:98724/141‑1 (MQ=255)
                                                                           atataACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAAtttacgtt                                                                 >  1:686629/1‑141 (MQ=255)
                                                                              taACTTTTCTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAAtttacgtttac                                                              <  1:439767/141‑1 (MQ=255)
                                                                                aCTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATttacgtttacgt                                                            <  2:139017/141‑1 (MQ=255)
                                                                                aCTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATttacgtttacgt                                                            <  2:139012/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   ttttttAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCa                                                         <  2:200111/141‑1 (MQ=255)
                                                                                         aattaaAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCt                                                   <  1:443260/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           ttaaAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGa                                                 >  2:428303/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            taaAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGAt                                                <  1:404217/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    gACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCttttt                                        >  2:650056/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      caacaaAAAACCATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTAAACCTATCTTCTGATTTCTttttac                                      >  2:530561/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                       aacaaAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTtttttcg                                     >  1:275623/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                       aacaaAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTttttacg                                     >  1:275620/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        acaaAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTttttacgt                                    >  1:6818/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        acaaAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACCAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTttttacgt                                    <  2:379261/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aaaatcatcATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGATATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTttttacgtt                                   <  1:509914/133‑1 (MQ=255)
                                                                                                               aaCATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGc                             >  1:106220/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aCATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAGTTAATCTTCGTGTTGGGGGAGTCAACAGAGGTAGTACTTATTTGAATTTACGTTTCCGTGCATCTACTGCTTTCTTTTTACGTTTTACGCt                            >  2:697957/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aCATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTATTACGTTTTACGCt                            >  1:244487/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     acctatTAGTGTCAGACTCTAACTTGTGATGGTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGtt                       <  2:512021/138‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      caTCTTAGTGTCACACACTAACTTTTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACTTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGttt                      <  1:30441/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          ttAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCg                  <  2:524088/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aGTGTCTGACACTAATATGTGATGTTTGTTTTATATACTTAAGAGTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTa                >  2:192954/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              tgtCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTaaa              <  1:606204/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                tCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAAt            <  2:106220/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 cAGATACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAAtt           <  2:322611/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 cAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAAtt           <  2:687014/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      acTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGt      >  1:596206/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                       cTATCTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTTAGGGAGTCAACAGTGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGtt     <  1:614542/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       cTAACTTGTTATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGtt     <  2:482214/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       cTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGtt     >  1:277305/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                          aCTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGTTTAc  >  1:167850/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                          
TTAATTATACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCTGATTTCTTTTTACGTTTTACGCTTGGTTTTTCGTAAAATTCACGTTTAC  >  CP000730/1685009‑1685287

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: