| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 9,085 | G→A | 50.3% | R685H (CGT→CAT) | gyrA → | DNA topoisomerase (ATP‑hydrolyzing) subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 9,085 | 0 | G | A | 50.3% | ‑3.8 / 129.7 | 95 | R685H (CGT→CAT) | gyrA | DNA topoisomerase (ATP‑hydrolyzing) subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/28); new base A (19/28); total (39/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
GGTAAGATTGCGATTTCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACGTACGCCAGTTAATGA > CP000730/8946‑9223 | ggTAAGATTGCGATTTCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGt < 1:453825/141‑1 (MQ=255) aaGATTGCGATTTCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACa < 1:347525/141‑1 (MQ=255) aaGATTGCGATTTCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACa < 1:72620/141‑1 (MQ=255) cGATTTCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACgg > 1:736447/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATCCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGtgtg < 1:28530/141‑1 (MQ=255) cGTTCAGAGAAGAGGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCCTGATTGGTACAGCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGa < 1:866244/141‑1 (MQ=255) tCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGATGTGAAAg > 1:436871/1‑141 (MQ=255) cAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGCAGCTGTCTTGCTTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAgg > 2:678269/1‑141 (MQ=255) agaagaTGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAGGGTAt > 2:437644/1‑141 (MQ=255) agaagaTGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTAt < 2:688617/141‑1 (MQ=255) agaagaTGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTGAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTAt < 1:87907/141‑1 (MQ=255) gaagaTGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTAtt < 2:652655/141‑1 (MQ=255) atttgatggGTTATAGGCATTTCGCTAAACAAGTGGCCAAGAAGATAGCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTac < 2:643512/138‑1 (MQ=255) gatgaGTTAATTGCAGATCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACtt > 1:482356/1‑141 (MQ=255) atgaGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTc > 1:652780/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACg > 1:714451/1‑141 (MQ=255) cAGTTCGCTTAACAAGCGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACg < 2:456922/141‑1 (MQ=255) gTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGaa > 2:755106/1‑141 (MQ=255) cGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGtg > 2:439611/1‑140 (MQ=255) cGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGGAAGGTAGTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGtt > 1:718307/1‑141 (MQ=255) cGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATGGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGtt > 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2:658018/1‑141 (MQ=255) ttGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAAc < 1:768889/141‑1 (MQ=255) ttGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAAc < 2:549724/141‑1 (MQ=255) aTTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGCTGCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGTAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAgt < 2:202690/141‑1 (MQ=255) ttGGTACATCCCATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAgtg < 1:765855/141‑1 (MQ=255) ttGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAgtg < 1:237819/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tcatacAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGGATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTa > 2:435708/6‑141 (MQ=255) gAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTAt < 1:169582/141‑1 (MQ=255) aTCAACATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCCACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACCGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATgg < 2:635953/141‑1 (MQ=255) tCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGt > 1:325256/1‑141 (MQ=255) cAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTa < 1:846025/141‑1 (MQ=255) aCATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTACTTACTGAAAATGGTTATGGTaaa < 2:619057/141‑1 (MQ=255) aCATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGATCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACGGAAAATGGTTATGGTaaa > 1:576545/1‑141 (MQ=255) cATTACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTAAAATTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAAc > 1:166446/1‑141 (MQ=255) aTTACGTCCGTTAGGCCATACAGCAACGGGTGGGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGGGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACg < 1:491645/141‑1 (MQ=255) ttACGTCCTTTAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACGt < 1:168725/141‑1 (MQ=255) ccTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATCGTAAACGTACGCCa < 2:590538/141‑1 (MQ=255) cTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACGTACGCCAg > 2:686460/1‑141 (MQ=255) tAGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACGTACGCCGGTTa > 2:733725/1‑141 (MQ=255) aGGCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACGTACGCCAGTTaa > 1:345530/1‑141 (MQ=255) ggCCATACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACGTACGCCAGTTAAt > 2:760687/1‑141 (MQ=255) gCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAGATGGTTATGGCAAACGTACGCCAGTTAAta > 2:625354/1‑140 (MQ=255) ccGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTCGCTGCAGTATTAGTGGTTACTGAAAATGGTTATGCTAAACCTACGCCACTTAAtta > 2:255387/1‑139 (MQ=255) | GGTAAGATTGCGATTTCGTTCAGAGAAGATGATGAGTTAATTGCAGTTCGCTTAACAAGTGGTCAAGAAGATATCTTGATTGGTACATCACATGCATCATTAATTCGATTCCCTGAATCAACATTACGTCCTTTAGGCCGTACAGCAACGGGTGTGAAAGGTATTACACTTCGTGAAGGTGACGAAGTTGTAGGGCTTGATGTAGCTCATGCAAACAGTGTTGATGAAGTATTAGTAGTTACTGAAAATGGTTATGGTAAACGTACGCCAGTTAATGA > CP000730/8946‑9223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |