| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 535,338 | A→T | 5.3% | intergenic (+4909/‑816) | USA300HOU_0494 → / → rplY | hypothetical protein/ribosomal protein L25 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 535,338 | 0 | A | T | 5.3% | 234.0 / 4.0 | 78 | intergenic (+4909/‑816) | USA300HOU_0494/rplY | hypothetical protein/ribosomal protein L25 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/36); new base T (2/2); total (39/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
AGTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGATTCTTTGATA > CP000730/535198‑535477 | agTATTCTGGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCAGATCCTGGGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGa < 2:99012/141‑1 (MQ=255)agTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGa < 1:742206/141‑1 (MQ=255)agTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATACTGTAGTGCCATATTATGGa < 1:388355/141‑1 (MQ=255) gTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATCTTGTAGTGCCCTATTATGGaa > 2:171916/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGcaaga < 2:131781/141‑1 (MQ=255) gTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTTCCATATTATGGATATGcaagac < 2:632877/141‑1 (MQ=255) tgtgACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGcaagacaa < 1:145174/141‑1 (MQ=255) tgACTTATTTATTATTCTACCAACCTCATTGCCTGTGAATCTACATTTATTGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTATACGTGCTTCTGCAGCAAACATCAATATTGTAGTGCCATATTATGTATATGcaagacaaga < 2:503884/141‑1 (MQ=255) tgACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGcaagacaaga < 1:120024/141‑1 (MQ=255) tgACCTATTTACTATTCAACCAAAATCACTTCCCGTGAATCTTCATCTACTGGAATTATTCAATATGATTGACGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCGACGATCAATATTGTAGTGCCATATGATGGATATGccagacatgg < 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2:31172/1‑141 (MQ=255) gATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGATTCTTTGata > 2:856702/1‑141 (MQ=255) gATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGATTATTTGata > 1:791073/1‑141 (MQ=255) gATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGAGTCTGTGata > 1:109796/1‑141 (MQ=255) | AGTATTCGTGGTTGTGACGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGATGCTTGTAAACGTGCTTCTGCAGCAACAATCAATATTGTAGTGCCATATTATGGATATGCAAGACAAGATAGAAAAGC‑CCGTAGCCGTGAGCCAATCACTGCTAAATTAGTTGCAAACTTAATCGAAACAGCTGGCGCAACTCGTATGATTGCGTTAGACTTACATGCACCACAAATTCAAGGATTCTTTGATA > CP000730/535198‑535477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |