| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,218,732 | C→G | 4.6% | intergenic (+223/+40) | USA300HOU_1145 → / ← fbpA | possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase/fibrinogen‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,218,732 | 0 | C | G | 4.6% | 248.6 / 2.2 | 78 | intergenic (+223/+40) | USA300HOU_1145/fbpA | possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase/fibrinogen‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/30); new base G (2/2); total (46/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
CATTAGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATGG > CP000730/1218592‑1218870 | caTTAGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTCCAATGAACTCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGac < 1:594313/141‑1 (MQ=255)aaTTAGCATTTTATTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGGAAGGac < 2:477730/140‑1 (MQ=255) ttAGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGacta > 1:11835/1‑141 (MQ=255) aGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGactact > 1:745898/1‑141 (MQ=255) aGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATCTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCCTTAAATAATAAATAAACACCTCCCAATAAGAAAAGactact > 2:293549/1‑141 (MQ=255) gCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTActt > 1:792387/1‑141 (MQ=255) gCACTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTAACCATAAGAAAGGACTActt > 2:533637/1‑141 (MQ=255) aTTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGAGTActttc > 2:19933/1‑141 (MQ=255) aTTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTActtac > 1:224363/1‑139 (MQ=255) ttttAGTTTCACTCATATTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTActttct > 1:428176/1‑141 (MQ=255) ttttAGTATCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTActttct > 1:538865/1‑141 (MQ=255) tAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCtt‑tt < 2:602286/141‑1 (MQ=255) tAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCtt‑tt < 2:658471/141‑1 (MQ=255) tAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCtt‑tt < 2:413469/141‑1 (MQ=255) tAGTTTCACTCACTTTTAAAATCACAAAGATGATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCtt‑tt < 1:614073/141‑1 (MQ=255) gTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCCCCATAAGAAAGGACTACTTTCTA‑Ttgg > 1:83176/1‑140 (MQ=255) gTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑Ttgt > 1:152772/1‑141 (MQ=255) tttCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑Ttgtg > 1:266278/1‑141 (MQ=255) tttCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCA‑CAAAAGAAAGTAGTCctttcttatggtg < 1:601525/141‑7 (MQ=37) tttCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCA‑CAAAAGAAAGTAGTCCTTTCTT‑Atggtg < 1:610140/141‑4 (MQ=38) cACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAgg > 2:718084/1‑141 (MQ=255) 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1:244552/141‑1 (MQ=255) tAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTAtttt > 2:681001/1‑140 (MQ=255) aaaaTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGt > 2:38199/1‑141 (MQ=255) aTCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGa > 1:706845/1‑141 (MQ=255) tCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGAc < 2:266278/141‑1 (MQ=255) aaGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACtt > 2:233872/1‑141 (MQ=255) 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1:153067/1‑141 (MQ=255) tACGTTATTTAAAAACACTATACCTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAAt < 2:816814/141‑1 (MQ=255) ttATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATTACAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGt < 1:852622/141‑1 (MQ=255) tttAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTAGTCTCTT‑TTGAGAGGCGTTTGGGATACGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCa > 2:392553/1‑141 (MQ=255) aaaCACGATACTTCGTATCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTAAGGCGTTTATTTCTCGACAACTTGATTCTGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGCTCatcatc > 2:665492/1‑141 (MQ=255) cacGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAgg < 1:868544/141‑1 (MQ=255) acGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGgt > 2:403170/1‑141 (MQ=255) acGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGAATACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATCAGTTCATAATCAGgt > 2:640610/1‑141 (MQ=255) ccattcctCGTTTAAATGAACGCATGAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGgtg < 1:804162/134‑1 (MQ=255) cGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGGGTTTATTTGTCGACAGCTTGATTATGATTGTTTCCTTTTTTGCATACGTTCGTCATCCGgtg > 1:684987/1‑141 (MQ=255) tCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTCCTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATa > 1:569172/1‑141 (MQ=255) cGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATAc > 1:347096/1‑141 (MQ=255) tttaaTGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACaaa < 2:532306/138‑1 (MQ=255) tGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGtttt < 2:855138/141‑1 (MQ=255) gAACGCATTAAATAATAAATAAACACCGCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGttttt > 2:505310/1‑141 (MQ=255) ttAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGt < 2:538865/141‑1 (MQ=255) ataataaataaACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCata < 1:156620/141‑1 (MQ=255) ataaataaACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGGGGTGTTTATTTGTCGACAATTTGTTTATTATGTTTTCAGTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGt < 2:92853/141‑1 (MQ=255) ataaataaACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGt < 1:294563/141‑1 (MQ=255) aaataaaCACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGTTTTTTATATGTTa > 2:850799/1‑141 (MQ=255) aaataaaCACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTa > 2:642880/1‑141 (MQ=255) taaaCACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACaa > 1:501832/1‑141 (MQ=255) taaaCACCCCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTAATTTTTTCAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACaa > 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cacCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAAccc > 2:302535/1‑141 (MQ=255) cacCTCA‑CAAAAGAAAGTAGTCCTTTCTTATGGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGAGTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAAccc > 2:308637/1‑141 (MQ=25) ccTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAg > 1:404661/1‑141 (MQ=255) cACCATAAGAAAGGACTCCTTTCAT‑TTGTCAGGTGTGTATGTGTCGACAACTTGATTATGATGGTGTCATATTGTTAATAAGTTCATAATCACATGTACCATACAAACTTTTTTGATTGTCATACGTTACAAAcgcctgct > 2:343531/1‑134 (MQ=255) cACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAGTCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACGCAAGCt > 1:197611/1‑141 (MQ=255) ccATAAGAAAGAACGACTTTCTT‑TTGTGCGCCGGCGAAATGTCGACAACTACAGTAAGTGGTTTTCAGGTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCttt > 2:832932/1‑141 (MQ=255) cATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTg < 1:552176/141‑1 (MQ=255) cATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTg < 2:39445/141‑1 (MQ=255) aTAAGAAAGGACTACGTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATAAGGTGTAGCATACTAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGc < 2:745898/141‑1 (MQ=255) tAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGcc > 2:821751/1‑140 (MQ=255) gAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCt < 1:578181/141‑1 (MQ=255) 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1:734373/139‑1 (MQ=255) gACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATgg < 1:42100/141‑1 (MQ=255) gACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTCTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATgg < 1:445735/141‑1 (MQ=255) | CATTAGCATTTTAGTTTCACTCATTTTTAAAATCACAAAGATAATTTGTAACTTAAATGATGATACGTTATTTAAAAACACGATACTTCGTTTCAATGAACGCATTAAATAATAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTT‑TTGTGAGGTGTTTATTTGTCGACAACTTGATTATGATTGTTTCATTTTTTGAATAAGTTCATAATCAGGTGTAGCATACAAAGTTTTTTGATTGTCATATGTTACAAACCCAGGCTTTGCACCTGATGG > CP000730/1218592‑1218870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |