| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,233,504 | T→A | 100% | V470D (GTT→GAT) | USA300HOU_1157 → | non‑specific serine/threonine protein kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,233,504 | 0 | T | A | 100.0% | 198.9 / NA | 61 | V470D (GTT→GAT) | USA300HOU_1157 | non‑specific serine/threonine protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (27/34); total (27/34) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTT > CP000730/1233369‑1233637 | gTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGa > 2:641092/1‑141 (MQ=255) gAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGAtt < 1:641428/141‑1 (MQ=255) tgtTGAACGTGGTGACAGTGTTGAGGTTGTTAGATCAGAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGaata > 2:417522/1‑139 (MQ=255) gtTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTGAGGTCTTAAAGATGATACGATTGaaaaa > 1:600409/1‑141 (MQ=255) ttGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAg > 2:645660/1‑141 (MQ=255) aaCGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCCTGCAGAAATTAAAATCGTTCGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGtat < 1:664293/141‑1 (MQ=255) tggtgACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTACAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATataa > 1:614439/1‑141 (MQ=255) gagtgAAAGTGTTGATGGTGTTCTATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAGTGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATCCGATTGAAAAAGTATataa < 1:78155/139‑1 (MQ=255) gtgACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATataata < 1:660145/141‑1 (MQ=255) aCAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATc < 2:140052/141‑1 (MQ=255) aCAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATc > 1:283803/1‑141 (MQ=255) ttGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAgcgc < 1:424671/141‑1 (MQ=255) tgttgaTAGATCGAAGAGCACTGTAGAGTGCAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCaaa < 2:215534/141‑1 (MQ=255) tCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACAtt > 2:357876/1‑141 (MQ=255) aaGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCa > 2:801177/1‑141 (MQ=255) aaGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCa < 1:439/141‑1 (MQ=255) gCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATc > 2:364444/1‑141 (MQ=255) cccTGAAAATGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAAtaa > 2:557149/1‑139 (MQ=255) cccTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCa > 2:82631/1‑141 (MQ=255) ccTGAAAAGGTTAAAATGCCTAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCaa < 2:646451/141‑1 (MQ=255) ccTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCaa > 1:568678/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATAc < 1:70280/141‑1 (MQ=255) ccAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCAAGCAGTAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACt < 1:667898/141‑1 (MQ=255) aTGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGaaa > 2:809628/1‑141 (MQ=255) tGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCGTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAAt > 2:353915/1‑141 (MQ=255) gTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATc < 1:477967/141‑1 (MQ=255) gTCATTGGGTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATc < 1:621713/141‑1 (MQ=255) tCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGCTACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCg < 2:563227/141‑1 (MQ=255) cATTGGTTTACCTAATGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAGAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAGAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAATTACTGAACTCGc < 1:610649/141‑1 (MQ=255) cATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGc > 2:858160/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAATATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTa < 1:492311/141‑1 (MQ=255) tGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGATaa > 2:706903/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gaggaAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAat > 2:309817/1‑141 (MQ=255) aGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaa < 1:614466/141‑1 (MQ=255) aGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaa > 1:272704/1‑141 (MQ=255) aGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaa > 2:464726/1‑141 (MQ=255) ccTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTACCCGCACATCCTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAAc > 1:159326/1‑141 (MQ=255) ttGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGAAACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACta < 1:364444/141‑1 (MQ=255) ttcAGAAATTAAAATCGTGAGGTCTCAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACCTTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACtat < 1:820423/139‑1 (MQ=255) tGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACtat < 1:453871/141‑1 (MQ=255) cAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTatat < 1:188533/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGa < 1:269530/140‑1 (MQ=255) aaaTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGaa < 2:272704/141‑1 (MQ=255) aTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATc < 1:366523/141‑1 (MQ=255) tAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCtt > 1:509706/1‑141 (MQ=255) gTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAAATATATGAATCTTTAGGCATTAAga > 2:639115/1‑140 (MQ=255) gTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATAATGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGc > 1:451665/1‑141 (MQ=255) ttAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTACACCATACTATGCTTTAGGCATTAAGCAAg < 2:614439/141‑1 (MQ=255) aaaGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAGGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGtt < 1:52803/141‑1 (MQ=255) | GTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTT > CP000730/1233369‑1233637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |