Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,211,305 A→G 8.1% intergenic (‑31/+515) USA300HOU_2086 ← / ← USA300HOU_2087 hypothetical protein/hypothetical membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,211,3050AG 8.1% 204.1 / 2.7 93intergenic (‑31/+515)USA300HOU_2086/USA300HOU_2087hypothetical protein/hypothetical membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (46/36);  new base G (6/3);  total (53/40)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 102 total aligned reads displayed.

GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG  >  CP000730/2211170‑2211445
                                                                                                                                       |                                                                                                                                            
ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTATGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATGGCCTGGTttggtggtg                                                                                                                                         >  2:49675/1‑141 (MQ=14)
ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCAATGTTAATTTGATGTGCTGGTAGCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGAGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTttgatgttt                                                                                                                                         >  1:388007/1‑140 (MQ=14)
   aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTAGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg                                                                                                                                      <  1:370585/141‑1 (MQ=255)
   aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTATGAAATCCATGTTTCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg                                                                                                                                      <  1:370622/141‑1 (MQ=17)
   aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGGCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTATGTTGTTGGGACTTGGTGTAGTGTTATGATGTGGGATTGGGGTGTTGTGGGGTTGTAGCTGGGGttggtgttgttg                                                                                                                                      >  2:618911/1‑141 (MQ=9)
   aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTGACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATGATCCGGGttggtgttggtg                                                                                                                                      >  2:560250/1‑141 (MQ=14)
     tGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGcc                                                                                                                                    >  1:842329/1‑141 (MQ=255)
     tGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGCTTGGAGTTGATGCCATGTTACTTCGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATATACCGGTTTGATGTTGATGcc                                                                                                                                    <  1:522162/141‑1 (MQ=255)
       gggtgttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTAATGCCATGTTACTTTGATGGGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCAt                                                                                                                                  <  1:587204/140‑1 (MQ=255)
       cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACGACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCAGGTTTGATGTTGATGCCAt                                                                                                                                  >  2:602502/1‑141 (MQ=255)
       cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGGTTGATGTTGATGCCAt                                                                                                                                  >  1:324668/1‑141 (MQ=255)
         gttttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGt                                                                                                                                <  1:343942/138‑1 (MQ=255)
          tgttatggtgttagGGACAGGATTGGCGTGGATGCCAGGTTACTTTGGTGTGCTGGTACCACGAGGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGGTGTTGATGCCATGtt                                                                                                                               >  2:292239/1‑141 (MQ=17)
               tggtgttatGGACAGGTCTGGCGTTTATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACttt                                                                                                                          <  1:120291/141‑1 (MQ=255)
                   gttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACGTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGCCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGAGGTTGGTGCCATGTTAGTTTGAtg                                                                                                                      >  1:260216/1‑141 (MQ=18)
                    ttggagagagtgttGGCGTTGATGTCATGTTACCTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgt                                                                                                                     <  2:487688/129‑1 (MQ=14)
                    ttatAGTCAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgt                                                                                                                     <  1:345303/141‑1 (MQ=255)
                    ttatAGACAGGTTTGGCGTTTATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTTTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTTTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgt                                                                                                                     <  1:820858/141‑1 (MQ=255)
                    ttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgt                                                                                                                     <  1:696779/141‑1 (MQ=255)
                        aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCAGGTTACCTTGATGTGCTg                                                                                                                 >  1:474559/1‑141 (MQ=255)
                        aGACAGGTTTGGCGTGGATGCCATGTTATGTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACATGATGTAGGGCTTTGATATGGCATGTCGATGCAACGTTCCTACAGCCCGGTTTGGTGTGGATGCAATGTTGCTTTGCTTTGCTg                                                                                                                 >  2:326034/1‑141 (MQ=12)
                         gACAGGTCTGGCGTACATGCCATGTTACTTGGATGGGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTGATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTgg                                                                                                                <  2:207830/141‑1 (MQ=17)
                          aCAGGTTTGGAGTTGATGCCATGTTACTTTGATGCGACGGTACGTCGGTGAAAATTGATGTGGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTggg                                                                                                               >  1:414618/1‑140 (MQ=17)
                          aCAGGTTTGGAGTTGATGCCATGTTACTTTGATCATATTTTACCACGATGCGAATTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACCTTGATGTGCTGGt                                                                                                               >  1:414608/1‑141 (MQ=17)
                           cAGGTTTGGCGTTGATGCAATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCCCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGCTGTTGGTGTGGTGCTACTTCGAGGGGCTGGTg                                                                                                              >  2:215598/1‑141 (MQ=14)
                               gttGGCGTTGCTGGCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGCCTTGTTGGAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTAc                                                                                                          <  1:669498/140‑1 (MQ=17)
                                ttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCtctg                                                                                                         >  2:243862/1‑138 (MQ=255)
                                ttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGATGGTGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACg                                                                                                         <  1:417279/141‑1 (MQ=255)
                                 tGGCGGTGTCGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGGCTTGATGTAGTGGTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACGGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACgt                                                                                                        <  2:795899/141‑2 (MQ=14)
                                  ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATCGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGAt                                                                                                       <  1:573751/141‑1 (MQ=255)
                                  ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGAt                                                                                                       >  1:774669/1‑141 (MQ=255)
                                  ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGAt                                                                                                       >  1:655200/1‑141 (MQ=255)
                                  ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTCGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCGACGAt                                                                                                       >  2:560867/1‑141 (MQ=255)
                                   gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTCTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCGTGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATg                                                                                                      >  2:329236/1‑141 (MQ=255)
                                    gtttGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGc                                                                                                     <  2:768567/139‑1 (MQ=255)
                                        gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt                                                                                                 >  1:343887/1‑141 (MQ=255)
                                         aTGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACtt                                                                                                <  1:844906/141‑1 (MQ=255)
                                          tGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCTTCGATGCGACTTg                                                                                               >  2:296412/1‑141 (MQ=255)
                                           gCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTCTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGa                                                                                              >  2:367866/1‑141 (MQ=255)
                                           gCCATGTTACTTTGATGGGCTGGTACCACGGTGCGTCTTGATGTAGGGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGGTTGACGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGa                                                                                              <  2:59666/141‑1 (MQ=14)
                                             cATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGCTg                                                                                            >  1:796295/1‑141 (MQ=255)
                                                 ttACTTTGATGTGCAGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGGGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGt                                                                                        >  1:450151/1‑141 (MQ=255)
                                                    cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACg                                                                                                         >  2:60258/1‑121 (MQ=255)
                                                    cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTGCGATGCGACTTGATGTAGTGCt                                                                                     <  2:614692/141‑1 (MQ=255)
                                                    cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACg                                                                                                         <  1:60258/121‑1 (MQ=255)
                                                      ttGATGGGCTGGGACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTat                                                                                   <  1:231787/141‑1 (MQ=255)
                                                        gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCGACGTTGGGACTTGATGTAGTGTTatgt                                                                                 >  2:740498/1‑140 (MQ=11)
                                                        gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCCATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCTTGTTACTTTGATGTGATGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatgg                                                                                 >  1:78879/1‑140 (MQ=255)
                                                          tgtgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAACGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGCTGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGCTGTAGTGCTattatg                                                                               >  2:323847/1‑141 (MQ=14)
                                                           gtgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtgt                                                                              <  1:125299/141‑1 (MQ=255)
                                                             gCTGGTACCACGATACGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGTTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTgg                                                                            >  1:479196/1‑141 (MQ=255)
                                                              cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACGTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTggg                                                                           >  2:472213/1‑140 (MQ=255)
                                                                 gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGtt                                                                        <  1:680924/141‑1 (MQ=255)
                                                                  tACCACGATGCGACTGGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTg                                                                       <  1:540674/141‑1 (MQ=255)
                                                                    ccACGATGCGTCTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcg                                                                     <  2:439189/141‑1 (MQ=255)
                                                                     cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGAGCTATGATGTGGCGTTgcgc                                                                    <  1:608845/141‑1 (MQ=255)
                                                                       cgtggCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg                                                                  <  1:26291/137‑1 (MQ=255)
                                                                       agATGCGACTTGATGTAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGGGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTCCTTTGATGGGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg                                                                  <  1:333252/140‑1 (MQ=255)
                                                                         gtGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt                                                                <  1:612349/140‑1 (MQ=255)
                                                                              aCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCGTGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTCGGATGCGGCTTAGTATAGTGCTGTGATGTGGGGTTGGACTGTTATTgt                                                           >  2:456431/1‑141 (MQ=14)
                                                                                tttactgatggCTATGATGTGGCATTGCTGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgtgt                                                         <  2:866761/131‑1 (MQ=255)
                                                                                ttGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgtgt                                                         <  1:353696/141‑1 (MQ=255)
                                                                                  gATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTAGTGCTTTGATGTGGGGTTGCGCTGTTATGGTGGta                                                       >  2:729923/1‑141 (MQ=14)
                                                                                  gATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTGCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGCTGTGGCGTCGCGCTGGTGTGGTGttg                                                       >  2:12611/1‑140 (MQ=14)
                                                                                     gTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAg                                                    >  2:698325/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGCTGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGGTGCGCTGTTATGGTGTTATAGc                                                   >  1:507005/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTAGAGc                                                   >  2:86600/1‑141 (MQ=255)
                                                                                       aGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcc                                                  >  1:466132/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         tGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATTCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAAGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAg                                                >  1:577636/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         tGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAg                                                >  1:777797/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          gCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTTTGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAgg                                               >  2:767440/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             atgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt                                            >  1:288/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             aggttgtgGTATTGGGGGTGTATTGTGTGATGGTCTGGTGTGAGGTTGGGGCCATGTGCCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGATTTGAAGTAGCGTCATGGGGTTGCGTTGGGCAGTTATGGTGTTATAGACAGGttt                                            <  2:431213/137‑1 (MQ=9)
                                                                                              tgatgTGGCATTGCTGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTg                                           <  2:419808/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               gatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTgg                                          >  2:255894/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     gtaTTGGGGTGTTGTGGTGTTATAGGTCGGTTTGGTTTTGATGGCATGTTGTTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa                                    <  2:282204/139‑1 (MQ=17)
                                                                                                     gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTATGATGTGCTGGTACGTCGATGCGACTTGATGTGGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGGTTTAGCCAGGTTTGGTGTTgg                                    >  2:527895/1‑140 (MQ=11)
                                                                                                       tttggtgtttttgtgtgttatAGACGGGTTTGGGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATg                                  <  2:15930/127‑1 (MQ=14)
                                                                                                       aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATg                                  >  1:834631/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          gCGGTGTTATGGGGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCa                               <  1:77201/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                              tgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGcc                           <  2:842329/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                              tgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGcc                           >  1:743038/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              tgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGAAATGCTCGGGGGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGcc                           >  1:667554/1‑141 (MQ=18)
                                                                                                              tgttatggggttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGcc                           <  1:534988/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                               gttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg                          <  1:279495/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  atggggttatAGACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTa                       <  2:834936/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGCTGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTAGTGTCATGCCGGTAc                      >  2:66933/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGTTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTGGTGTCGTTag                      >  2:66666/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                   tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTAc                      >  2:621282/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    tggcttatAGACCGGTTGCGTGTTCATGCCATGTGACTTTGAGGTGCTGGGGCTACGATGCGGCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACg                     <  2:66671/137‑1 (MQ=18)
                                                                                                                      tgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGAt                   >  1:840855/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                           taGACCGGTTTGATGTTGATGCCCTGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTGGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCttt              >  2:271034/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                             gACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa            <  1:762386/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               ccGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGGTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTAtcgta          >  2:222605/1‑137 (MQ=255)
                                                                                                                                 ggTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtg        >  2:76008/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 ggTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtg        >  2:284311/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   tttGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTCGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgtt      >  2:316909/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    ttgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttt     >  1:261829/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                      gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt   <  1:698325/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGttgttg  >  1:357595/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                       |                                                                                                                                            
GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG  >  CP000730/2211170‑2211445

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: