| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,211,305 | A→G | 8.1% | intergenic (‑31/+515) | USA300HOU_2086 ← / ← USA300HOU_2087 | hypothetical protein/hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,211,305 | 0 | A | G | 8.1% | 204.1 / 2.7 | 93 | intergenic (‑31/+515) | USA300HOU_2086/USA300HOU_2087 | hypothetical protein/hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/36); new base G (6/3); total (53/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG > CP000730/2211170‑2211445 | ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTATGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATGGCCTGGTttggtggtg > 2:49675/1‑141 (MQ=14)ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCAATGTTAATTTGATGTGCTGGTAGCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGAGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTttgatgttt > 1:388007/1‑140 (MQ=14) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTAGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg < 1:370585/141‑1 (MQ=255) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTATGAAATCCATGTTTCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg < 1:370622/141‑1 (MQ=17) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGGCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTATGTTGTTGGGACTTGGTGTAGTGTTATGATGTGGGATTGGGGTGTTGTGGGGTTGTAGCTGGGGttggtgttgttg > 2:618911/1‑141 (MQ=9) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTGACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATGATCCGGGttggtgttggtg > 2:560250/1‑141 (MQ=14) tGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGcc > 1:842329/1‑141 (MQ=255) tGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGCTTGGAGTTGATGCCATGTTACTTCGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATATACCGGTTTGATGTTGATGcc < 1:522162/141‑1 (MQ=255) gggtgttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTAATGCCATGTTACTTTGATGGGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCAt < 1:587204/140‑1 (MQ=255) cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACGACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCAGGTTTGATGTTGATGCCAt > 2:602502/1‑141 (MQ=255) cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGGTTGATGTTGATGCCAt > 1:324668/1‑141 (MQ=255) gttttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGt < 1:343942/138‑1 (MQ=255) tgttatggtgttagGGACAGGATTGGCGTGGATGCCAGGTTACTTTGGTGTGCTGGTACCACGAGGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGGTGTTGATGCCATGtt > 2:292239/1‑141 (MQ=17) tggtgttatGGACAGGTCTGGCGTTTATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACttt < 1:120291/141‑1 (MQ=255) gttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACGTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGCCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGAGGTTGGTGCCATGTTAGTTTGAtg > 1:260216/1‑141 (MQ=18) ttggagagagtgttGGCGTTGATGTCATGTTACCTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgt < 2:487688/129‑1 (MQ=14) ttatAGTCAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgt < 1:345303/141‑1 (MQ=255) ttatAGACAGGTTTGGCGTTTATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTTTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTTTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgt < 1:820858/141‑1 (MQ=255) ttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgt < 1:696779/141‑1 (MQ=255) aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCAGGTTACCTTGATGTGCTg > 1:474559/1‑141 (MQ=255) aGACAGGTTTGGCGTGGATGCCATGTTATGTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACATGATGTAGGGCTTTGATATGGCATGTCGATGCAACGTTCCTACAGCCCGGTTTGGTGTGGATGCAATGTTGCTTTGCTTTGCTg > 2:326034/1‑141 (MQ=12) gACAGGTCTGGCGTACATGCCATGTTACTTGGATGGGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTGATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTgg < 2:207830/141‑1 (MQ=17) aCAGGTTTGGAGTTGATGCCATGTTACTTTGATGCGACGGTACGTCGGTGAAAATTGATGTGGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTggg > 1:414618/1‑140 (MQ=17) aCAGGTTTGGAGTTGATGCCATGTTACTTTGATCATATTTTACCACGATGCGAATTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACCTTGATGTGCTGGt > 1:414608/1‑141 (MQ=17) cAGGTTTGGCGTTGATGCAATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCCCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGCTGTTGGTGTGGTGCTACTTCGAGGGGCTGGTg > 2:215598/1‑141 (MQ=14) gttGGCGTTGCTGGCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGCCTTGTTGGAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTAc < 1:669498/140‑1 (MQ=17) ttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCtctg > 2:243862/1‑138 (MQ=255) ttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGATGGTGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACg < 1:417279/141‑1 (MQ=255) tGGCGGTGTCGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGGCTTGATGTAGTGGTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACGGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACgt < 2:795899/141‑2 (MQ=14) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATCGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGAt < 1:573751/141‑1 (MQ=255) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGAt > 1:774669/1‑141 (MQ=255) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGAt > 1:655200/1‑141 (MQ=255) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTCGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCGACGAt > 2:560867/1‑141 (MQ=255) gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTCTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCGTGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATg > 2:329236/1‑141 (MQ=255) gtttGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGc < 2:768567/139‑1 (MQ=255) gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt > 1:343887/1‑141 (MQ=255) aTGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACtt < 1:844906/141‑1 (MQ=255) tGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCTTCGATGCGACTTg > 2:296412/1‑141 (MQ=255) gCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTCTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGa > 2:367866/1‑141 (MQ=255) gCCATGTTACTTTGATGGGCTGGTACCACGGTGCGTCTTGATGTAGGGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGGTTGACGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGa < 2:59666/141‑1 (MQ=14) cATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGCTg > 1:796295/1‑141 (MQ=255) ttACTTTGATGTGCAGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGGGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGt > 1:450151/1‑141 (MQ=255) cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACg > 2:60258/1‑121 (MQ=255) cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTGCGATGCGACTTGATGTAGTGCt < 2:614692/141‑1 (MQ=255) cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACg < 1:60258/121‑1 (MQ=255) ttGATGGGCTGGGACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTat < 1:231787/141‑1 (MQ=255) gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCGACGTTGGGACTTGATGTAGTGTTatgt > 2:740498/1‑140 (MQ=11) gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCCATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCTTGTTACTTTGATGTGATGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatgg > 1:78879/1‑140 (MQ=255) tgtgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAACGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGCTGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGCTGTAGTGCTattatg > 2:323847/1‑141 (MQ=14) gtgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtgt < 1:125299/141‑1 (MQ=255) gCTGGTACCACGATACGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGTTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTgg > 1:479196/1‑141 (MQ=255) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACGTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTggg > 2:472213/1‑140 (MQ=255) gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGtt < 1:680924/141‑1 (MQ=255) tACCACGATGCGACTGGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTg < 1:540674/141‑1 (MQ=255) ccACGATGCGTCTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcg < 2:439189/141‑1 (MQ=255) cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGAGCTATGATGTGGCGTTgcgc < 1:608845/141‑1 (MQ=255) cgtggCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg < 1:26291/137‑1 (MQ=255) agATGCGACTTGATGTAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGGGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTCCTTTGATGGGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg < 1:333252/140‑1 (MQ=255) gtGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt < 1:612349/140‑1 (MQ=255) aCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCGTGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTCGGATGCGGCTTAGTATAGTGCTGTGATGTGGGGTTGGACTGTTATTgt > 2:456431/1‑141 (MQ=14) tttactgatggCTATGATGTGGCATTGCTGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgtgt < 2:866761/131‑1 (MQ=255) ttGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgtgt < 1:353696/141‑1 (MQ=255) gATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTAGTGCTTTGATGTGGGGTTGCGCTGTTATGGTGGta > 2:729923/1‑141 (MQ=14) gATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTGCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGCTGTGGCGTCGCGCTGGTGTGGTGttg > 2:12611/1‑140 (MQ=14) gTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAg > 2:698325/1‑141 (MQ=255) tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGCTGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGGTGCGCTGTTATGGTGTTATAGc > 1:507005/1‑141 (MQ=255) tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTAGAGc > 2:86600/1‑141 (MQ=255) aGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcc > 1:466132/1‑141 (MQ=255) tGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATTCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAAGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAg > 1:577636/1‑141 (MQ=255) tGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAg > 1:777797/1‑141 (MQ=255) gCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTTTGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAgg > 2:767440/1‑141 (MQ=255) atgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt > 1:288/1‑141 (MQ=255) aggttgtgGTATTGGGGGTGTATTGTGTGATGGTCTGGTGTGAGGTTGGGGCCATGTGCCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGATTTGAAGTAGCGTCATGGGGTTGCGTTGGGCAGTTATGGTGTTATAGACAGGttt < 2:431213/137‑1 (MQ=9) tgatgTGGCATTGCTGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTg < 2:419808/141‑1 (MQ=255) gatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTgg > 2:255894/1‑141 (MQ=255) gtaTTGGGGTGTTGTGGTGTTATAGGTCGGTTTGGTTTTGATGGCATGTTGTTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa < 2:282204/139‑1 (MQ=17) gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTATGATGTGCTGGTACGTCGATGCGACTTGATGTGGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGGTTTAGCCAGGTTTGGTGTTgg > 2:527895/1‑140 (MQ=11) tttggtgtttttgtgtgttatAGACGGGTTTGGGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATg < 2:15930/127‑1 (MQ=14) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATg > 1:834631/1‑141 (MQ=255) gCGGTGTTATGGGGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCa < 1:77201/141‑1 (MQ=255) tgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGcc < 2:842329/141‑1 (MQ=255) tgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGcc > 1:743038/1‑141 (MQ=255) tgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGAAATGCTCGGGGGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGcc > 1:667554/1‑141 (MQ=18) tgttatggggttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGcc < 1:534988/141‑1 (MQ=255) gttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 1:279495/141‑1 (MQ=255) atggggttatAGACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTa < 2:834936/141‑1 (MQ=255) tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGCTGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTAGTGTCATGCCGGTAc > 2:66933/1‑141 (MQ=255) tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGTTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTGGTGTCGTTag > 2:66666/1‑140 (MQ=255) tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTAc > 2:621282/1‑141 (MQ=255) tggcttatAGACCGGTTGCGTGTTCATGCCATGTGACTTTGAGGTGCTGGGGCTACGATGCGGCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACg < 2:66671/137‑1 (MQ=18) tgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGAt > 1:840855/1‑141 (MQ=255) taGACCGGTTTGATGTTGATGCCCTGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTGGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCttt > 2:271034/1‑139 (MQ=255) gACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 1:762386/141‑1 (MQ=255) ccGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGGTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTAtcgta > 2:222605/1‑137 (MQ=255) ggTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtg > 2:76008/1‑141 (MQ=255) ggTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtg > 2:284311/1‑141 (MQ=255) tttGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTCGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgtt > 2:316909/1‑141 (MQ=255) ttgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttt > 1:261829/1‑140 (MQ=255) gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt < 1:698325/141‑1 (MQ=255) atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGttgttg > 1:357595/1‑141 (MQ=255) | GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG > CP000730/2211170‑2211445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |