| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,240,343 | C→A | 5.8% | E339* (GAA→TAA) | murZ ← | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,240,343 | 0 | C | A | 5.8% | 269.1 / 2.1 | 87 | E339* (GAA→TAA) | murZ | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/35); new base A (4/3); total (48/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCAGCAATTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGTTTTAATATCAACAAAT > CP000730/2240204‑2240482 | tCAGCAATTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAAttct > 1:678522/1‑141 (MQ=255)ccAGCAATTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAAttct < 2:532114/140‑1 (MQ=255) cAGCAATTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAAttctt > 1:677955/1‑141 (MQ=255) gCAATTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCa > 1:733333/1‑141 (MQ=255) gCAATTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAACATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGCTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCGTCa > 2:700534/1‑141 (MQ=255) aaTTAAACCAGCAATAATTAACCAAGCTCCTGCTCTTCAATCGCTAGCCTAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTCTCGTTGTTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAAc < 1:288178/141‑1 (MQ=255) aaTTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAAc > 1:36061/1‑141 (MQ=255) aTTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCTATATGTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACa < 2:146089/141‑1 (MQ=255) ccAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGTAAAATGTAATGTTGATGATTTTATTGTTGCGGTGCCTTAGTTAAATTGAATATTTGCACCCATGCGCTTGAATTATGCAACATGTTTa > 2:74604/1‑141 (MQ=255) ccAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTa > 2:450853/1‑141 (MQ=255) ccAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTa > 2:655112/1‑141 (MQ=255) ccAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTATTCAACATGTTTa > 2:766439/1‑141 (MQ=255) ccAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTATCCAACATGtctt > 2:423252/1‑138 (MQ=255) gCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTaaaa > 2:93081/1‑141 (MQ=255) gCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTaaaa > 2:661403/1‑141 (MQ=255) ctataagTAAACAAGCTCCTGCTCTTTAGTCTGGAGCATACAGCTCAGCACTATGTGATGTTGATTGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAAc < 2:787272/139‑1 (MQ=255) cAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATGCTTCAACATGTTTAAAAc < 2:597934/141‑1 (MQ=255) taatTAAACAAGAGCCTGCTCTTCAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGATGTGCCTTCGTTAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCt < 2:408717/141‑1 (MQ=255) tAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCgg > 1:398601/1‑141 (MQ=255) gCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATc > 2:588312/1‑141 (MQ=255) gCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATc > 2:270261/1‑141 (MQ=255) cTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCg < 1:379658/141‑1 (MQ=255) ccTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTa < 1:598741/141‑1 (MQ=255) ccTGCGCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCGTGTAAGGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATTCGCTTTAATTCTTCAACATGATTAAAACGCTCCCGTTAAATCTTa > 2:803416/1‑141 (MQ=255) tGCTCTTGAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATc < 1:786758/141‑1 (MQ=255) tGCTCTTAAATCGCTCGCATAAACTTCAGCACCATGTTATGTTCATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAGCGCTCCGGATAAATCGTATc < 1:608982/141‑1 (MQ=255) tGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATc < 1:454326/141‑1 (MQ=255) tGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATc < 2:153929/141‑1 (MQ=255) aaaTCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACa < 2:280157/141‑1 (MQ=255) aaaTCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACa < 1:408580/141‑1 (MQ=255) tCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAAt > 1:670080/1‑141 (MQ=255) gCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGa > 2:413210/1‑141 (MQ=255) gCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTGAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGa > 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aCTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTGTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATACTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCAttt < 1:169757/141‑1 (MQ=255) tCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACTTGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGcc < 1:575454/141‑1 (MQ=255) tCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGcc > 1:180093/1‑141 (MQ=255) cAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTAGTGTTGCTGTGCCTTCGTTAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCa < 1:587380/141‑1 (MQ=255) cactatttgaTGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGTTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCataa < 2:723209/132‑1 (MQ=255) ccATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCataaat > 2:604679/1‑141 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1:456681/1‑141 (MQ=255) aTGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCataaataa > 1:132055/1‑141 (MQ=255) aTGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCataaataa > 1:707760/1‑141 (MQ=255) aTGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAACATCTGCACCCATGCACTCTAACTCTTCACCATGTATAAAACGCTCCCGATAAATCGTACCACTTACAAATGAATGACCAGTTGCCataaataa < 2:724818/141‑1 (MQ=255) aTGTAATGTTGATGGTTTTAGCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAATACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCataaataa > 1:459946/1‑141 (MQ=255) gTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAaataata > 1:331227/1‑141 (MQ=255) tAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAaataataa < 2:19313/141‑1 (MQ=255) tggtGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTATTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATgg < 1:423252/138‑1 (MQ=255) tGTTGATGGTTTTATCGTTGGTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTATTCAACATGTTTAAAACGCGCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATgg < 1:74604/141‑1 (MQ=255) tGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTATTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATgg < 1:766439/141‑1 (MQ=255) ttaTGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATACATCGTCTTAGTTATCAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATACTGgtgt > 2:178792/3‑141 (MQ=255) tGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGgtgt < 1:269040/141‑1 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atatTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACATGGatat > 1:810042/1‑141 (MQ=255) atTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATAc < 2:670080/141‑1 (MQ=255) ttGCACGCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGTTTCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGGAGATGAGTAGCAAAACCTGGATATACTa < 2:184619/141‑1 (MQ=255) ttGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATACTAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTa < 2:725176/141‑1 (MQ=255) cACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAgtg < 1:190157/141‑1 (MQ=255) cccATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGtt > 1:685777/1‑141 (MQ=255) cATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATAAGTTACTAATGAAGGTCTATTTACCCTAGATAATAATGGTGCAATAGACTGTTGCTAATCAGTAGCAAAAGCTGCATATACTAGTGtttt < 1:646642/141‑1 (MQ=255) cgcTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGTTTTAata > 2:87867/1‑141 (MQ=255) cgcTTTAATTCTTCAACATAATTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACATATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCTAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGTTTTAata > 1:561782/1‑141 (MQ=255) cTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGTTTTAATATc > 2:469266/1‑141 (MQ=255) aaTTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGTTTTAATATcaaca > 1:649470/1‑141 (MQ=255) aTTTTTCAACAGGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGGATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAGCCTGGATATACTAGTGTTTTAATATcaacaa < 2:678522/141‑1 (MQ=255) ttcttcAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGTTTTAATATCAACaaa > 2:723976/1‑141 (MQ=255) tcttcAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGTATTAATATcaccgcaa > 2:866769/1‑135 (MQ=255) | TCAGCAATTAAACCAGCAATAATTAAACAAGCTCCTGCTCTTAAATCGCTAGCATAAACTTCAGCACCATGTAATGTTGATGGTTTTATCGTTGCTGTGCCTTCGTCAACTTCAATATTTGCACCCATGCGCTTTAATTCTTCAACATGTTTAAAACGCTCCGGATAAATCGTATCAGTTACAAATGAAGGACCATTTGCCATAAATAATAATGGTGTAATAGGCTGTTGCAAATCAGTAGCAAAACCTGGATATACTAGTGTTTTAATATCAACAAAT > CP000730/2240204‑2240482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |