| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,310,618 | A→T | 7.3% | G82G (GGT→GGA) | USA300HOU_2169 ← | possible iron (Fe3+) ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,310,618 | 0 | A | T | 7.3% | 273.5 / 2.9 | 96 | G82G (GGT→GGA) | USA300HOU_2169 | possible iron (Fe3+) ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/37); new base T (5/3); total (55/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CCTTTATGTCTACTGCTATCAGCGATAATTAAATCCGGTTTTAATTTACTAATTTCTTCTAAGTTTGGCTGTTTACGTGTACCTACAGAAGTATAATCCCCAATTTTTTCTCTAACTGGTTTAATGATACGTTTTTTCTTACCATCATCAGCAATACCAACTGGTTTAACGTCTAATGCTGCTAATGCATCTGCAAATGAGTACTCTAATACAACGATACGTTTTGCATCTTTAGGTACTTTTACTGTACCATTTTCATCTTTTACCGAAATAGTATCTT > CP000730/2310478‑2310757 | ccTTTATGTCTACTGCTATCAGCGATAATTAAATCCGGTTTTAATTTACTAATTTCTTCTAAGTTTGGCTGTTTACGTGTACCTACAGAAGTATAATCCCCAATTTTTTCTCTAACTGGTTTAATGATACGTTTTTTCTTa < 1:77194/141‑1 (MQ=255) ttATGTCTACTGCTATCAGCGATAATTAAATCCGGTTTTAATTTACTAATTTCTTCTAAGTTTGGCTGTTTACGTGTACCTACAGAAGTATAATCCCCAATTTTTTCTCTAACTGGTTTAATGATACGTTTTTTCTTACca < 1:796235/141‑1 (MQ=255) tATGTCTACTGCTATCAGCGATAATTAAATCCGGTTTTAATTTACTAATTTCTTCTAAGTTTGGTTGTTTACGTGTACCTACAGAAGTATAATCCCCAATTTTTTCTCTAACTGGTTTAATGATACGTTTTTTCTTACcat < 1:487695/141‑1 (MQ=255) tATGTCTACTGCTATCAGCGATAATTAAATCCGGTTTTAATTTACTAATTTCTTCTAAGTTTGGCTGTTTACGTGTACCTACAGAAGTATAATCCCCAATTTTTTCTCTAACTGGTTTAATGATACGTTTTTTCTTACcat < 2:134464/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttACCATCATCAGCAATACCAACTGGTTTAACGTCTAATGCTGCTAATGCATCTGCAAATGAGTACTCTAATACAACGATACGTTTTGCATCTTTAGGTACTTTTACTGTACCATTTTCATCTTTTACCGAAATAGTATCt < 2:343236/141‑1 (MQ=255) tACCATCATCAGCAATACCAACTGGTTTAACGTCTAATGCTGCTAATGCATCTGCAAATGAGTACTCTAATACAACGATACGTTTTGCATCTTTAGGTACTTTTACTGTACCATTTTCATCTTTTACCGAAATAGTATCtt > 2:233035/1‑141 (MQ=255) | CCTTTATGTCTACTGCTATCAGCGATAATTAAATCCGGTTTTAATTTACTAATTTCTTCTAAGTTTGGCTGTTTACGTGTACCTACAGAAGTATAATCCCCAATTTTTTCTCTAACTGGTTTAATGATACGTTTTTTCTTACCATCATCAGCAATACCAACTGGTTTAACGTCTAATGCTGCTAATGCATCTGCAAATGAGTACTCTAATACAACGATACGTTTTGCATCTTTAGGTACTTTTACTGTACCATTTTCATCTTTTACCGAAATAGTATCTT > CP000730/2310478‑2310757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |