Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,852,714 G→T 8.4% intergenic (+68/‑170) USA300HOU_2695 → / → USA300HOU_2696 hypothetical protein/DASS family divalent anion:sodium (Na+) symporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,852,7140GT 8.4% 235.6 / 3.1 83intergenic (+68/‑170)USA300HOU_2695/USA300HOU_2696hypothetical protein/DASS family divalent anion:sodium (Na+) symporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (41/33);  new base T (5/3);  total (46/37)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AAATGCCATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTGAAATA  >  CP000730/2852574‑2852851
                                                                                                                                            |                                                                                                                                         
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 aaTGCCATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGa                                                                                                                                          >  1:99199/1‑141 (MQ=255)
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     ccATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATGTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTCTTTTGAAttt                                                                                                                                      <  1:628233/141‑1 (MQ=255)
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      cATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTta                                                                                                                                     <  2:710039/141‑1 (MQ=255)
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             aTCCCACTTCATGCTGGTACAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTTAAAGGTCACTTTTTTGATTTtactaaccc                                                                                                                              >  2:839056/1‑138 (MQ=255)
             aTCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAaca                                                                                                                              >  2:703982/1‑141 (MQ=255)
              tccctattaattcTGGTAAAATTGAAGAGATGCCTCGTATAATAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTAAAAAAAGAATAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAacac                                                                                                                             <  2:119195/129‑1 (MQ=255)
              tCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATacacac                                                                                                                             >  1:252591/1‑141 (MQ=255)
              tCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGAAAATTAAAAAATTTCAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTCTAAAGGTCGCTCTTTTGATTTTAATAAacac                                                                                                                             >  2:430660/1‑141 (MQ=255)
                ccACTGCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTATCGCATAACCAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCa                                                                                                                           <  1:668272/141‑1 (MQ=255)
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                  aCTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAATTAGGGTCTGATTAACCGTTAACAACACGATAACGGGTTTTTTATTGGTTTAAACGGTCACTTTTTTGAATGTAATAAACACAATc                                                                                                                         >  2:216417/1‑141 (MQ=255)
                  aCTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGCTTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATc                                                                                                                         <  2:27868/141‑1 (MQ=255)
                      cATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCtata                                                                                                                     >  1:566588/1‑141 (MQ=255)
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                                       agagATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCAATTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCAAtt                                                                                                    >  2:286449/1‑141 (MQ=255)
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                                                                      taaataTGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGCTTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGtt                                                                     <  2:417657/141‑1 (MQ=255)
                                                                      taaataTGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGtt                                                                     >  1:173607/1‑141 (MQ=255)
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                                                                             gtgCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTATATTTGTTTTAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTTTACCAGTTCTTCACCGATTTTCGAAAATTAATTATATTATTTATTTGTttactttaa                                                              >  1:105292/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                      aaCCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATAtt                                                     >  2:250289/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                               caacaCGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAAttatta                                            >  2:232316/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                gtgttgTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTAc                                           >  1:183432/6‑141 (MQ=255)
                                                                                                   acGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGt                                        <  2:248422/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    cGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTTAATTTAATAGACACCAGCTATACCAGTCCTTCTCCTATGCTCGAAAAATAAGTATATCAATGATTTCGTTAATTTAATTTCATACTTAATTATTACTGTa                                       <  1:646747/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    cGTTAACGGGTTTTTTATGTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTa                                       <  2:584471/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                       tAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACAt                                    <  1:530888/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aCGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTTTTTTTTTTTAACACCATATATACCCGTTATACATCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGCTTTCTTTAATTTAATTTTATATTTGattatttttgttctttt                                  >  2:714524/1‑130 (MQ=255)
                                                                                                            ggTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTTTTTTTTTTTAACACAATATATACCAGTTCTTAACTGCTTATAGAAACATAATTATATTAATGATTTCTTTCATTTAATGTTATATTTAATTATTACTGTACATcagtt                               >  2:239684/1‑137 (MQ=255)
                                                                                                                    aTTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAg                       >  1:118100/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        gTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCttt                   <  1:272842/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          ttAGAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTAt                 >  1:623176/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              aaGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCtt             <  2:597495/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              aaGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGCAGTTAGCTTTATTCtt             <  1:427368/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 gTCACTTTTTTTTTTTTTTTTAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTGATTTATTTTTATATTTAATTATTTCTGTTTATTTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTaaa          >  2:385573/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 gTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTaaa          >  2:623467/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 gTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTaaa          >  2:505984/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 gTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTaaa          >  1:122066/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                  tCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAAt         >  1:801917/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   cACTTTTTTGAATTTAATATCGACCATCTATAGCAGTTCTTCACCGATTTTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAAGTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAAtt        <  2:604616/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    ccTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg       <  2:126020/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    aCTTTTTTTAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTAAAAGATAAAAAAAAAATAACTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg       <  2:620828/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    aCTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg       >  1:495900/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    aCTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg       >  1:752121/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    aCTTTTTTCAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTg       <  2:509669/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         tttGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCTATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTGAAata  <  2:819867/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         tttGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTACTTTTATATTTAGTTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTGAAata  >  1:445512/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                         
AAATGCCATTCACATCCCACTTCATGCTGGTAAAATTGAAGAGATGTCTCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACGGGTTTTTTATTTGTTTAAAAGGTCACTTTTTTGAATTTAATAAACACCATCTATACCAGTTCTTCACCGATTCTCGAAAAATAATTATATTAATGATTTCGTTAATTTAATTTTATATTTAATTATTACTGTACATCTTTTGTAGTTAGCTTTATTCTTAAATTGAAATA  >  CP000730/2852574‑2852851

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: