New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	512620 =	44 (1.110)	26 (0.950) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	24/180	NT	46.1%	intergenic (+688/‑173)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
	?	CP000730	1998278 =	NA (NA)					intergenic (‑6/+5)	USA300HOU_t0050/rrf4	tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512480‑512759                                                                                                                                             |                                                                                                                                            gtcacaccttgtcccatgccgaacccagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                             >  1:301775‑M1/141‑141 (MQ=255)   cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcggttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa                                                                                                                                           <  2:54575‑M1/3‑1 (MQ=255)    acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttcgggtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggtgaaagaataaaatgggcaagataaaaca                                                                                                                                          <  1:106039‑M1/4‑3 (MQ=255)      gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                        >  1:187357/1‑141 (MQ=255)        tCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGtt                                                                                                                                      >  1:88179/1‑141 (MQ=255)         tgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagattaAAAAAGTTa                                                                                                                                     >  1:335150‑M1/133‑141 (MQ=255)           ttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTAtt                                                                                                                                   <  1:49246‑M1/11‑1 (MQ=255)             aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                 <  2:247290/141‑1 (MQ=255)             aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                 <  2:361200/141‑1 (MQ=255)              tgcaTGACTAAGGTGTAATTTTTACTGTGTGTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGACAAAACAACCTATCTAATTAATAAATAACTTGGATTACTAACGAAAATTCATTTTATAAAGTTATTGAc                                                                                                                                <  2:97390/138‑1 (MQ=255)               cctgcagaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                               >  1:62801‑M1/127‑141 (MQ=255)                atgccgaacacggaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                              >  2:204750‑M1/126‑141 (MQ=255)                    cgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtcgaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaggtaaAAAAAGTTATTGACTTAAAt                                                                                                                          <  1:175871‑M1/20‑1 (MQ=255)                        aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                      >  1:380285/1‑141 (MQ=255)                           tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaata                                                                                                                   >  1:292168/1‑141 (MQ=255)                               gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAt                                                                                                               >  1:23234‑M1/111‑141 (MQ=255)                               gttaagctccctaacgttgatgtgagtggagcttacgttgcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAt                                                                                                               <  2:156010‑M1/31‑1 (MQ=255)                                  aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                            >  2:455209‑M1/108‑141 (MQ=255)                                    gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                          <  1:449638‑M1/36‑1 (MQ=255)                                     ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                         <  1:408132‑M1/37‑1 (MQ=255)                                     aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                         >  1:112284/1‑141 (MQ=255)                                      cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTGGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTAATTGACTTCAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                        >  1:117591/1‑141 (MQ=255)                                        gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAACCAACTCAACTTAAGCAAGACCTTAAATTTCTAACGAAAAGTAATTTTAAAGAGTCATTGACTGAAATGTTAATCAAATGTGtaatta                                                                                                      >  2:171736/1‑141 (MQ=255)                                        cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                      >  1:212397‑M1/102‑141 (MQ=255)                                        cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGCTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                      <  2:356553‑M1/40‑1 (MQ=255)                                            gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                  <  1:225228‑M1/44‑1 (MQ=255)                                                gCAGTTTGAAAGCCGGTATAGTATTTATTTGTTGAGGGAAACAAAACAACTCTACTTAAGAAATAAGTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTTTAATAAATTCTTGt                                                                                              >  2:159116/1‑141 (MQ=255)                                                  aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                            <  1:67364/141‑1 (MQ=255)                                                    tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATACTTGTCGGt                                                                                          >  1:46507/1‑141 (MQ=255)                                                     ttgagttgcTGTATATTATTTATTTGTTTAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                         <  2:47815/133‑1 (MQ=255)                                                     ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATACCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                         >  2:19939/1‑141 (MQ=255)                                                        gtcgaacttacgttgcgctggagtacaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                      <  1:253323‑M1/56‑1 (MQ=255)                                                        aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                      >  1:270392/1‑141 (MQ=255)                                                          cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                    >  2:439230‑M1/84‑141 (MQ=255)                                                          aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                    >  2:387634/1‑141 (MQ=255)                                                          aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                    >  1:306246/1‑141 (MQ=255)                                                           gaacttacgttcggctagagtagaacgttgccaggcagttttttaaacaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTAAACTGCTGATAAAATGTATAATTAATTGTTGTCGGTGAGaaaa                                                                                   <  1:326239‑M1/59‑1 (MQ=255)                                                           gCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                   <  2:245894/141‑1 (MQ=255)                                                             cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATATTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                 >  1:312152/1‑141 (MQ=255)                                                                    atatataatTGTTAAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                          <  2:356424/140‑1 (MQ=255)                                                                     tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                         >  2:390090‑M1/73‑141 (MQ=255)                                                                     tatttacaTGTTGAGGCAAACAAAACAACACAACTTAAGAAAAAACTTGAATTACTAACGAAAATGAACTTTAAAAAGTAATTGACTTAGATGTTAACAAAATGTATTTTTAATTCTTAACAATAAGAAAAAGGAACATTg                                                                         <  2:152383/141‑1 (MQ=255)                                                                         ggagagtagaacattgccaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaaaaaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                     >  2:6078‑M1/69‑141 (MQ=255)                                                                         ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                     >  2:374043‑M1/69‑141 (MQ=255)                                                                            ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAGTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                  <  2:187357/141‑1 (MQ=255)                                                                             tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTACCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                 >  2:52211/1‑141 (MQ=255)                                                                             tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                 >  1:131446/1‑141 (MQ=255)                                                                              gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                >  2:143373/1‑141 (MQ=255)                                                                                tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                              >  2:312815/1‑141 (MQ=255)                                                                                agaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                              >  1:303646‑M1/62‑141 (MQ=255)                                                                                     caaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                         >  1:193005/1‑141 (MQ=255)                                                                                      ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                        >  1:120566‑M1/56‑141 (MQ=255)                                                                                      ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTCATAAACTGTATAATCAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                        <  2:370788‑M1/86‑1 (MQ=255)                                                                                      aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACTTTGAAAACTGAATGACAata                                                        <  1:280755/141‑1 (MQ=255)                                                                                       aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTTTTGTAGGTAAGAAAACAAAAATTGGAAAACTGAATGACAgtaa                                                       >  2:94362/1‑140 (MQ=255)                                                                                       aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                       >  2:155355/1‑141 (MQ=255)                                                                                       aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAAAAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                       >  1:295523/1‑141 (MQ=255)                                                                                        gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATTAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                      <  1:282448‑M1/88‑1 (MQ=255)                                                                                           aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACACtatgcca                                                   <  2:147763‑M1/91‑4 (MQ=255)                                                                                           aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                   <  1:270398‑M1/91‑1 (MQ=255)                                                                                           aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                   >  1:403323/1‑141 (MQ=255)                                                                                           aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAATATGTCa                                                   >  1:297012/1‑141 (MQ=255)                                                                                            aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                  >  1:207819/1‑141 (MQ=255)                                                                                             acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAGCGTAAATTACTTTTCAGAAGTTATTGACGTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                 >  2:444288/1‑141 (MQ=39)                                                                                               ggttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                               >  1:54575‑M1/47‑141 (MQ=255)                                                                                               agttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                               <  2:346334‑M1/95‑1 (MQ=255)                                                                                                gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAATTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                              <  1:15579‑M1/96‑1 (MQ=255)                                                                                                gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACAAAAAAAATGAAAAAAGGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAcaatatgtaaaaaaa                                              >  2:334940‑M1/46‑134 (MQ=255)                                                                                                   ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAGATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                           <  1:427569‑M1/99‑1 (MQ=255)                                                                                                   ttttaatcaaattttggttaaaaaaaaaaatggacaagataaAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATCTGTCAacgttcat                                           <  2:76557‑M1/99‑4 (MQ=255)                                                                                                   caactTAAGAAATAACCTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                           <  1:119277/141‑1 (MQ=255)                                                                                                    tttaattaaattttggntaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                          >  1:395259‑M1/42‑141 (MQ=255)                                                                                                     ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                         >  2:252431‑M1/41‑141 (MQ=255)                                                                                                            aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTACATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                  <  2:338425‑M1/108‑1 (MQ=255)                                                                                                             attttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTAcaaaaaag                                 <  2:440153‑M1/109‑2 (MQ=255)                                                                                                             agttgggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc                                 >  2:11773‑M1/33‑141 (MQ=255)                                                                                                               tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAaacat                               <  1:404617‑M1/111‑3 (MQ=255)                                                                                                                  cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGATTGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGTAAc                            >  2:141382/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                    ttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAAATAATTCTTGAAGGTAAGAAAAAAGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGGCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                          <  2:318062‑M1/116‑1 (MQ=255)                                                                                                                      aaTTACTATCAAAAACTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAGTGAACATTGAAAACTGAAGGACAATATGGCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                        <  2:154478/141‑1 (MQ=37)                                                                                                                       aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                       >  1:253022‑M1/23‑141 (MQ=255)                                                                                                                          accaaCGAAAATTAATTTTAACAAGTTAGTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAGAACGTAACTATAAGtt                    <  1:124698/138‑1 (MQ=255)                                                                                                                            taaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                  <  1:28198‑M1/124‑1 (MQ=255)                                                                                                                            taaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTAGAGAAAAGGGATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTtaa                  <  1:317805‑M1/124‑2 (MQ=255)                                                                                                                            tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                  <  2:80462/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                             aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                 <  1:398671/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                  aaaTTAATTTTAAAAAGGTATTGATTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat            <  1:401451/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                     ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat         >  1:447961/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                         ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg     <  2:395560/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                         ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg     >  1:246967‑M1/5‑141 (MQ=255)                                                                                                                                          taaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTTATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAGCATCTGAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt    >  2:424187‑M1/4‑141 (MQ=255)                                                                                                                                          taaAAAAAGTTATTGACTTAAAGGTTGATAGAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt    >  2:293316‑M1/4‑141 (MQ=255)                                                                                                                                            tAAAAAGTTAGTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATACGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt  <  1:436210/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                            AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512480‑512759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.