| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,516 | C→A | 36.1% | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,516 | 0 | C | A | 36.1% | 56.5 / 37.4 | 47 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/16); new base A (6/11); total (20/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
AGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAA > CP000730/111379‑111656 | aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 1:7031/141‑1 (MQ=255) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCa > 1:62135/1‑141 (MQ=255) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCaa > 2:409515/1‑141 (MQ=255) attAAATAAAGAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCaa < 2:75004/140‑1 (MQ=17) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAAc < 2:426653/141‑1 (MQ=255) aaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTGAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 2:419000/140‑1 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATGTGGCGATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTa < 1:358231/141‑1 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTa < 1:325505/141‑1 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACGTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTa < 1:119614/141‑1 (MQ=255) cATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTTCCGAGTTATTCGGCTAAATATAAAATAAGAAatgaaaa > 2:323264/1‑138 (MQ=14) cATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga < 1:152171/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaACCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCCCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATgatgat < 1:234079/139‑1 (MQ=17) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATAAAATCCAGAGGTGCCGAATTATTAGGCTAAATATAAATTAACTAATGATGATTATAATGTa > 2:216838/1‑141 (MQ=18) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATCTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 2:434718/141‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCACTCAATCAGTTGTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAAGGATGATTATAATGTaaaa > 1:110049/1‑141 (MQ=21) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa > 2:16338/1‑141 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATGTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATAATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa > 2:199268/1‑141 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 2:91731/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTGTTTGGCGCAATATAGCAATTGTAAAGAGTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 2:49884/141‑1 (MQ=17) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTGAAAGAGTTAATGAATTATAAAGATTGAGATATATCATATAATGCAGAGGTGCCGAGTTATTAGGCTAAATATAAATTAAATAATGATGATTATAATGTAAAAGAAtt > 2:160634/1‑141 (MQ=18) aCTTGAAGTTTTTTGCGAAATATAGAAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc < 1:36104/141‑1 (MQ=255) cTTTACGCTTTTTTCTCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGACGGATATATATTATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGATCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACg < 1:31238/141‑1 (MQ=17) tttAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGATATATATCATATAATCCAGAGGGGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACgc < 2:115438/141‑2 (MQ=255) tttAAGTTGTTTCAGCAATATATCAATTTTAAAGATTTAATGAATTAGAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACgc < 2:453678/141‑2 (MQ=17) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaa > 1:3356/1‑141 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaaaa > 1:160544/1‑141 (MQ=255) ttttttGAGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGa < 2:381989/141‑1 (MQ=255) tttttGGACAATATAGTAATTTTAAATATTCAAGTAATTTTAAAGATGTATTTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAACATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAgtt < 2:86902/141‑3 (MQ=17) tttgtGAGCAATATAGCAATTTTAAATATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGat < 2:376437/141‑1 (MQ=14) taGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaac > 2:194503/1‑141 (MQ=255) aGCAATTTTAAAGAGTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacg < 2:257539/141‑2 (MQ=11) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacga < 1:66206/141‑6 (MQ=11) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAATTACGAAAACGATTTGATATACcgacga > 2:69291/1‑139 (MQ=14) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAACAGATATGACCTACCAACAAATAAAgcc > 2:90681/1‑140 (MQ=255) acaTTTAATGAATTATAAAGATGGACATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGcc < 2:133931/139‑1 (MQ=255) tAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGc < 2:454637/141‑1 (MQ=255) ataAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGa < 2:329536/141‑1 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGa < 2:160544/141‑1 (MQ=255) accAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc < 2:19554/140‑1 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTTTAATGTAAGACAATTACGTAAAAGATATGGCATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 1:335465/141‑1 (MQ=255) cAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAGATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGGAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcat > 1:118523/1‑141 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatca > 1:388212/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACTAATAAAGCGCCGCGGCTGTTGTTGAGAGGTACCGGGAATTTAAAAGGTTCGTCAGtt > 1:132687/1‑141 (MQ=17) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAGAGTTCATCAggt > 1:123755/1‑139 (MQ=255) gCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 2:46410/1‑141 (MQ=255) ttCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGAACAGGGAAGTTAAAGGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa > 1:322440/1‑141 (MQ=255) aGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt > 1:319851/1‑141 (MQ=255) cAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGaa < 2:300024/141‑1 (MQ=255) | AGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAA > CP000730/111379‑111656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |