Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,124 G→A 23.7% A143V (GCT→GTT)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1240GA23.7% 47.0 / 14.1 38A143V (GCT→GTT) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (13/16);  new base A (7/2);  total (20/18)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.70e-01

ATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCC  >  CP000730/35988‑36263
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
aTTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGCTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAGCCAt                                                                                                                                         >  1:173622/1‑141 (MQ=255)
   cTTTGCCGGATTGATAACTTTG‑TACCGGGTCCTTCTTACTGTAATATGACGGTGATCCTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc                                                                                                                                      <  1:123990/141‑1 (MQ=11)
        cTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCt                                                                                                                                 <  2:287212/141‑1 (MQ=40)
                   aCTTTGATCTCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTCTCGCCGTTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                       <  2:446403/141‑1 (MQ=14)
                   aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                       >  1:394022/1‑141 (MQ=255)
                      ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAGTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                    >  2:293167/1‑141 (MQ=255)
                        gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACTGTGACCTTGCCCAATATCGTATGGGAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                  <  1:104646/141‑1 (MQ=11)
                        gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                  >  1:361280/1‑141 (MQ=38)
                             cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                                             >  2:201001/1‑141 (MQ=39)
                              ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGGTGCCTGctctt                                                                                                            >  1:460494/1‑140 (MQ=255)
                                                tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTCTGTTGAAGGTGCCTGATCGGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                                                          >  2:83435/1‑141 (MQ=255)
                                                   gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                       <  1:393541/141‑1 (MQ=35)
                                                      ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                                    >  1:66623/1‑141 (MQ=17)
                                                       gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                   <  1:169690/141‑1 (MQ=32)
                                                         tatctgtcTCGATGAGGTTATTCAGATAATTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                                 <  2:415335/134‑1 (MQ=11)
                                                           tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               >  1:304469/1‑141 (MQ=32)
                                                             ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                                                             >  1:231761/1‑141 (MQ=255)
                                                               gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTat                                                                           >  1:438116/1‑140 (MQ=12)
                                                               gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                           >  1:438068/1‑141 (MQ=12)
                                                                 tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATg                                                                         <  1:220065/141‑1 (MQ=11)
                                                                  cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                                        <  2:426989/141‑1 (MQ=32)
                                                                       aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                   <  2:176123/141‑1 (MQ=32)
                                                                       aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                   <  2:431134/141‑1 (MQ=32)
                                                                         gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                                 >  1:268284/1‑141 (MQ=255)
                                                                          ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                <  2:377697/141‑1 (MQ=32)
                                                                           tATTTAGATAGTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                               <  1:244460/141‑1 (MQ=255)
                                                                           tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                               <  2:171419/141‑1 (MQ=32)
                                                                               cAGATATTTCGATTTACAAGGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTATTTATTTTAGCCACTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGACCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                           <  1:285979/141‑1 (MQ=11)
                                                                                 gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTCACAATTGCTACATTAGTTAAAGGTGCCTGATTTGTAATATCCTATTGAGGTTTACCAAATTGTCTAATGAGACGTTTGTTAAACg                                                         >  2:12044/1‑141 (MQ=11)
                                                                                   tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCACATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       >  2:214765/1‑141 (MQ=17)
                                                                                    agttCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                      <  2:374127/139‑1 (MQ=17)
                                                                                        cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAAGTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAACAGCATATGc                                                  >  2:52349/1‑141 (MQ=11)
                                                                                         gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCCTATGCt                                                 >  1:348516/1‑141 (MQ=17)
                                                                                         gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                                 >  1:413688/1‑141 (MQ=32)
                                                                                         gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                                 >  1:348159/1‑141 (MQ=32)
                                                                                                                                     tttAGCCATTGCTTCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTGCCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACTCATATGCTGAATTATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATAACTAatgtatg     >  1:11958/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                                     ttcaGCCATTGTTCCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAGCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg     <  1:350907/138‑1 (MQ=2)
                                                                                                                                        aGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTCTTACCTTTAGTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc  <  1:454004/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
ATTCTTTGCTGTATTGAT‑ACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCC  >  CP000730/35988‑36263

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑