| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | USA300HOU_1531 ← | M24B family Xaa‑Pro dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 127.1 / NA | 36 | A155G (GCA→GGA) | USA300HOU_1531 | M24B family Xaa‑Pro dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (24/12); total (24/12) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATAC > CP000730/1646053‑1646324 | tttATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCttt > 2:140882/1‑141 (MQ=255) ttATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCtttt < 2:112759/141‑1 (MQ=255) aTCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCATTTAATTC‑TTTTTCAGTCATACCTCCTTTTac > 1:196793/1‑141 (MQ=255) cccATGTCGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAat < 1:394134/140‑1 (MQ=255) acCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAat > 1:158375/1‑141 (MQ=255) tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatatat > 1:414673/1‑141 (MQ=255) tGCACCTCTATGACCAGACGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCCTTCCTTG‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGt < 1:384818/141‑1 (MQ=255) gCACCTCTATGAACAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATCC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTCCAACAGTTAAAATATATTCGTATGtt > 2:315644/1‑141 (MQ=255) ccTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTGCTTCATCGATGATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtca < 1:87334/141‑1 (MQ=255) tATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaa < 1:140882/141‑1 (MQ=255) cAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAatat > 1:421293/1‑141 (MQ=255) aCAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAtctgct > 2:179932/1‑141 (MQ=255) aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:163032/141‑1 (MQ=255) tgatgGTCCATCTGCTCCTGATTCTGGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCGTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGc < 2:186678/141‑1 (MQ=255) tGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGc > 1:132931/1‑141 (MQ=255) tGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGc < 2:171644/141‑1 (MQ=255) tAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCtt > 2:301982/1‑141 (MQ=255) aTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTCACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGa < 1:37789/141‑1 (MQ=255) aGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtct > 2:115647/1‑141 (MQ=255) tttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAt > 1:303311/1‑141 (MQ=255) gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtttt > 1:255402/1‑141 (MQ=255) gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtttt > 1:328348/1‑141 (MQ=255) tttCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTAt > 2:269917/1‑141 (MQ=255) tttCTAATATTGCCTTTAATTC‑TATTTGATGCAGGCCTCGTTTTTCAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTAt > 2:269920/1‑141 (MQ=255) tCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCt > 2:236657/1‑141 (MQ=255) ttGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt < 1:423931/141‑1 (MQ=255) gCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTa < 2:158375/141‑1 (MQ=255) cTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATACATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGCCGTCTCTAATTTTATCTAAATTATTAGa > 2:302974/1‑141 (MQ=255) tttAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGaa > 1:47516/1‑141 (MQ=255) tAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTTAAGCAATTTCGTCAGAATCTTTGACGTGTCTAATTTTATCTACAGtctatgtaat > 2:52986/1‑132 (MQ=255) ttC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAATTATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTGTCTAATTTTATCTACGGTATTAGAAATGCt < 2:17938/141‑1 (MQ=255) ttC‑TTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt > 2:309738/1‑141 (MQ=255) tttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACATTATTAGAAATGCttatta > 2:172584/1‑141 (MQ=255) tCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAt > 1:429863/1‑141 (MQ=255) cATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTGGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGatat > 1:61472/1‑141 (MQ=255) tGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCCTATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAGGataacc > 2:134779/1‑138 (MQ=255) | TTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTC‑TTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATAC > CP000730/1646053‑1646324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |