| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,429,206 | T→C | 7.5% | L150L (TTA→TTG) | lytR ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,429,206 | 0 | T | C | 7.5% | 189.9 / 4.6 | 75 | L150L (TTA→TTG) | lytR | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/34); new base C (3/3); total (37/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTGCTGTCCTTTTGTAAAACGAACACCATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTATTTCAGTTTTCTTCGTTTT > CP000730/2429067‑2429343 | tCTGCTGTCCTTTTGTAAAACGAACACCATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTa < 1:105001/141‑1 (MQ=255) ctgTCCTTTTGTAAAACGAACACCATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAAttt > 1:442214/1‑141 (MQ=255) ttagaaaaaCGAACACCATCAACACTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGt < 2:84049/136‑1 (MQ=255) ttttAAACCGAACACCATCAAACGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTg < 2:95914/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cacCATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCa < 1:77413/141‑1 (MQ=255) ccagacaCATTGAATGCATCATAACTTACTACATCCATCCCTCCGTGGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCATTTTCGATTGTCGTATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTAAAGTGATTTCACAGCCata < 2:103092/135‑1 (MQ=255) ccATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCata < 2:267265/141‑1 (MQ=255) ccATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCata < 1:167086/141‑1 (MQ=255) cATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCCAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCatat > 1:38973/1‑141 (MQ=255) cATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTACCAGCCatat > 1:39144/1‑141 (MQ=255) cATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCatat > 1:229689/1‑141 (MQ=255) aTCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATAtt < 1:107651/141‑1 (MQ=255) aTCAACAGTCAATTTACCATAAATTACTACATCAACTCCATCGTACCGTTGCGGCAATTTATGCAAACCACCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATAtt < 1:481166/141‑1 (MQ=255) aTCAACAGGGAATGTCCCATTACTTACTACCTCAACTCCGCCGATGCTATCTAGCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCCCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATAtt < 1:35452/141‑1 (MQ=255) cAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTg > 2:5738/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTATCATTACCTACTACATCAACACCGCCGATGGTAGTAAACACAGTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTACAAGCCATATTTGGTCCTCCtta < 2:467082/141‑1 (MQ=255) tATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGAAGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATg < 1:204850/141‑1 (MQ=255) tactacATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCAtg > 2:88374/1‑141 (MQ=255) tactacATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTAAGCAAACCAGCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCAtg < 2:301384/141‑1 (MQ=255) ctacATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCAtgtg < 1:324008/141‑1 (MQ=255) tacATCCACACCGTGGATGCTCTCTATGCGATTATGCATAGCATCCGTATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGc < 2:348105/141‑1 (MQ=255) ccctCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCa < 1:387843/138‑1 (MQ=255) cATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATCAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCaa < 2:393032/141‑1 (MQ=255) cATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATCAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCaa < 2:392996/141‑1 (MQ=255) accgccgccgATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGTAAtttt < 2:209583/137‑1 (MQ=255) cccgccgATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATAGATTGTCGCATCATGATCAATTGGCACATTCATCAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATGTTTTc < 2:58591/140‑1 (MQ=255) cgccgATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCag > 2:614773/1‑141 (MQ=255) aTGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGAACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTACCAGCCTTATTTGTTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAAttttttatttagct > 2:464150/1‑133 (MQ=255) tGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTAc > 1:314144/1‑141 (MQ=255) gCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGCGTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTAcc < 1:131874/141‑1 (MQ=255) ctatctatCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATTATTAAACACATTGCTCCAGTTGTTTTTTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATAAGCATAGGCGTGTGCAATTTTTTCAGTAGTAccc > 1:318932/1‑140 (MQ=255) tatcatatcaTGCAAACCATCCATATCGATTGTCGGATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGcc < 2:333881/141‑1 (MQ=255) tatcATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGcc < 2:333903/141‑1 (MQ=255) atatTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCcaaca > 1:666939/1‑141 (MQ=255) tattatGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGGAATTTTTTCAGTGGTACCACGGCcaacaa > 2:102467/1‑141 (MQ=255) tattatGCAAACCATCCATATCGATTGTCGAATGATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACGGCGATATTTGGTACACCGTCTGCATAGCCATGTGCAATTTTTTCGTTGGTACAACGGCcagcac > 1:175481/1‑140 (MQ=255) ttatGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGACACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAAtt > 2:437019/1‑141 (MQ=255) gCAAACCATCCATATCGCTTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTccc > 2:474037/1‑140 (MQ=255) aaaCCATCCATATCGATTGTCGCATAATGGGCAATTGGCACATTCATTAATCTCTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGct < 1:252469/141‑1 (MQ=255) aaaCCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGct < 1:500999/141‑1 (MQ=255) aaaCCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGct > 2:343019/1‑141 (MQ=255) ccatccatATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTGGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCtt > 1:603999/1‑141 (MQ=255) ccatATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTAt > 1:420388/1‑141 (MQ=255) ccatATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTAt > 1:232550/1‑141 (MQ=255) ccatATCGATTGTCGCATAAGGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGACCAACAATTTCCGCTCTTGTac > 1:420391/1‑140 (MQ=255) tatCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCAc < 1:88374/141‑1 (MQ=255) atCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCAcg > 1:600996/1‑141 (MQ=255) gagtGTCGCATAACGATCAATTGGCACCTTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCAGCTTCGGTTGTATTTTTTTCAGTCGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCgg < 1:185769/138‑1 (MQ=255) gATTGTCGCATAATGATCAAGTGGCACATGCATGAAGTTTTCAATGGATGTAACAGCCATATTTGGGCCACCAGATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCgg < 1:635179/141‑1 (MQ=255) aTTGCCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCCTGTATCACGCGGt < 1:354430/141‑1 (MQ=255) tGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCCTTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTCCCGCGCTTGTATCACGCGGtat < 1:25368/141‑1 (MQ=255) tGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGtat < 1:5738/141‑1 (MQ=255) aTAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTAtacttac > 2:482780/1‑141 (MQ=255) tAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATTTGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTAtacttact > 1:433009/1‑141 (MQ=255) tGATCAATTGGCACCTTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTAtt > 2:452396/1‑141 (MQ=255) gATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTAttt > 1:442658/1‑141 (MQ=255) gATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTAttt > 1:27857/1‑141 (MQ=255) tCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCGCGGCCAACAATTTCTGGTCTTGTATCTCGCGGTTTACTTACTATTTcg > 1:585558/1‑140 (MQ=255) tCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTATTTCa > 2:357042/1‑141 (MQ=255) tCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGCGTTAGGCGGTTTACTTACTTTTTCa > 1:585366/1‑141 (MQ=255) ttGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTATTTCAGttt > 1:534734/1‑141 (MQ=255) ggCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTATTTCAGTTttc < 2:314144/141‑1 (MQ=255) cacaTTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTATTTCAGTTttctt > 1:321431/1‑141 (MQ=255) tattAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCCCGATTTCCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCTCGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGTGGTATACTTACTATTTCAGTTTTCTTCGtttt < 2:301182/140‑1 (MQ=255) cattAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTATTTCAGTTTTCTTCGtttt < 1:523498/141‑1 (MQ=255) cattAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCAGATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTATTTCAGTTTTCTTCGtttt < 2:442214/141‑1 (MQ=255) | TCTGCTGTCCTTTTGTAAAACGAACACCATCAACAGTGAATGTATCATTACTTACTACATCAACACCGCCGATGCTATCTATCATATTATGCAAACCATCCATATCGATTGTCGCATAATGATCAATTGGCACATTCATTAATTTTTCAAGTGATTTAACAGCCATATTTGGTCCACCATATGCATAGGCATGTGCAATTTTTTCAGTAGTACCACGGCCAACAATTTCCGCTCTTGTATCACGCGGTATACTTACTATTTCAGTTTTCTTCGTTTT > CP000730/2429067‑2429343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |