| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,543,088 | G→A | R283K (AGA→AAA) | hlgA → | gamma‑hemolysin component A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,543,088 | 0 | G | A | 96.5% | 179.4 / NA | 58 | R283K (AGA→AAA) | hlgA | gamma‑hemolysin component A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (33/23); total (35/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAA > CP000730/2542950‑2543224 | aaCTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAAc > 1:1007615/1‑141 (MQ=255)aaCTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAAc > 1:645859/1‑141 (MQ=255)aaCTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAAc > 1:536820/1‑141 (MQ=255)aaCTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCAACATATGCTTACGTGACAAAAc > 1:256253/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGGAGAGACATGGATGCTACATAAGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGCTAGaa > 1:866697/1‑141 (MQ=255) tGGCTTTAATCCATCATTTCTTACAACACTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATAGTTTAGCCGTTGATAGaaa < 1:635794/141‑1 (MQ=255) cTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACa < 1:108163/141‑1 (MQ=255) cTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACa < 1:28127/141‑1 (MQ=255) tttAATCCAGCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACat > 1:875677/1‑141 (MQ=255) aTCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACatgatg > 1:292858/1‑141 (MQ=255) atcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCttt < 1:865707/141‑1 (MQ=255) atcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTAAGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCttt < 1:416207/141‑1 (MQ=255) tcatTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGGTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGGTGCgttt > 1:66271/1‑141 (MQ=255) atTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAAAATGATGCTTTTaa > 1:840919/1‑141 (MQ=255) tttATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGTCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTaaa > 1:128728/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGtt < 1:840872/141‑1 (MQ=255) cacaCGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAg > 1:12701/1‑141 (MQ=255) acacGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGt > 1:114010/1‑141 (MQ=255) cacGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATCGAGAACAGTTTGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGtt < 1:757522/141‑1 (MQ=255) agagGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAatat < 1:654938/141‑1 (MQ=255) gATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTgg < 1:1173881/141‑1 (MQ=255) aaaGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGaaaa > 1:421663/1‑141 (MQ=255) aaaGCGAGTTTGAAATCACTGACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGaaaa > 1:727130/1‑141 (MQ=255) aGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATAAAGTGAACTGGAAAaca > 1:24212/1‑141 (MQ=255) aGCGAGTTTGAAATAACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATAATGCATTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAaca > 1:625390/1‑141 (MQ=255) aCGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACGGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAATGCGTGAAGTAAAAATTaaaa > 1:24972/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCacac > 1:659953/1‑141 (MQ=255) catgcatgCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGCAAACCTGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACAcc > 1:815920/1‑141 (MQ=255) aTGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGATACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCt > 1:771466/1‑141 (MQ=255) tGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAACAACATGAAGTAAAAACTAAAAGCATCACACCTa > 1:365244/1‑141 (MQ=255) tGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTa > 1:351716/1‑141 (MQ=255) ggATGCTACATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTaa > 1:736755/1‑141 (MQ=255) aCATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATCGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACa > 1:1124505/1‑141 (MQ=255) aCATATGCTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTTAAAATTAAAAGCATCACACCCAAGTAAACa > 1:606228/1‑141 (MQ=255) cTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAat > 1:48873/1‑141 (MQ=255) cTTACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAat < 1:243514/141‑1 (MQ=255) cTTACCTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAat < 1:173368/141‑1 (MQ=255) tACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAatca < 1:646338/141‑1 (MQ=255) tACGTGACAAAACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAatca < 1:902835/141‑1 (MQ=255) aCAAAACATCTTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTaa < 1:1138885/141‑1 (MQ=255) | AACTACCTCCTTTAATTCAAAGTGGCTTTAATCCATCATTTATTACAACATTGTCACACGAAAGAGGTAAAGGTGATAAAAGCGAGTTTGAAATCACTTACGGCAGAAACATGGATGCTACATATGCTTACGTGACAAGACATCGTTTAGCCGTTGATAGAAAACATGATGCTTTTAAAAACCGAAACGTTACAGTTAAATATGAAGTGAACTGGAAAACACATGAAGTAAAAATTAAAAGCATCACACCTAAGTAAACAGTTCAATCATCTTAA > CP000730/2542950‑2543224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |