| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 36,581 | C→T | 40.6% | intergenic (‑30/‑493) | tpn ← / → USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,581 | 0 | C | T | 40.6% | 96.3 / 94.7 | 105 | intergenic (‑30/‑493) | tpn/USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/34); new base T (21/21); total (49/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTT > CP000730/36448‑36718 | aaTATTTCATATATATCAAGATAATGCAATGTATATCTTAGATTGTAGTTAATGTCTTCAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaaa < 1:18589/140‑1 (MQ=11)aaTATTTCAGAGATATCATGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGTCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaaa < 1:121266/140‑1 (MQ=255) atatTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAAt < 2:562477/140‑1 (MQ=34) atatatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTg < 2:171479/140‑1 (MQ=35) atatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCa < 2:45790/140‑1 (MQ=35) atCACGATAGCTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAAc < 1:96730/140‑1 (MQ=21) aCGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCCTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGa < 2:94054/140‑1 (MQ=255) gcaaaCACAATGCATATCTTAGAAAGTAGCCAAACGCTACAGCGATACCATCCTTGTTAAATTCTTTATATCTGCAATAGTTCATACAGATGACTCCTTTATGTTAAAATTATACTATTAATTCAACTTTGCAACAgccc < 2:297821/137‑4 (MQ=255) taaaCTCTATGTATATCTGAGTTATTAGCCGACGTCGACCGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTCTAAATTCCACTTTGCAACAGAAcc < 2:313885/138‑1 (MQ=11) agcTCAATGCATATCTTATATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGATATAGTTCATACAGAAGTTTCCTTTTTGTTAAGATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:510464/138‑1 (MQ=11) agcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTAGTTAAATAGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt > 1:201148/3‑140 (MQ=11) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGAAACAGAACCGta > 1:176325/2‑140 (MQ=12) aCTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGACCCGta > 2:345241/1‑140 (MQ=38) aCTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGta > 2:335032/1‑140 (MQ=39) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTTTAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 2:133445/1‑140 (MQ=255) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 1:165123/1‑140 (MQ=12) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 2:407495/1‑140 (MQ=16) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCATTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAATTTGCAACAGAACCGtat > 1:652670/1‑140 (MQ=255) tcaagtcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctccta < 2:278809/133‑6 (MQ=11) cAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatta > 1:217589/1‑140 (MQ=255) aaTGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATCTCTGAAATAGTTCATACAGAAGAATCCTTCCGATTAAAATAATATTATACATGCAACATTGCAACAGAACCGtattat > 1:313865/1‑140 (MQ=11) aaTGGATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAAGATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAATAGAACCGtatttt > 1:476929/1‑138 (MQ=11) atgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTCTGCAACAGAACCGtatttta < 1:403360/136‑4 (MQ=11) tggatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAATCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGGAACAGAAcctcctaactg < 1:523037/137‑10 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTTTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 1:266827/138‑6 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTATAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 1:205793/138‑6 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:662111/138‑6 (MQ=255) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACACCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttacta > 1:223220/3‑130 (MQ=1) gcatatCTGTGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTTTTAAATTGTTTATATCTGAACTAGTTCATAGAGAAGGCACGTTTTGGTAAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:61228/138‑6 (MQ=11) gcagatCTTGGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAATATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttacta < 2:375577/136‑11 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATTCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgta > 2:376878/2‑129 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgta < 2:214248/139‑12 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga < 1:248386/139‑7 (MQ=255) atttCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACCTCCTTTTTCAATGTCTTATATCTGAAATAGTTCATACAGTAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCATCAGATCCGtattttatgag < 2:147891/137‑8 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctactaactgtat > 2:256609/1‑128 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactata > 1:547735/1‑128 (MQ=11) atatCTTACATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAAACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag < 2:147980/140‑8 (MQ=11) atatCTGAGAAAGTAGCCAACGGCTACAGTGATCACATCCAAGACACGTTCTATATCTCTGAAATAGTTAATACAGATGGCTCCATTTTGTTAAAATTATATTATGAATTAAACTTTACACCAGAccctcctagctgtat > 2:79602/1‑128 (MQ=2) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtatt > 2:4143/1‑127 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATa < 1:464694/140‑1 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACGTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATa < 1:51894/140‑1 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGTTTTCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATGCAACTTTGCAACAGAGcctcatttactatat < 1:63110/140‑14 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatat < 1:219227/140‑14 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatat < 1:358985/140‑14 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAAGATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAACGtattttatgagta > 1:140938/1‑131 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtatta > 1:115313/1‑126 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta > 1:644896/1‑131 (MQ=255) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTAAAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttattagta > 1:146566/1‑131 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcttttactatatg > 2:36905/1‑126 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTCATAACATCCTTGTTAAATAGTTTATCTCTGAAATAATTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTATGCAACAGAAcctcatttactatatg > 1:430172/1‑126 (MQ=11) atCTGAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtatta < 2:513869/140‑15 (MQ=11) tCTTAGATAGTAGCCAACTGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTCATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATAGTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtac < 2:377702/140‑11 (MQ=11) tCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtac > 2:475420/1‑130 (MQ=11) cTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtaca < 2:274664/140‑12 (MQ=11) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacac < 1:478917/140‑13 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacact < 1:287331/140‑14 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGAt > 1:173918/1‑140 (MQ=255) aGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc > 2:393736/1‑126 (MQ=11) aGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 1:262311/140‑15 (MQ=11) aGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttataaaaacacac < 2:60426/140‑15 (MQ=11) agtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTgg > 2:478246/1‑140 (MQ=255) agCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACTGTATTACGGAATAGAGATATTGATaa > 2:135387/1‑140 (MQ=255) agCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTaa > 1:367217/1‑140 (MQ=255) agCCAACGGCTACAGGGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTaa < 2:311526/140‑1 (MQ=255) cAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAATTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAt < 1:521121/140‑1 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAtttt > 2:181122/1‑139 (MQ=255) gCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAACTTCACCTTTTCAACAGAACCGTATTACGGAATAGAAATGTTGGTAACACTtata > 2:23400/1‑140 (MQ=17) tACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTCAAATAGTTGACACACAAGACTCCTGTTGCTTAAAATTAAACTATAAATTAAACTTTGCCGCAAAACTGTGTTGTGGAATAGAGCTGTTTGTAACATTTTTACa > 2:270777/1‑140 (MQ=9) aCAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTGTATCTGAAATAGTTCATAAAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAAATGTTGGCAACATTTATACAg > 1:99526/1‑140 (MQ=255) aCAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATAATATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAg > 1:231763/1‑140 (MQ=255) cAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATTGAGATGTTGTTAACATTTATACAgg < 1:335032/140‑1 (MQ=255) tGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATc > 1:306133/1‑140 (MQ=255) tGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTATTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATGATGGAATAGAGATGTGGGTAAAATTTATACAGGATc > 1:237797/1‑140 (MQ=255) tGATAACATCCTTGATAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGATTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCCACTTTTCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATc < 1:28334/140‑1 (MQ=255) cATCCTTGTTAAATAGTTTGTATCTAAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATtata > 1:365749/1‑140 (MQ=255) gTTAATTTCTTTATATTTGAAATAGTTCATACAGAATACTCCTGTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCTACTTTGCAACATAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGt < 2:121980/140‑1 (MQ=25) ttAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt < 2:530069/140‑1 (MQ=255) ttGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTGGTCTAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAtt < 1:519474/140‑1 (MQ=255) ttGTTTATATCTGAAATACTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAtt < 2:284007/140‑1 (MQ=255) gtttttATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAtt < 2:563857/137‑1 (MQ=255) gTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTc < 2:385044/140‑1 (MQ=255) tatCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGttat < 2:182491/140‑1 (MQ=255) tatCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTACAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTGTAATTTCGttat > 1:378972/1‑140 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcac > 2:595037/1‑140 (MQ=255) ttCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGCTGGTAACACTTACACAGGACCATTATACTTAAGTCTAATTACGTTATTACAGagtcata < 2:389170/140‑7 (MQ=25) tCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGAATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacac > 2:462408/1‑140 (MQ=255) cATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacaca > 1:661107/1‑140 (MQ=255) ccacccgcaaccTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTc < 2:465172/130‑1 (MQ=255) cAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTcc < 1:638164/140‑1 (MQ=255) cTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCaga < 2:582957/140‑1 (MQ=255) cTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCaga < 1:491271/140‑1 (MQ=255) tCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCagaa < 2:14435/140‑1 (MQ=255) tCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAACTTCCATCTCTCAGAACCACACATTCCAACCagaa < 1:659706/140‑1 (MQ=38) tCCGTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCagaa < 2:14716/140‑1 (MQ=255) ccTTTTTTTTATTTTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACGGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCAGTATACTTAAGTTTATTTTCGTTATTAGAGAAACAAACATTCCAACCagaag > 2:410013/1‑140 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACCTTCCAACCagaag > 1:262481/1‑140 (MQ=255) ttatggtAAAATTATACTATAAATTCTACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTAGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAgaga < 2:442741/134‑1 (MQ=255) ttAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCACCCGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACCGAACCACACATTCCAACCAGAAGAAAAAGTa > 2:274576/1‑140 (MQ=255) ataCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTagttcaatt > 2:571537/1‑132 (MQ=255) taCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCACAAGAGGAAGTAGGtgacttt > 2:355035/1‑134 (MQ=255) | AATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTT > CP000730/36448‑36718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |